建兰花叶病毒外壳蛋白基因和3＇UTR序列测定与分析

采用单链构象多态性分析从建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)的8个分离物筛选得到5个存在遗传变异的分离物,并测定了外壳蛋白(coat protein,CP)基因和3′非编码区(3′UTR)序列,经序列分析表明5个分离物与其他分离物间的CP核苷酸和氨基酸序列相似性分别为87.1%～99.9%和91.1%～99.6%,属于亚组A成员。CP基因不同片段受到正选择压力的作用不一样,C端受到负选择压力的作用不易发生变异,而N端受到正选择压力的作用容易发生变异。通过RNAsharpes软件分析3′UTR序列发现各分离物均形成带有Potexvirus属保守核苷酸序列"AC(C/T)TAA"的三叶草茎环结构,这种结构的功能可能与病毒RNA复制有关。