基于TCGA数据库筛选与三阴型乳腺癌预后相关的miRNAs及其基因网络

目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA(miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,通过生存分析明确与患者预后相关的miRNAs。利用miRDB和miRWalk3.0在线数据库筛选miRNAs的靶基因,Cytoscape 3.8.2软件明确miRNA-信使核糖核酸(mRNA)调控网络,利用R软件limma数据包筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,利用R软件clusterProfiler包分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:生存分析,miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b与TNBC患者的预后有关,且上述miRNAs表达量越低,TNBC患者预后越差。筛选出受这6种miRNAs调控的靶基因224个。基因本体论(GO)功能富集分析,靶基因主要参与乳腺腺泡的发育、DNA转录的正向调控以及血管生成等功能;京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,靶基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用以及胰岛素分泌信号等通路。网络分析,miR-9、miR-17、溶质载体家族24成员2(SLC24A2)、vav鸟苷酸交换因子3(VAV3)、三部结构域含有36(TRIM36)、突触标记素1(SYT1)、富勒林和Sec7结构域含有3(PSD3)、过氧化物酶体增殖物活化受体α(PPARA)、RNA聚合酶Ⅲ亚基G(POLR3G)、多形性腺瘤基因1(PLAG1)、泛素相关和SH3结构域含有B(UBASH3B)及SH3结构域和四重肽重复2(SH3TC2)是调控网络中的关键基因,其中miR-9-SYT1、miR-9-KIF13B、miR-9-KITLG、miR-17-SLC24A2、miR-31-SLC24A2、miR-146a-SYT1、miR-146a-KIF13B、miR-188-SLC24A2和miR-188-SLC24A2的miRNA-mRNA相互作用最为密切。结论:miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b及其靶基因参与乳腺腺泡发育和血管生成等生理过程,与TNBC患者的不良预后密切相关。