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结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析
1
作者
黄劲
王洁
+4 位作者
高霄
雷依丽
杨光红
冯永红
秦莲花
《生物信息学》
2019年第3期161-166,共6页
结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需...
结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点。因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义。首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYFPEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位。最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位。结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8%,β折叠占41.6%,无规卷曲占6.6%;共有4个B细胞抗原位点,位于109~124、152~169、178~192、198~209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263~271、87~95、240~248氨基酸区段;5个Th表位,位于77~91、87~101、234~247、70~84、46~60氨基酸区段。生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础。
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关键词
结核分枝杆菌
生物信息学
Rv1385
抗原性
下载PDF
职称材料
Toll样受体基因多态性与结核病易感性的研究进展
被引量:
5
2
作者
周燕
郑瑞娟
胡忠义
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期73-76,共4页
MTB是一种胞内寄生菌,机体依赖天然免疫及Th1介导的细胞免疫来防御其侵袭。研究表明,Toll样受体(Tolllike receptors,TLRS)是介导宿主对MTB的识别及抗结核免疫反应的关键分子,不仅在激活天然免疫中发挥着重要的作用,而且还调节...
MTB是一种胞内寄生菌,机体依赖天然免疫及Th1介导的细胞免疫来防御其侵袭。研究表明,Toll样受体(Tolllike receptors,TLRS)是介导宿主对MTB的识别及抗结核免疫反应的关键分子,不仅在激活天然免疫中发挥着重要的作用,而且还调节获得性免疫,是连接天然免疫与获得性免疫的主要桥梁。
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关键词
TOLL样受体
受体基因多态性
易感性
结核病
Th1介导
获得性免疫
天然免疫
细胞免疫
原文传递
结核分枝杆菌pyrF基因的生物信息学分析
被引量:
5
3
作者
黄劲
王洁
+6 位作者
牛雪可
邱文
赵亮
王梅竹
康颖倩
冯永红
秦莲花
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2019年第2期125-130,136,共7页
目的应用生物信息学软件分析预测结核分枝杆菌乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶(orotidine 5'-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的结构与生物学特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SO...
目的应用生物信息学软件分析预测结核分枝杆菌乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶(orotidine 5'-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的结构与生物学特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SOPMA,SWISS-MODEL和STRING等生物信息学软件对结核分枝杆菌(Mycobacterium Tuberculosis)H37Rv的pyrF基因及其编码蛋白OMPdecase的理化性质、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构、三维结构和蛋白-蛋白相互作用网络等进行预测分析。结果预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase为相对分子质量27.4×10~3的富含丙氨酸、甘氨酸和缬氨酸的稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,不含信号肽,且磷酸化程度较高。α螺旋和无规卷曲为OMPdecase的主要二级结构元件,分别占51.09%和27.37%。同源建模分析显示D93-K95-D98-I99-T102位于活性中心区域内。结论生物信息学方法预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase相对分子质量为27.4×10~3,为稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,其含有的保守氨基酸残基D93-K95-D98-I99-T102与该蛋白的催化活性密切相关。
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关键词
PyrF
结核分枝杆菌
结构
功能
生物信息学
原文传递
题名
结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析
1
作者
黄劲
王洁
高霄
雷依丽
杨光红
冯永红
秦莲花
机构
贵州医科
大学
环境污染与疾病监控教育部
重点
实验室
贵州医科
大学
基础
医学院
同济大学医学院附属上海市肺科医院上海市结核病重点实验室
贵州医科
大学
公共卫生
学院
出处
《生物信息学》
2019年第3期161-166,共6页
基金
国家自然科学基金(No.8147009,No.81771692,No.81471563)
贵州省科技厅基金(黔科合[2010]3154号)
贵州省教育厅开放课题基金(黔教合KY字[2018]482)
文摘
结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点。因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义。首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYFPEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位。最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位。结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8%,β折叠占41.6%,无规卷曲占6.6%;共有4个B细胞抗原位点,位于109~124、152~169、178~192、198~209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263~271、87~95、240~248氨基酸区段;5个Th表位,位于77~91、87~101、234~247、70~84、46~60氨基酸区段。生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础。
关键词
结核分枝杆菌
生物信息学
Rv1385
抗原性
Keywords
Mycobacterium tuberculosis
Bioinformatics
Rv1385
Antigenic epitope
分类号
R378.911 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
Toll样受体基因多态性与结核病易感性的研究进展
被引量:
5
2
作者
周燕
郑瑞娟
胡忠义
机构
同济大学
医学院
同济大学
医学院
附属
上海市肺科医院
上海市
结核病
肺
重点
实验室
出处
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期73-76,共4页
基金
基金项目:国家科技重大专项(2008ZX10003-003-02)
上海市科委科研课题(08DZ2271300,08JC1420000)
文摘
MTB是一种胞内寄生菌,机体依赖天然免疫及Th1介导的细胞免疫来防御其侵袭。研究表明,Toll样受体(Tolllike receptors,TLRS)是介导宿主对MTB的识别及抗结核免疫反应的关键分子,不仅在激活天然免疫中发挥着重要的作用,而且还调节获得性免疫,是连接天然免疫与获得性免疫的主要桥梁。
关键词
TOLL样受体
受体基因多态性
易感性
结核病
Th1介导
获得性免疫
天然免疫
细胞免疫
分类号
R392 [医药卫生—免疫学]
原文传递
题名
结核分枝杆菌pyrF基因的生物信息学分析
被引量:
5
3
作者
黄劲
王洁
牛雪可
邱文
赵亮
王梅竹
康颖倩
冯永红
秦莲花
机构
贵州医科
大学
环境污染与疾病监控教育部
重点
实验室
贵州医科
大学
生物化学与分子生物学教研室
同济大学医学院附属上海市肺科医院上海市结核病重点实验室
贵州医科
大学
基础
医学院
微生物学教研室
出处
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2019年第2期125-130,136,共7页
基金
国家自然科学基金项目(No.8147009
No.81771692
+3 种基金
No.81471563)
贵州省科技厅基金项目(黔科合[2010]3154号)
贵阳市科技局基金项目(筑科合同[2016]1001号
筑科合同(2017)5-19号)
文摘
目的应用生物信息学软件分析预测结核分枝杆菌乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶(orotidine 5'-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的结构与生物学特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SOPMA,SWISS-MODEL和STRING等生物信息学软件对结核分枝杆菌(Mycobacterium Tuberculosis)H37Rv的pyrF基因及其编码蛋白OMPdecase的理化性质、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构、三维结构和蛋白-蛋白相互作用网络等进行预测分析。结果预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase为相对分子质量27.4×10~3的富含丙氨酸、甘氨酸和缬氨酸的稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,不含信号肽,且磷酸化程度较高。α螺旋和无规卷曲为OMPdecase的主要二级结构元件,分别占51.09%和27.37%。同源建模分析显示D93-K95-D98-I99-T102位于活性中心区域内。结论生物信息学方法预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase相对分子质量为27.4×10~3,为稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,其含有的保守氨基酸残基D93-K95-D98-I99-T102与该蛋白的催化活性密切相关。
关键词
PyrF
结核分枝杆菌
结构
功能
生物信息学
Keywords
pyrF
Mycobacterium tuberculosis
structure
function
bioinformatics
分类号
R378.911 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析
黄劲
王洁
高霄
雷依丽
杨光红
冯永红
秦莲花
《生物信息学》
2019
0
下载PDF
职称材料
2
Toll样受体基因多态性与结核病易感性的研究进展
周燕
郑瑞娟
胡忠义
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2011
5
原文传递
3
结核分枝杆菌pyrF基因的生物信息学分析
黄劲
王洁
牛雪可
邱文
赵亮
王梅竹
康颖倩
冯永红
秦莲花
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2019
5
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