目的分析引起吉林省2009--2010年手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)流行的肠道病毒71型的基因进化特征。方法选择31株2009-2010年分离于吉林省8个地市(州)HFMD病例的EV71代表株,对VP1编码区基因进行逆转录.聚合酶链反...目的分析引起吉林省2009--2010年手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)流行的肠道病毒71型的基因进化特征。方法选择31株2009-2010年分离于吉林省8个地市(州)HFMD病例的EV71代表株,对VP1编码区基因进行逆转录.聚合酶链反应扩增、扩增产物的序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件对VP1基因进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009-2010年的31株EV71分离株均属于C4a基因亚型,3l株EV7t株在VP1区的核苷酸的同源性在94.5%~100%之间,分属于5个分支,其中25株病毒(分离于8个地市)形成一个大的分支,属于绝对优势传播链,其余6株形成4个小分支。结论2009-2010年在吉林省内有多个EV71C4a基因型的传播链同时存在,其中分支1为绝对优势传播链,在8个地市持续传播,引起HFMD的暴发流行。展开更多
目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand Food and Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)分离株的基因特征。方法选择15株2009年分离于吉林省六个设区的市(州)的HFMD病例的EV71分离株,进行VP1编码区基因全...目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand Food and Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)分离株的基因特征。方法选择15株2009年分离于吉林省六个设区的市(州)的HFMD病例的EV71分离株,进行VP1编码区基因全长逆转录-聚合酶链反应扩增、序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009年的15株EV71分离株均属于C4基因亚型,而且分属于四个相对独立的传播链,其中11株病毒(分离于六个市)属于一个较大的传播链,其余4株形成三个小的传播链。29.5%的吉林省分离株间比对同源性高达99.1%~99.8%,吉林省2009年分离株与安徽省阜阳市2008年以及北京市2008年的流行株间,核苷酸最高同源性分别达到了99.8%和99.7%。结论吉林省2009年至少有四个C4基因型的EV71传播链引起了HFMD的流行,并且有一个EV71优势传播链在几个省以及省内六个市持续传播,引起HFMD的流行;三个小的传播链可能为输入病毒所致。尚未发现在引起HFMD死亡、重症以及轻症的EV71分离株VP1编码区的氨基酸序列呈现规律性的区别。展开更多
目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand,Footand Mouth Disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus Group A Type16,CVA16)VP1编码区的基因特征。方法 对2009年分离于吉林省部分HFMD来源的15株CVA16分离株的VP1编码区基因...目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand,Footand Mouth Disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus Group A Type16,CVA16)VP1编码区的基因特征。方法 对2009年分离于吉林省部分HFMD来源的15株CVA16分离株的VP1编码区基因,进行逆转录-聚合酶链反应扩增,并对扩增产物进行序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件对VP1编码区基因进行基因遗传进化及同源性分析。结果吉林省2009年15株CVA16分离株有86.7%(13/15)属于B1a基因亚型,13.3%(2/15)属于B1b基因亚型,并且15株分离株分属于3个相对独立的传播链(Clade1~3),分别由11株、2株、2株组成。3个传播链各自的组内核苷酸和氨基酸同源性均较高,其中较大优势传播链(Clade1)的核苷酸和氨基酸同源性均高达98.2%~100.0%,两个较小传播链均高达100%。结论吉林省2009年监测到至少有2个基因亚型、3个传播链的CVA16引起的HFMD流行,并且呈现以1个B1a基因亚型的优势传播链为主,其他2个小传播链为辅的传播模式。无论是优势传播链还是小传播链,均各自呈现密切的亲缘关系。展开更多
目的 分析致吉林省2009-2011年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus group A type 16,CA16)分离株的基因亲缘关系.方法 对吉林省2009-2011年分离获得的54株CA16分离株的VP1编码区基...目的 分析致吉林省2009-2011年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus group A type 16,CA16)分离株的基因亲缘关系.方法 对吉林省2009-2011年分离获得的54株CA16分离株的VP1编码区基因进行逆转录-聚合酶链反应扩增以及基因序列测定,使用MEGA 4.0软件进行基因亲缘关系分析.结果 吉林省2009-2011年54株CA16分离株有28株属于B1a基因亚型,26株属于B1b基因亚型;2009-2011年每年B1a基因亚型所占比例分别为86.7%、47.1%、31.8%,B1b基因亚型所占比例分别为13.3%、52.9%、68.2%.28株B1a基因亚型CA16形成了一个优势传播链和一个小传播链,26株B1b基因亚型CA16形成了一个优势传播链和两个小传播链.结论 B1a基因亚型所占比例呈现逐年下降趋势,B1b基因亚型所占比例呈现逐年增加趋势.吉林省2009-2011年呈现两个基因亚型各有一个优势传播链为主、各有1~2个小传播链为辅的共流行传播模式.展开更多
文摘目的分析引起吉林省2009--2010年手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)流行的肠道病毒71型的基因进化特征。方法选择31株2009-2010年分离于吉林省8个地市(州)HFMD病例的EV71代表株,对VP1编码区基因进行逆转录.聚合酶链反应扩增、扩增产物的序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件对VP1基因进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009-2010年的31株EV71分离株均属于C4a基因亚型,3l株EV7t株在VP1区的核苷酸的同源性在94.5%~100%之间,分属于5个分支,其中25株病毒(分离于8个地市)形成一个大的分支,属于绝对优势传播链,其余6株形成4个小分支。结论2009-2010年在吉林省内有多个EV71C4a基因型的传播链同时存在,其中分支1为绝对优势传播链,在8个地市持续传播,引起HFMD的暴发流行。
文摘目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand Food and Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)分离株的基因特征。方法选择15株2009年分离于吉林省六个设区的市(州)的HFMD病例的EV71分离株,进行VP1编码区基因全长逆转录-聚合酶链反应扩增、序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009年的15株EV71分离株均属于C4基因亚型,而且分属于四个相对独立的传播链,其中11株病毒(分离于六个市)属于一个较大的传播链,其余4株形成三个小的传播链。29.5%的吉林省分离株间比对同源性高达99.1%~99.8%,吉林省2009年分离株与安徽省阜阳市2008年以及北京市2008年的流行株间,核苷酸最高同源性分别达到了99.8%和99.7%。结论吉林省2009年至少有四个C4基因型的EV71传播链引起了HFMD的流行,并且有一个EV71优势传播链在几个省以及省内六个市持续传播,引起HFMD的流行;三个小的传播链可能为输入病毒所致。尚未发现在引起HFMD死亡、重症以及轻症的EV71分离株VP1编码区的氨基酸序列呈现规律性的区别。
文摘目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand,Footand Mouth Disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus Group A Type16,CVA16)VP1编码区的基因特征。方法 对2009年分离于吉林省部分HFMD来源的15株CVA16分离株的VP1编码区基因,进行逆转录-聚合酶链反应扩增,并对扩增产物进行序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件对VP1编码区基因进行基因遗传进化及同源性分析。结果吉林省2009年15株CVA16分离株有86.7%(13/15)属于B1a基因亚型,13.3%(2/15)属于B1b基因亚型,并且15株分离株分属于3个相对独立的传播链(Clade1~3),分别由11株、2株、2株组成。3个传播链各自的组内核苷酸和氨基酸同源性均较高,其中较大优势传播链(Clade1)的核苷酸和氨基酸同源性均高达98.2%~100.0%,两个较小传播链均高达100%。结论吉林省2009年监测到至少有2个基因亚型、3个传播链的CVA16引起的HFMD流行,并且呈现以1个B1a基因亚型的优势传播链为主,其他2个小传播链为辅的传播模式。无论是优势传播链还是小传播链,均各自呈现密切的亲缘关系。
文摘目的 分析致吉林省2009-2011年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus group A type 16,CA16)分离株的基因亲缘关系.方法 对吉林省2009-2011年分离获得的54株CA16分离株的VP1编码区基因进行逆转录-聚合酶链反应扩增以及基因序列测定,使用MEGA 4.0软件进行基因亲缘关系分析.结果 吉林省2009-2011年54株CA16分离株有28株属于B1a基因亚型,26株属于B1b基因亚型;2009-2011年每年B1a基因亚型所占比例分别为86.7%、47.1%、31.8%,B1b基因亚型所占比例分别为13.3%、52.9%、68.2%.28株B1a基因亚型CA16形成了一个优势传播链和一个小传播链,26株B1b基因亚型CA16形成了一个优势传播链和两个小传播链.结论 B1a基因亚型所占比例呈现逐年下降趋势,B1b基因亚型所占比例呈现逐年增加趋势.吉林省2009-2011年呈现两个基因亚型各有一个优势传播链为主、各有1~2个小传播链为辅的共流行传播模式.