兰科植物的起源和进化

基因组学研究证实,现存5个亚科的兰科植物都是由一个共同的祖先进化而来的.比较基因组学和转录组学证据表明,MADS-box基因家族在兰科植物花形态的演化中起着至关重要的作用.MβMADS-box基因的丢失,致使现有兰科植物的种子无胚乳.拟兰亚科丢失了B-AP3和E类旁系同源基因,导致它们的花返祖到原始状态;而树兰亚科丢失了MIKC*类的P-亚类基因,致花粉凝结成花粉块.此外,AGL12基因的丢失和ANR1基因的收缩使兰科植物能够成功附生在树木或岩石上.花粉块和附生习性的形成都增加了兰科植物的适应性.因此,树兰亚科(约20000种)比拟兰亚科(17种)进化出更多的物种.基因组学研究为揭示兰科的进化历史及花形态进化的遗传机制提供了新的视角.

OrchidBase 3.0:一个兰花基因功能和基因组进化研究的数据库

兰科为被子植物的最大科,兰科植物是经济价值非常高的世界性观赏植物,其基因组学和转录组学数据可为进一步推动兰花育种和研究提供帮助.本研究团队在建立的OrchidBase1.0、2.0数据库的基础上,利用小兰屿蝴蝶兰的全基因组数据建立了基于网页版的OrchidBase3.0数据库.OrchidBase3.0数据库包含了小兰屿蝴蝶兰基因组拼接支架序列的信息以及基因注释、基因定位、基因结构、KEGG途径和BLAST搜索等内容;此外,该数据库也提供了小兰屿蝴蝶兰的基因序列和每千碱基读数每百万映射读数(RPKM).OrchidBase3.0数据库的在线资源可以通过网页浏览、文本和BLAST搜索获取,搜索结果会显示在网站上并可供下载,用户可通过该数据库下载小兰屿蝴蝶兰的基因组拼接支架序列及预测的基因和蛋白质序列.http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw为OrchidBase3.0数据库的免费网站链接.