瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究

目的应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因,探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果与正常皮肤组织相比,瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个,其中上调163个、下调114个,涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程,受多种基因表达调控;差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌,有助于认识异常瘢痕形成的机制。

GFP质控芯片的初步研究

目的:建立一种质量控制芯片来监测样品标记、杂交和检测过程中的失误。方法:针对GFP基因设计的4条60mer寡核苷酸探针和1条阳性对照探针poly(U)与流感寡核苷酸探针一起打印在DAKO玻片上,并构建了GFP基因的克隆载体和体外表达载体,将从这两种重组载体上获得的绿色荧光蛋白(GreenFluorescentProtein,GFP)基因的RNA、DNA片段和人的全血样品中的DNA用限制性显示技术(RestrictionDisplaytechnology,RD)扩增标记,将标记的样品和荧光标记的通用引物U分别与芯片杂交、检测,并对扫描的结果进行统计分析。结果:GFP探针与相应的样品杂交时出现阳性信号,阳性对照探针在所有的杂交中均出现阳性信号,而空白对照则未检测荧光信号。结论:建立的质控芯片具有较好的敏感性和特异性,可以用于基因芯片中的质量监控。

基于GPRS远程医疗系统的移动终端设计与实现

远程医疗是基于生物医疗、计算机科学、通信技术等多学科,将无线数据传输、计算机软硬件技术等密切结合的高新技术。介绍远程医疗系统的组成及其工作原理,设计基于ARM芯片S3C2410和MC55无线模块的远程医疗系统的移动终端,该终端以ARM芯片为控制器,以通用无线分组业务GPRS(General Packet Radio Service)无线网络和Internet网络为通道,实现远程生理数据的传输。该终端具有强大的数据采集和处理功能。实验结果表明,该移动终端通信可靠、实时性好。

一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U_2联合标记法

目的报告一种新的基因芯片荧光标记技术:通用引物U2联合标记技术(universal primer U2 labeling ,UPL);比较UPL与随机引物等其他标记方法的效率和可重复性。方法流感病毒RNA用四种标记方法处理后与流感病毒寡核苷酸检测芯片杂交,用Spss10.0对杂交结果进行分析。结果UPL方法在标记物杂交的荧光强度、信噪比、探针真阳性率和可重复性等方面均高于随机引物逆转录掺入标记法,而与其他两种RD标记方法相当,但标记过程相对更加简单。结论UPL方法可用于基因芯片研究和应用。

EBV全基因组芯片的制备及应用

目的鼻咽癌高发于中国南方,是一种恶性度较高的肿瘤,与EB病毒(EBV)关系非常密切。本研究利用前期已经设计和克隆好的EBV已知和预测的编码基因作为cDNA探针,构建EBV芯片,用于检测鼻咽癌组织中的EBV基因表达。方法85个EBV基因探针通过一对设计于T/A克隆载体多克隆两端的引物进行PCR扩增。产物纯化后,与8000个人基因打印到同一张玻片上,建立EBV与人基因的检测芯片,随后用于检测鼻咽癌组织与正常鼻咽组织之间的基因表达差异,观测检测效果,以确定是否可以临床应用。结果在人的基因表达谱中,我们成功检测了大量的人基因表达。而在EBV阵列中,我们虽然得到了一些EBV基因表达的信号,但这些信号都非常微弱,没有明显可见的荧光,其表达强度无法与人的基因表达信号强度相比。结论虽然我们成功地构建了EBV芯片,但由于可能受到基因芯片检测的敏感性以及EBV基因在鼻咽癌中表达量的限制,不能用于临床检测,需要进一步改进研究方法。

细胞外基质蛋白1基因在病理性瘢痕中的差异表达

目的:病理性瘢痕包括增生性瘢痕和瘢痕疙瘩,比较细胞外基质蛋白1基因在增生性瘢痕和瘢痕疙瘩中的表达差异并分析其意义。方法:实验于2003-05/2005-01在南方医科大学分子生物学研究所完成。病理性瘢痕标本来源于南方医院整形外科手术患者,正常皮肤组织来源于无瘢痕体质趋势及无免疫性疾病的包皮手术标本。术前均征求患者同意后方留取标本。抽提增生性瘢痕和瘢痕疙瘩与正常皮肤组织的总RNA,反转录并双色荧光标记,与含有细胞外基质蛋白1基因的人类基因表达谱芯片杂交,经荧光扫描、数据处理和统计学分析,比较细胞外基质蛋白1基因在3种组织中的表达差异。结果:①芯片杂交图像显示荧光信号强度较高,背景均一,符合重复性和可靠性的要求和分析标准。②细胞外基质蛋白1基因在瘢痕疙瘩组织中的表达为正常皮肤组织的3.32倍,而在增生性瘢痕中的表达仅为正常皮肤组织的1.09倍。结论:细胞外基质蛋白1基因在瘢痕疙瘩中高表达而在增生性瘢痕中无差异表达,提示细胞外基质蛋白1基因在瘢痕疙瘩中呈特异性表达。

以GFP为报告基因的酿酒酵母mRNA在哺乳动物细胞中的表达

目的 研究酵母mRNA在哺乳动物细胞中的翻译表达。方法 半乳糖诱导GFP基因在酿酒酵母细胞中表达,提取其mRNA ,RT -PCR鉴定,并以脂质体为介导,对血管内皮细胞HUVEC以及绿猴肾细胞COS - 7进行体外转染。结果 被转染HUVEC和COS - 7细胞分别出现绿色荧光,报告基因GFPmRNA在动物细胞中被识别、翻译。结论 提示酵母mRNA可能作为基因治疗物质应用于口服基因治疗的研究。

EBV病毒全基因组cDNA探针的设计与制备(英文)

目的设计和克隆所有EB病毒(EBV)已知和预计的编码基因作为cDNA探针用于构建EBV微阵列,以促进研究EBV在其相关疾病中的发病学作用.方法cDNA探针首先由Oligo6.0,Blast和Primer Primier软件设计和筛选全 EBV基因组探针,它们的长度被定在300～600 mer并且具有高度特异性.从B95-8细胞和NPC组织的基因组DNA和 RNA中,通过PCR和RT-PCR方法扩增这些探针,之后克隆入T/A克隆载体.所有的探针被测序鉴定.结果除LF1和LF3基因在B95-8细胞的EBV基因组中不存在外,其余85个基因片段(BWRFl基因有7个重复阅读框架)和两个EBERs基因被成功克隆.结论EBV cDNA探针的设计和克隆为制备EBV微阵列和进一步研究EBV基因组在其相关疾病中的作用奠定了基础.

利用原核表达系统制备肾癌相关抗原G250/MN/CA Ⅸ

目的利用原核表达系统制备肾癌相关抗原G250/MN/CA Ⅸ。方法采用PCR法从原有质粒中扩增G250/MN/CAⅨ全长编码序列,将获得的编码序列片段插入pET32a(+)表达载体,转化Rosseta大肠杆菌,IPTG诱导蛋白表达,而后进行纯化及Westernblot鉴定。结果正确构建pET32a(+)/G250重组质粒,重组质粒转化Rosseta菌后,经IPTG诱导,在58000相对分子质量处有明确的条带。目的蛋白表达占菌体总蛋白的32.7%。89.9%的重组蛋白是可溶性的。Westernblot结果显示纯化后的蛋白可以与G250单克隆抗体M75特异性结合。结论在原核系统中成功进行G250/MN/CA Ⅸ的高效表达,为下一步的单克隆抗体制备和蛋白功能研究奠定了基础。

病理性瘢痕中S100蛋白基因的差异表达

目的:探讨S100蛋白基因的表达情况与病理性瘢痕形成的相关性。方法:实验于2003-05/2005-01在南方医科大学分子生物学研究所完成。病理性瘢痕标本来源于南方医院整形外科手术患者,正常皮肤组织来源于无瘢痕体质趋势及无免疫性疾病的包皮手术标本,患者均知情同意。增生性瘢痕组3例,瘢痕疙瘩组3例,正常皮肤组10例。抽提增生性瘢痕和瘢痕疙瘩与正常皮肤组织的总RNA,反转录并双色荧光标记,与含11个S100蛋白基因的人类基因表达谱芯片杂交,经荧光扫描和数据处理,进一步进行统计学分析,检测S100蛋白基因在3组组织中的表达变化。结果:与正常皮肤组织相比,11个S100蛋白基因在增生性瘢痕组织中差异表达具有显著性意义的基因有3个,S100A7,S100A8和S100A9均为上调表达;而瘢痕疙瘩组织中仅有S100A2基因的下调表达具有显著性意义。结论:①S100蛋白基因的差异表达与病理性瘢痕的形成密切相关。②S100蛋白基因成员在增生性瘢痕和瘢痕疙瘩中的差异表达有助于两者的鉴别诊断。③S100A2在瘢痕疙瘩中低表达而在增生性瘢痕中正常表达,可能与瘢痕疙瘩的恶性度高于增生性瘢痕,且能向周边正常组织浸润有关。

三种寡核苷酸芯片片基的比较

将荧光标记的寡核苷酸打印在Corning、多聚赖氨酸包被的DAKO玻片和多聚赖氨酸处理的一种显微镜载玻片上,并按常规方法进行洗脱,通过GenePix4100A扫描并以Genepix6.0软件分析点的大小、荧光强度和背景荧光强度来衡量3种片基的均一性和固定效率,并通过不同浓度梯度的60bp寡核苷酸探针的杂交实验来衡量片基对杂交效率的影响.结果显示,3种片基的均一性都较好,而多聚赖氨酸包被的DAKO和Corn-ing芯片的固定效率和杂交效率优于国产芯片.