灵芝基因组SSR位点分布与分析

旨在通过对灵芝基因组SSR位点的统计分析,为担子菌基因组的特征描述、遗传分析及分子标记的筛选提供基础信息。基于数据库中灵芝基因组数据,通过SSR Hunter 1.3软件并结合人工查找的方式分析其SSR数量、组成和位点分布等情况。结果表明:灵芝基因组序列总长度为4.19×107bp,13条染色体共存在3 502个SSR位点,SSR碱基总长度为6.92×104bp,占基因组总数的0.17%,平均每隔11.96 kb存在1个SSR位点,三碱基和六碱基SSR所占比例最大,占基因组内SSR位点总数的74.62%,出现较多的基序为(G)n、(C)n、(GA)n、(CT)n、(GAC)n、(TCG)n、(TAATC)n和(GATGAG)n;三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸SSR在染色体水平上分布较均匀,而单核苷酸、二核苷酸和四核苷酸SSR分布差异较大。灵芝基因组内SSR分布呈现一定的规律性,基于基因组数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记的开发提供信息,并有助于灵芝高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能的研究等。

三种不同分子标记技术对灵芝单核体多态性的研究

为了探讨灵芝Ganoderma.lucidum原生质体单核体间遗传多态性,为育种材料的筛选提供分子水平依据。运用ISSR、SRAP、RAPD3种分子标记技术对制得的34株灵芝单核体进行了遗传多样性分析和聚类分析。结果显示,三种分子标记技术共扩增出347条条带,多态性条带为308条,多态比率为88.76%,其中ISSR-PCR扩增效果较好,多态性条带和多态比率最高;119-123与其余菌株相异系数最大,或已发生基因突变。根据综合分析结果,在相异系数为0.67时,可以把剩余33株菌株分为两大类群,Ⅱ类含5株菌株,分别为119-180、119-210、119-212、G0119和119-214,剩余的28株菌株为Ⅰ类。研究表明,ISSR、SRAP和RAPD分子标记可用于灵芝单核体多态性研究,这将为育种材料的筛选提供帮助,减少育种工作量和风险。