着色性干皮病基因A多态性与广东地区女性乳腺癌发病风险的关联

目的 探讨着色性干皮病基因A（XPA）单核苷酸多态性与广东地区女性乳腺癌易感性的关系。方法 采用病例-对照研究方法纳入乳腺癌患者130例（病例组）和健康对照者188例（对照组）,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析两组人群XPA-4G/A多态性的基因型。结果 病例组与对照组中杂合子基因型A/G在两组样本中的基因型频率差异无统计学意义（P=0.857）,纯合子基因型G/G在病例组的分布频率与对照组比较差异无统计学意义（P=0.103）,但G/G基因型在乳腺癌患者中的基因型频率要低于在正常对照组中的分布频率。等位基因G和A在病例组和对照组中的分布频率差异接近有统计学意义的临界值（OR=0.782,95%CI=0.568-1.077）,对照组中G等位基因的基因型频率为病例组的1.28倍。结论 XPA-4G/A多态性与乳腺癌发病风险无相关性,但是等位基因G的携带者在健康人群中出现的频率更高,因此提示XPA-4G等位基因携带者发生乳腺癌的风险可能会降低。

LongMan:一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立数据库Long Man,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构;使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索,分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子;分析每个人类长链非编码RNA是否有同源基因;分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号;构造数据库的搜索引擎和输出界面;实现数据库维护更新机制。结果 Long Man目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA;提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺(indel)等信息;提供多条件组合查询;提供显示与下载功能。结论 Long Man是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库,对长链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。

人类与小鼠同源lncRNA基因及其表观遗传调控靶基因分析

目的分析人类与小鼠lnc RNA中的同源与种系特异性lnc RNA,揭示人类与小鼠表观遗传调控的种系差异。方法根据同源lnc RNA序列搜索和人类/小鼠全基因组双序列比对确定GENCODE项目首期报道的13562个人类lnc RNA和10481个小鼠lnc RNA中的同源lnc RNA基因,用lnc RNA/DNA结合分析软件Long Target预测lnc RNA的DNA结合位点和表观遗传调控靶基因,根据Gene Ontology数据库分析靶基因的功能。结果仅158对人类和小鼠lnc RNA被识别为同源lnc RNA,这些同源lnc RNA在人类与小鼠基因组有种系特异性的DNA结合位点和靶基因,Gene Ontology分析提示这些同源lnc RNA对靶基因的种系特异性调控可能对人类和小鼠的表型差异有重要影响。结论仅极少数人类和小鼠lnc RNA是同源的,这些同源lnc RNA有种系特异性的表观遗传调控靶基因,lnc RNA和表观遗传调控的种系特异性对人类和小鼠的差异(包括疾病模型的差异)有重要影响。

癌症基因组图谱计划数据及分析

人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据。本文对TCGA数据的四个产生流程以及包含的癌症种类、数据类型、数据水平、分析流程和常用的几种分析工具等进行阐述,同时以卵巢癌(ovarian cancer)为例详细介绍了TCGA数据在突变分析、拷贝数分析、表达分析和通路分析等方面的应用,并对TCGA研究团队近几年有关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和结果以及已经完成分析的癌症类型进行综述。

E2F1调控细胞周期时程补偿机制的定量研究

目的构建果蝇细胞周期调控的数学模型。方法使用一组常微分方程描述细胞周期网络中核心分子的相互作用,计算分子浓度的连续周期性变化,并捕获分子交互的离散事件。结果计算结果吻合实验观测到的分子浓度的周期变化,揭示和解释了细胞周期时程补偿的数学机制与定量特性。结论 E2F1(E2F transcription factor 1)所联结的正负反馈是调控G1/S与G2/M时程补偿的核心机制。