目的了解咸阳市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原谱构成情况,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)VP1基因序列特征。方法对2020—2021年收集的HFMD病例样本进行反转录实时荧光定量聚合酶链式反应(reverse transc...目的了解咸阳市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原谱构成情况,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)VP1基因序列特征。方法对2020—2021年收集的HFMD病例样本进行反转录实时荧光定量聚合酶链式反应(reverse transcription real time PCR,RT-qPCR)检测分型,分析病原学监测结果;选取部分CVA6阳性样本,采用半巢式RT-PCR法扩增病毒VP1片段全长,扩增产物经测序后进行序列相似性和基因进化分析。结果2020—2021年共收集咸阳所辖县(区)HFMD样本615例,经RT-qPCR检测肠道病毒(enterovirus,EV)阳性率为72.20%(444/615)。其中CVA6样本占阳性样本总数的61.94%(275/444),其次是其他EV型22.07%(98/444)、CVA16型13.51%(60/444)、CVA10型2.48%(11/444)。2020年CVA6为主要流行毒株,2021年其他EV、CVA6与CVA16共同流行。EV阳性病例的发病时间在2021年呈双峰分布(5—7月为主高峰和9—11月为次高峰),2020年发病高峰为9—11月。秦都区、旬邑县和三原县EV阳性样本最多,总占比超过50%。与2008年芬兰株(KM114057)相比,本研究中的35条VP1序列核苷酸相似性为92.0%~94.4%,氨基酸序列相似性97.4%~98.7%,存在7个主要突变位点,其中A5T、S27N、V30A、S137N突变率接近100.00%。VP1基因进化分析显示,咸阳市2020—2021年CVA6型均属于D3a分支。结论2020—2021年咸阳市HFMD病原谱变化显著,CVA6为优势毒株,属于D3a基因亚型,需加强CVA6及其他EV分子病原学监测。展开更多
文摘目的了解咸阳市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原谱构成情况,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)VP1基因序列特征。方法对2020—2021年收集的HFMD病例样本进行反转录实时荧光定量聚合酶链式反应(reverse transcription real time PCR,RT-qPCR)检测分型,分析病原学监测结果;选取部分CVA6阳性样本,采用半巢式RT-PCR法扩增病毒VP1片段全长,扩增产物经测序后进行序列相似性和基因进化分析。结果2020—2021年共收集咸阳所辖县(区)HFMD样本615例,经RT-qPCR检测肠道病毒(enterovirus,EV)阳性率为72.20%(444/615)。其中CVA6样本占阳性样本总数的61.94%(275/444),其次是其他EV型22.07%(98/444)、CVA16型13.51%(60/444)、CVA10型2.48%(11/444)。2020年CVA6为主要流行毒株,2021年其他EV、CVA6与CVA16共同流行。EV阳性病例的发病时间在2021年呈双峰分布(5—7月为主高峰和9—11月为次高峰),2020年发病高峰为9—11月。秦都区、旬邑县和三原县EV阳性样本最多,总占比超过50%。与2008年芬兰株(KM114057)相比,本研究中的35条VP1序列核苷酸相似性为92.0%~94.4%,氨基酸序列相似性97.4%~98.7%,存在7个主要突变位点,其中A5T、S27N、V30A、S137N突变率接近100.00%。VP1基因进化分析显示,咸阳市2020—2021年CVA6型均属于D3a分支。结论2020—2021年咸阳市HFMD病原谱变化显著,CVA6为优势毒株,属于D3a基因亚型,需加强CVA6及其他EV分子病原学监测。