平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选

对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占百分比分别为:10 102(28.37%)、16 543(46.46%)、7 035(19.76%);在单核苷酸重复中,A/T重复最多(28.13%);二核苷酸重复中,AG/CT(35.79%)、AT/AT(7.47%)、AC/GT(3.17%)最为丰富;三、四、五、六核苷酸重复中,比例最高的重复序列分别为:AAG/CTT(7.24%)、AAAG/CTTT(0.33%)、AAAAG/CTTTT(0.38%)、AAAAAG/CTTTTT(0.15%)。依据转录组中的SSRs序列信息,随机合成了60对引物,并对含平榛(Corylus heterophylla Fisch)、平欧杂交榛(C.heterophylla×C.avellana)、欧洲榛(C.avellana)及毛榛(C.mandshurica Maxim.)的25份材料进行了PCR扩增和毛细管电泳,找到7对多态性良好的引物,其PIC(Polymorphism Information Content)值为0.35~0.70,获得多态性条带52条;UPGMA(Unweighted Pair Group Method Analysis)聚类结果显示,上述引物可将这些种质进行准确区分。以上研究初步明确了平欧杂交榛转录组中SSR的分布特征,为其遗传连锁图谱构建等研究提供了科学依据。

榛子胚珠不同发育阶段circRNA的分析与鉴定

在榛子胚珠不同发育时期筛选差异表达的circ RNA,进一步鉴定其差异表达的靶m RNA,以期明确circRNA在胚珠中的表达特征及其对胚珠发育的调控作用。在榛子胚珠形成期(Ov1)、早期生长期(Ov2)、快速生长期(Ov3)和成熟期(Ov4)进行胚珠样品采集和Illumina高通量测序,结合已有的m RNA测序分析结果,鉴定参与胚珠发育的差异表达circRNA(DEcircRNA)及其靶差异表达mRNA(DEmRNA)。共鉴定到7122条circRNA,59.54%的circRNA来自外显子区域。在成对比较Ov1-vs-Ov2、Ov1-vs-Ov3、Ov1-vs-Ov4、Ov2-vs-Ov3、Ov2-vs-Ov4和Ov3-vs-Ov4中,分别鉴定到123、162、187、85、105和21条DEcircRNA;DEcircRNA的表达有明显的发育时期特异性;有199条DEcircRNA的靶m RNA也发生差异表达,两者表达变化高度同步。GO(GeneOntology)分类结果表明DEcircRNA参与胚珠发育过程中代谢的调控。随机选择了4个差异表达circRNA及靶m RNA,用qRT-PCR分析其在4个胚珠发育阶段表达量的变化,证实qRT-PCR与Illumina高通量测序结果相一致。

真菌免疫调节蛋白FIP在烟草中的瞬时表达

当短时间内需要高水平的基因表达时,采用病毒载体介导的植物瞬时表达系统是具有一定优势的。本研究中我们构建了植物瞬时表达载体p35S-30B-FIP,并将表达载体转化农杆菌EHA105,建立了植物瞬时表达体系。利用一种瞬时表达体系的新型农杆菌侵染技术(根部真空侵染法)在烟草(Nicotiana tabatum L.)中进行真菌免疫调节蛋白(fungal immunomodulatory protein,FIP)的瞬时表达,并采用Trizal法提取植物总RNA进行了半定量RT-PCR检测。研究结果表明:外源蛋白FIP在烟草(N.tabacum)中获得了瞬时表达。本研究为新型农杆菌侵染技术的利用以及药用蛋白的生产奠定了实验基础。