基于氨基酸分类的基本氨基酸秩序的研究

在分析了基本氨基酸分类的基础上,提出基本氮基酸存在着一种参考排列秩序,以 此固定的氮基酸排列秩序为参考标准,分析蛋白质一级结构相对此参考秩序的变化规律,能够找到 构成蛋白质的二级结构的某些信息．

基于图的匹配方法预测蛋白质结构中的二硫键

在蛋白质结构预测的研究中,一个重要的问题就是正确预测二硫键的连接,二硫键的准确预测可以减少蛋白质构像的搜索空间,有利于蛋白质的3D结构的预测。论文将一个蛋白质结构中二硫键的预测问题,等价为一个寻找图的最大权的匹配问题。图的顶点表示序列中的半胱氨酸残基,边连接每一顶点,表示一种可能的连接方式,边的权根据一个权值函数赋值,用EJ算法寻找具有最大权的匹配,则这个匹配对应二硫键的正确连接。应用这个方法对蛋白质结构的二硫键进行了预测并取得了良好的结果。

图论方法研究蛋白质结构预测问题

图论方法在蛋白质结构预测中占有重要地位。该文简要介绍图的连通子图、图的最大团、图的完美匹配及图谱法在蛋白质结构预测中的应用。对国内外近年来应用这些方法在蛋白质3D结构预测及折叠的研究工作进行了回顾,并分析、比较了这几种方法的效果和特点。

现代优化计算方法在蛋白质结构预测中的应用

现代优化计算方法在蛋白质结构预测中占有重要地位.简要地介绍了模拟退火算法,遗传算法,人工神经网络和图论算法在蛋白质结构预测中的应用.对国内外近年来应用这些算法,特别是在蛋白质构象搜索问题中,解决蛋白质结构预测的研究作了回顾,并分析、比较了这几种算法的效果和特点.