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基于生物信息学方法分析TACSTD2基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制
1
作者
吴鹏
冯锋
+3 位作者
戴伟
马芬
胡道卿
王志宁
《广西医学》
CAS
2024年第1期103-111,共9页
目的基于生物信息学方法分析肿瘤相关钙信号转导因子2(TACSTD2)基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制。方法(1)利用GEPIA和TCGA数据库,分析TACSTD2基因在胰腺癌组织中的表达水平及其与胰腺癌患者临床病理特征的关系。(2)利用GEPIA和T...
目的基于生物信息学方法分析肿瘤相关钙信号转导因子2(TACSTD2)基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制。方法(1)利用GEPIA和TCGA数据库,分析TACSTD2基因在胰腺癌组织中的表达水平及其与胰腺癌患者临床病理特征的关系。(2)利用GEPIA和TISIDB数据库、COX回归模型分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者生存情况的关系。(3)利用R语言软件相应程序包获得TACSTD2基因的共表达基因、不同TACSTD2基因表达水平的胰腺癌患者之间的差异表达基因后,对上述基因进行富集分析。(4)利用R语言软件相应程序包分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者免疫微环境评分、胰腺癌组织免疫细胞浸润水平的关系。(5)分析TACSTD2基因表达水平与免疫检查点基因的相关性。(6)基于TCIA数据库、TIMER在线数据库、R语言软件,分别评估分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者免疫表型评分(IPS)、胰腺癌常见突变基因、靶向药物和化疗药物敏感性的关系。(7)基于STRING数据库及Cytoscape软件,构建TACSTD2的蛋白-蛋白相互作用网络,筛选出与TACSTD2相互作用较为紧密的蛋白。结果(1)TACSTD2基因在胰腺癌组织中高表达,与胰腺癌患者的病理分级、临床分期、生存情况有关。(2)TACSTD2共表达基因参与免疫系统过程等生物过程;差异表达基因不仅与免疫系统过程、适应性免疫反应、神经活性配体-受体相互作用、免疫球蛋白复合物等生物过程或细胞组分有关,还与原发性免疫缺陷等信号通路密切相关。(3)TACSTD2基因表达水平与胰腺癌组织中的M0型巨噬细胞、Treg的浸润水平呈正相关,而与CD8+T淋巴细胞、激活的或静息的CD4+记忆性T淋巴细胞的浸润水平呈负相关(P<0.05)。TACSTD2高表达水平的胰腺癌患者的各项免疫微环境评分低于低表达水平者(P<0.05),但两者的IPS差异无统计学意义(P>0.05)。(4)TACSTD2基因表达水平与LGALS9、CD40、CD44、VTCN1、TNFRSF14、CD276等免疫检查点基因表达水平呈正相关(P<0.05)。(5)TACSTD2在KRAS、TP53、CDKN2A突变组中的表达水平分别高于相应野生组(P<0.05)。TACSTD2高表达水平患者对曲美替尼和吉非替尼的敏感性高于低表达水平者(P<0.05)。TACSTD2蛋白可能与EGFR、ERBB2、cyclin D1、KRT7蛋白关系密切。结论TACSTD2可能是评估胰腺癌患者预后的潜在生物标志物,其可能参与胰腺癌的免疫抑制性微环境形成,与胰腺癌常见基因突变及药物敏感性等有关,有望成为诊治胰腺癌的靶点。
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关键词
胰腺癌
肿瘤相关钙信号转导因子2
预后
免疫微环境
生物信息学
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职称材料
全脑放疗联合榄香烯注射治疗多发脑转移瘤的临床观察
被引量:
6
2
作者
胡道卿
李晓东
《中国医药导报》
CAS
2019年第17期80-83,91,共5页
目的探讨榄香烯注射液联合全脑放疗治疗多发脑转移瘤的效果及不良反应。方法收集南京明基医院2014年4月~2017年4月收治的脑转移瘤行全脑放疗的患者56例,采集患者住院期间的症状变化情况及放疗后的头颅MRI复查数据。根据是否使用榄香烯...
目的探讨榄香烯注射液联合全脑放疗治疗多发脑转移瘤的效果及不良反应。方法收集南京明基医院2014年4月~2017年4月收治的脑转移瘤行全脑放疗的患者56例,采集患者住院期间的症状变化情况及放疗后的头颅MRI复查数据。根据是否使用榄香烯分为榄香烯组和单放组,对两组患者的肿瘤大小变化、症状改善及毒副作用进行比较。结果榄香烯组的客观缓解率(47.37%)与单放组(44.44%)比较,差异无统计意义(P > 0.05)。与单放组比较,榄香烯组能更好地控制头晕头痛、呕吐、疲乏症状(P < 0.05),不增加神经系统症状控制率和急性放射毒性。在放疗远期反应(放疗结束6个月之后)中,榄香烯组记忆力减退的发生率为21.74%,显著低于单放组的63.64%(P < 0.05)。结论全脑放疗同步榄香烯注射液治疗可增加放疗效果和症状控制率,但不增加客观缓解率。与单独使用放疗比较,其不增加急性放射毒性,能在一定程度上降低晚期毒性。对于一般状况不适合化疗或者抗拒化疗的脑转移患者,可考虑使用榄香烯以配合全脑放疗。
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关键词
全脑放疗
榄香烯
多发脑转移瘤
放射增敏
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职称材料
长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的生物信息学分析
被引量:
1
3
作者
吴鹏
冯锋
+2 位作者
胡道卿
江家星
王志宁
《实用临床医药杂志》
CAS
2022年第15期57-64,共8页
目的利用生物信息学方法分析长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的意义,对HAGLROS的靶基因及相关生物学过程和通路进行预测,并建立HAGLROS-miRNA-mRNA网络。方法运用UCSC Xena、UALCAN、GEPIA数据库进行基因在胃癌中的差异表达分析;癌症基...
目的利用生物信息学方法分析长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的意义,对HAGLROS的靶基因及相关生物学过程和通路进行预测,并建立HAGLROS-miRNA-mRNA网络。方法运用UCSC Xena、UALCAN、GEPIA数据库进行基因在胃癌中的差异表达分析;癌症基因组图谱(TCGA)数据库结合R语言分析HAGLROS的共表达基因;STRING数据库结合Cytoscape软件进行蛋白质互作网络(PPI)分析及关键基因的筛选;miRDB、LncBase、RNAhybrid数据库预测与HAGLROS相互作用的微小RNA(miRNA);miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库结合R语言进行miRNA下游靶基因的预测;R语言及WebGestalt、Metascape在线数据库进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用R软件对结果进行绘图。结果HAGLROS在胃癌中高表达,与胃癌患者的总生存期相关。HAGLROS在胃癌中的共表达基因有301个,可能与胚胎器官生长发育、神经生长等生物学过程以及Wnt、Notch、干细胞多能性调控等信号通路有关,其关键基因与胚胎生长发育及神经生长密切相关。NES、FGF8、FGF3可能是与HAGLROS联系最为密切的3个基因。HAGLROS-miR-1976-ORAI2轴可能参与调控胃癌发生发展的过程。结论HAGLROS在胃癌中高表达,可能与胚胎生长发育和神经生长生物学过程以及Wnt、Notch、干细胞多能性调控等信号通路有关,其可能是通过调控关键基因NES、FGF8、FGF3以及HAGLROS-miR-1976-ORAI2轴促进胃癌的发生发展,影响胃癌患者的预后。
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关键词
HAGLROS
胃癌
长链非编码RNA
生物信息学
共表达基因
靶基因
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职称材料
题名
基于生物信息学方法分析TACSTD2基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制
1
作者
吴鹏
冯锋
戴伟
马芬
胡道卿
王志宁
机构
南京
明基
医院
/
南京医科大学
附属
明基
医院
肿瘤科
出处
《广西医学》
CAS
2024年第1期103-111,共9页
基金
南京医科大学科技发展基金——一般项目(NMUB20210183)。
文摘
目的基于生物信息学方法分析肿瘤相关钙信号转导因子2(TACSTD2)基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制。方法(1)利用GEPIA和TCGA数据库,分析TACSTD2基因在胰腺癌组织中的表达水平及其与胰腺癌患者临床病理特征的关系。(2)利用GEPIA和TISIDB数据库、COX回归模型分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者生存情况的关系。(3)利用R语言软件相应程序包获得TACSTD2基因的共表达基因、不同TACSTD2基因表达水平的胰腺癌患者之间的差异表达基因后,对上述基因进行富集分析。(4)利用R语言软件相应程序包分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者免疫微环境评分、胰腺癌组织免疫细胞浸润水平的关系。(5)分析TACSTD2基因表达水平与免疫检查点基因的相关性。(6)基于TCIA数据库、TIMER在线数据库、R语言软件,分别评估分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者免疫表型评分(IPS)、胰腺癌常见突变基因、靶向药物和化疗药物敏感性的关系。(7)基于STRING数据库及Cytoscape软件,构建TACSTD2的蛋白-蛋白相互作用网络,筛选出与TACSTD2相互作用较为紧密的蛋白。结果(1)TACSTD2基因在胰腺癌组织中高表达,与胰腺癌患者的病理分级、临床分期、生存情况有关。(2)TACSTD2共表达基因参与免疫系统过程等生物过程;差异表达基因不仅与免疫系统过程、适应性免疫反应、神经活性配体-受体相互作用、免疫球蛋白复合物等生物过程或细胞组分有关,还与原发性免疫缺陷等信号通路密切相关。(3)TACSTD2基因表达水平与胰腺癌组织中的M0型巨噬细胞、Treg的浸润水平呈正相关,而与CD8+T淋巴细胞、激活的或静息的CD4+记忆性T淋巴细胞的浸润水平呈负相关(P<0.05)。TACSTD2高表达水平的胰腺癌患者的各项免疫微环境评分低于低表达水平者(P<0.05),但两者的IPS差异无统计学意义(P>0.05)。(4)TACSTD2基因表达水平与LGALS9、CD40、CD44、VTCN1、TNFRSF14、CD276等免疫检查点基因表达水平呈正相关(P<0.05)。(5)TACSTD2在KRAS、TP53、CDKN2A突变组中的表达水平分别高于相应野生组(P<0.05)。TACSTD2高表达水平患者对曲美替尼和吉非替尼的敏感性高于低表达水平者(P<0.05)。TACSTD2蛋白可能与EGFR、ERBB2、cyclin D1、KRT7蛋白关系密切。结论TACSTD2可能是评估胰腺癌患者预后的潜在生物标志物,其可能参与胰腺癌的免疫抑制性微环境形成,与胰腺癌常见基因突变及药物敏感性等有关,有望成为诊治胰腺癌的靶点。
关键词
胰腺癌
肿瘤相关钙信号转导因子2
预后
免疫微环境
生物信息学
Keywords
Pancreatic cancer
Tumor associated calcium signal transducer 2
Prognosis
Immune microenvironment
Bioinformatics
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
全脑放疗联合榄香烯注射治疗多发脑转移瘤的临床观察
被引量:
6
2
作者
胡道卿
李晓东
机构
南京明基医院南京医科大学附属明基医院肿瘤科
南京
明基
医院
南京医科大学
附属
明基
医院
中西医结合科
出处
《中国医药导报》
CAS
2019年第17期80-83,91,共5页
基金
国家临床重点专科建设项目(卫生医政函[2011]873号)
文摘
目的探讨榄香烯注射液联合全脑放疗治疗多发脑转移瘤的效果及不良反应。方法收集南京明基医院2014年4月~2017年4月收治的脑转移瘤行全脑放疗的患者56例,采集患者住院期间的症状变化情况及放疗后的头颅MRI复查数据。根据是否使用榄香烯分为榄香烯组和单放组,对两组患者的肿瘤大小变化、症状改善及毒副作用进行比较。结果榄香烯组的客观缓解率(47.37%)与单放组(44.44%)比较,差异无统计意义(P > 0.05)。与单放组比较,榄香烯组能更好地控制头晕头痛、呕吐、疲乏症状(P < 0.05),不增加神经系统症状控制率和急性放射毒性。在放疗远期反应(放疗结束6个月之后)中,榄香烯组记忆力减退的发生率为21.74%,显著低于单放组的63.64%(P < 0.05)。结论全脑放疗同步榄香烯注射液治疗可增加放疗效果和症状控制率,但不增加客观缓解率。与单独使用放疗比较,其不增加急性放射毒性,能在一定程度上降低晚期毒性。对于一般状况不适合化疗或者抗拒化疗的脑转移患者,可考虑使用榄香烯以配合全脑放疗。
关键词
全脑放疗
榄香烯
多发脑转移瘤
放射增敏
Keywords
Whole brain radiotherapy
Elemene
Multiple brain metastases
Radiosensitization
分类号
R739.41 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的生物信息学分析
被引量:
1
3
作者
吴鹏
冯锋
胡道卿
江家星
王志宁
机构
南京
明基
医院
/
南京医科大学
附属
明基
医院
肿瘤科
出处
《实用临床医药杂志》
CAS
2022年第15期57-64,共8页
基金
南京医科大学科技发展基金(NMUB20210183)。
文摘
目的利用生物信息学方法分析长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的意义,对HAGLROS的靶基因及相关生物学过程和通路进行预测,并建立HAGLROS-miRNA-mRNA网络。方法运用UCSC Xena、UALCAN、GEPIA数据库进行基因在胃癌中的差异表达分析;癌症基因组图谱(TCGA)数据库结合R语言分析HAGLROS的共表达基因;STRING数据库结合Cytoscape软件进行蛋白质互作网络(PPI)分析及关键基因的筛选;miRDB、LncBase、RNAhybrid数据库预测与HAGLROS相互作用的微小RNA(miRNA);miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库结合R语言进行miRNA下游靶基因的预测;R语言及WebGestalt、Metascape在线数据库进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用R软件对结果进行绘图。结果HAGLROS在胃癌中高表达,与胃癌患者的总生存期相关。HAGLROS在胃癌中的共表达基因有301个,可能与胚胎器官生长发育、神经生长等生物学过程以及Wnt、Notch、干细胞多能性调控等信号通路有关,其关键基因与胚胎生长发育及神经生长密切相关。NES、FGF8、FGF3可能是与HAGLROS联系最为密切的3个基因。HAGLROS-miR-1976-ORAI2轴可能参与调控胃癌发生发展的过程。结论HAGLROS在胃癌中高表达,可能与胚胎生长发育和神经生长生物学过程以及Wnt、Notch、干细胞多能性调控等信号通路有关,其可能是通过调控关键基因NES、FGF8、FGF3以及HAGLROS-miR-1976-ORAI2轴促进胃癌的发生发展,影响胃癌患者的预后。
关键词
HAGLROS
胃癌
长链非编码RNA
生物信息学
共表达基因
靶基因
Keywords
HAGLROS
gastric cancer
long non-coding RNA
bioinformatics
co-expressed genes
target gene
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
Q [生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学方法分析TACSTD2基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制
吴鹏
冯锋
戴伟
马芬
胡道卿
王志宁
《广西医学》
CAS
2024
0
下载PDF
职称材料
2
全脑放疗联合榄香烯注射治疗多发脑转移瘤的临床观察
胡道卿
李晓东
《中国医药导报》
CAS
2019
6
下载PDF
职称材料
3
长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的生物信息学分析
吴鹏
冯锋
胡道卿
江家星
王志宁
《实用临床医药杂志》
CAS
2022
1
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