一个新的人突触相关蛋白基因的生物信息学分析

目的 运用抑制消减杂交 (SSH)已从氧化型低密度脂蛋白处理的单核细胞源性泡沫化细胞中克隆差异表达基因 ,其中两个基因片段FRG4和FRG14经BLAST检索无同源序列 ,Genbank登录号为 :FRG4 [ABI 5 0 2 5 86 ]和FRG14 [AccessionBI 5 0 2 5 87]。通过基于文库cDNA基础热启动PCR快速扩增cDNA末端技术 ,获得FRG4全长cDNA序列。有关该基因编码蛋白的研究很少 ,与脂蛋白代谢和泡沫细胞形成、凋亡的关系没有报道。本文利用生物信息学技术对此进行研究 ,为进一步深入研究其表达和功能奠定基础。方法与结果 利用生物信息学软件通过互联网上核酸和蛋白质数据库。对泡沫化相关基因FRG4进行基因组分析、染色体定位分析、理化特性分析、细胞内定位分析和功能结构域预测。发现FRG4的开放阅读框 (ORF)是从第 6 2个碱基到第 112 0个碱基 ,编码 35 2个氨基酸 :FRG4编码的氨基酸序列与人类的突触相关蛋白 (Homosapienssynapseassociatedprotein 1,SYAP1)有高度同源性 (99% ) ;FRG4的染色体定位分析显示定位在X染色体的短臂 2区 2带 2亚带 2次亚带 ;根据内含子、外显子剪切规律分析 ,FRG4基因由 9个外显子、8个内含子组成 ;人FRG4蛋白质氨基酸序序列与小鼠、果蝇的氨基酸序列进行多序列同源性比较 ,一致率分别为 70 %和 5 8%

外源性Rb基因对U937细胞泡沫化过程中CD36表达的影响

为研究抑癌基因Rb基因在U937细胞泡沫化过程中的表达 ,应用重组腺病毒载体导入外源性Rb基因 ,采用逆转录聚合酶链反应和流式细胞术检测氧化型低密度脂蛋白致U937细胞泡沫化过程中清道夫受体CD36和Rb基因的表达和外源性Rb基因导入U937细胞后CD36和Rb基因的表达。结果发现 ,氧化型低密度脂蛋白致U937细胞泡沫化过程中 ,RbmRNA和蛋白的表达随作用时间延长呈下调趋势 ,CD36mRNA和蛋白的表达则呈上调趋势 ;随着外源性Rb导入U937细胞并表达 ,CD36表达呈下调趋势。结果提示 ,外源性Rb基因的导入可以下调清道夫受体CD36的表达。

人突触相关蛋白抗原表位分析及多克隆抗体的制备

目的 泡沫化细胞差异表达基因FRG4经生物信息学分析 ,与人突触相关蛋白基因有很高同源性 ,经联机检索 ,有关突触相关蛋白的研究很少 ,与脂蛋白代谢、泡沫细胞形成和凋亡的关系没有报道。本文在对泡沫化相关基因FRG4分析的基础上 ,利用计算机软件进行抗原表位分析 ,制备特异的抗人突触相关蛋白的多克隆抗体 ,为进一步深入研究其表达和功能提供条件。方法与结果 ①选取抗原多肽 :利用ExPASy软件和BioEdit软件对FRG4cDNA序列进行亲水性分析 ,预测其二级结构 ;使用Lasergene99软件预测其抗原决定族 ;根据亲水性、二级结构、偶联难易及实验难度选取抗原 13肽PKLVKEEVFWRNY。②多肽合成及交联 :采用美国ABI公司的多肽自动合成仪 ,以固相合成法合成 ,合成产物经高效液相色谱纯化检测 ,纯度达到 90 %以上 ;抗原多肽与血兰蛋白用BDB法交联 ,与不完全弗氏佐剂等体积混合包被。③动物免疫 :多点皮下注射抗原免疫新西兰兔 ,每两周强化免疫一次 ,第三次免疫后 10天取耳血测抗体效价 (ELISA法 )。④抗血清收获及检测 :第四次免疫后第十至十四天经颈动脉放血 ,分离抗血清 ,冷冻抽干 ,- 2 0℃保存。高效液相色谱检测显示抗体纯度达 82 .79% ,抗体滴度为 1∶16 0 0 0 ,免疫印迹方法检测在 4 0kDa处有一条带 。