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题名桉树EST序列中微卫星含量及相关特征
被引量:40
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作者
李淑娴
张新叶
王英亚
尹佟明
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机构
南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室
湖北省林业科学研究院
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出处
《植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期363-371,共9页
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基金
国家自然科学基金(No.30971609)
林业公益性行业科研专项(No.200904002)
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文摘
通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。
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关键词
桉树
微卫星重复序列
微卫星丰度
微卫星长度变异
微卫星引物设计
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Keywords
Eucalyptus
microsatellite repeat sequence
microsatellite richness
microsatellite length variation
SSR primer design
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分类号
S792.39
[农业科学—林木遗传育种]
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题名杞柳AFLP反应体系的建立与引物筛选
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作者
戴晓港
渠纪腾
冯凯
张新叶
李淑娴
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机构
南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室
湖北林业科学研究院
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出处
《西南林业大学学报(自然科学)》
CAS
2012年第1期17-20,24,共5页
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基金
国家林业局行业公益专项(201204311)资助
国家自然科学基金项目(31070543)资助
江苏省高校自然科学基金重点项目(10KJA180018)资助
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文摘
以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。
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关键词
杞柳
AFLP
引物筛选
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Keywords
Salix integra
AFLP
primer selection
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分类号
S56
[农业科学—作物学]
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