2种方法对不同pH下猪胰岛素结构的分子动力学模拟

为了研究猪胰岛素单体在不同pH下的动态变化,本文从已有的NMR实验数据出发,通过2种不同的方法对胰岛素单体进行了MD模拟,方法1在已知不同pH下晶体结构及氨基酸侧链质子化状态时进行模拟,方法2为从特定晶体结构出发,通过设定部分氨基酸侧链的质子化状态来模拟不同pH下蛋白的结构变化。方法2在某些文章中已被使用,但是没有人探索过该方法是否具有普适性。本文的研究表明,方法2可以比较好地模拟不同pH下蛋白的结构变化,该方法可能具有普适性。针对胰岛素B链C末端的PheB24和PheB25的结构变化,PheB25的侧链在pH为6左右时会移动到胰岛素表面,同时PheB24处的β折叠会转变为无规卷曲,这一结果表明该处的β折叠可能并不是胰岛素单体聚合为二聚体的必要条件。