核受体NURR1在前列腺癌细胞中的表达及其对环状RNA表达谱的影响

目的探讨核受体NURR1过表达对前列腺癌(PCa)细胞中环状RNA(circRNA)表达谱的影响,为揭示NURR1相关circRNA分子在PCa进展过程中的作用提供参考。方法通过UALCAN和TNMplot分析NURR1在PCa中的表达;通过高通量测序分析筛选NURR1过表达的PCa细胞中特征性circRNA分子表达谱;通过GO和KEGG分析差异表达的circRNA分子的功能和参与的信号通路。结果circ_0000915在DU145、LNCaP以及PC3细胞中均发生显著的下调表达。在核受体NURR1上调表达的DU145细胞中,1个circRNA上调表达(circ_0005991),2个circRNA下调表达(circ_0001460、circ_0001315);在核受体NURR1上调表达的LNCaP细胞中有2个circRNA显著上调表达(circ_0040729、circ_0000722);在NURR1上调表达的PC3细胞中有3个circRNA上调表达(circ_0001577、circ_0000854、circ_0018168),4个circRNA下调表达(circ_013035、circ_0003028、circ_0082096、circ_0005320)。KEGG分析发现差异表达的circRNA分子与背侧/腹侧神经管模式、蛋白质折叠伴侣、无序结构域特异性结合、BMP信号通路的正调控以及神经管模式化功能显著相关。结论circRNA在NURR1介导的PCa进展过程中发挥着重要作用,但是在不同的PCa细胞类型中存在着一定的差异。核受体NURR1与circ_0000915分子在PCa进展中的分子机制有待进一步研究。

转录组与蛋白组关联分析探讨草酸钙结石晶体对HK-2细胞基因表达的影响

目的探讨草酸钙结石晶体对人近曲肾小管上皮细胞HK-2的影响。方法建立草酸钙结石与HK-2细胞相互作用的模型,进行转录组和蛋白组表达谱高通量定量研究。筛选差异表达基因,通过InterProScan进行GO富集分析,KEGG Mapper进行KEEG信号通路分析及蛋白质相互作用网络STRING分析。结果转录组与蛋白组定量研究分别定量到57833个转录本和6407个蛋白。通过比较转录组与蛋白组的定量情况,发现有6144个基因在转录组和蛋白组水平都定量。蛋白水平464个分子显著下调,699个分子显著上调。转录组水平11个分子下调,14个分子上调。GO分析发现,线粒体衍生囊泡与腺嘌呤跨膜转运体活性、snRNA的细胞核输出以及中心粒周围异染色质组装具有最高的富集指数。KEEG富集分析显示缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解、初级胆汁酸生物合成、维生素B6代谢、硫中继系统以及糖胺聚糖生物合成和DNA非同源末端链接为最显著的KEEG通路。蛋白互作网络发现MYH9、MYH14、MYH1、MYL12A、ACTB、ARPC1A、ARPC2、ANXA2、CFL1、PRDX1、PRXD2共11个关键调控因子。结论转录组与蛋白组关联分析筛选所得关键通路及关键基因可能在肾结石形成过程中扮演重要角色。

核受体HNF4α通过调控雄激素受体表达促进去势抵抗性前列腺癌进展

背景与目的:核受体肝细胞核因子4α(hepatocyte nuclear factor 4α,HNF4α)作为重要的转录因子,其在前列腺癌中的作用及调控机制尚不清楚。探讨HNF4α在前列腺癌去势抵抗进展中的作用及调控机制。方法:采用Oncomine数据库分析HNF4α在前列腺癌临床样本中的表达水平,并通过cBioPortal数据库分析HNF4α在不同类型前列腺癌中的表达特征及其对前列腺癌患者总生存率的影响。构建HNF4α慢病毒表达载体并转染到HEK-293细胞中用于慢病毒包装,上调LNCaP细胞中HNF4α表达,通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)分析其对雄激素受体(androgen receptor,AR)表达水平的影响。通过萤光素酶报告基因实验分析HNF4α对AR表达调控的影响。结果:HNF4α基因在前列腺癌临床样本中表达上调,而且在去势抵抗性前列腺癌和神经内分泌前列腺癌样本中异常改变比例显著升高,与患者的总生存率呈负相关。HNF4α的外源性表达显著促进AR表达,并可能通过直接结合AR启动子的方式调控AR的基因转录过程。结论:核受体HNF4α在前列腺癌中表达上调并与前列腺癌恶性进展呈正相关,很可能通过直接靶向AR启动子促进其表达,HNF4α有望成为前列腺癌新的治疗靶点。

雄激素受体相互作用因子在前列腺癌中的表达及其临床意义

目的探讨雄激素受体(AR)及其相互作用因子在前列腺癌(PCa)中的表达、变异及其对肿瘤预后的影响。方法基于STRING数据库分析AR及其相互作用因子的相互作用和GO富集;通过UALCAN分析AR及其相互作用因子在PCa中的表达;通过cBioPortal分析AR及其相互作用因子在PCa中表达变异及其与预后的关系。结果AR及其相互作用因子相互作用网络节点为10,边数为21,平均节点度为4.2,平均局部聚类系数为0.89,其中NCOA2和EP300在AR相互作用网络中节点度最高。UALCAN分析显示RAN、TNK2、PXN和NRIP1在癌组织中上调(P<0.05);相反NCOR1在癌组织中下调(P<0.05);NCOR2、NCOA2、EP300、SOX9和RAN表达水平改变不显著。cBioPortal分析表明近30%的PCa组织中存在AR及其相互作用因子的表达变异,包括基因扩增、基因突变、深度缺失以及多重变异4个类型。AR变异率为18%,主要包括基因扩增和突变;NCOA2变异率为9%,主要变异类型为基因扩增。神经内分泌前列腺癌中的变异类型主要为基因扩增(8.7%),而去势抵抗前列腺癌主要表现为基因突变(11.43%)。AR及其相互作用因子变异的PCa总生存率显著下降,变异组(n=95)中位生存期为70个月(95%CI,60~105),而未变异组(n=45)中位生存期为141个月[95%CI,115.13~NA(无),P<0.001]。GO富集分析显示pre-mRNA内含子结合以及组蛋白脱乙酰酶复合物具有最高的富集指数。结论AR及其相互作用因子有可能作为一个有效指标被用来评估PCa进展及预后,研究其表达及变异可为揭示肿瘤进展的分子机制提供新的依据。