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黑龙江省HIV-1型流行株CRE01_AE env基因序列特征和传播簇分析
被引量:
1
1
作者
常晓云
李海宁
+5 位作者
王馨仪
熊欣
刘燕
李庆海
王福祥
刘树林
《国际免疫学杂志》
CAS
2018年第2期142-147,共6页
目的分析黑龙江省HIV-1感染者中流行株CRF01_AE env基因序列特征以及成簇特性。方法应用巢式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction ,Nested-PCR)对env C2-C4区核苷酸序列进行扩增。用MEGA软件进行系统进化分析,然后对156...
目的分析黑龙江省HIV-1感染者中流行株CRF01_AE env基因序列特征以及成簇特性。方法应用巢式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction ,Nested-PCR)对env C2-C4区核苷酸序列进行扩增。用MEGA软件进行系统进化分析,然后对156份CRF01_AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域氨基酸特征分析以及生物信息学分析。 结果156份样本中绝大多数样本与中国黑龙江、吉林、辽宁的代表毒株聚成一簇,还有一小部分样本与来自中国云南以及泰国代表株90CM240、90CM235聚成一簇。共发现6种V3环顶端四肽类型,主要类型为GPGQ、GPGR,此外还有GLGR、GQGR、GPGK、GPGS。根据V3环的氨基酸分析可预测HIV-1辅助受体的使用情况,其中121份(77.6%)使用趋化因子受体5(chemokine reseptor,CCR5)作为辅助受体,没有可被预测为使用趋化因子受体4[chemokine(c-x-c matif)-receptor 4,CXCR4]为辅助受体的毒株,35份(22.4%)样本不能被预测。以bootstrap≥90%、基因距离≤0.045作为界定传播簇的参数,共形成16条传播簇,其中1条传播簇有9条序列。结论黑龙江省HIV-1流行株CRF01_AE V3环顶端四肽具有较大的变异性,大部分毒株呈现巨噬细胞嗜性。CRF01_AE毒株形成的传播簇规模较小,成簇序列数也仅达到四分之一。
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关键词
人类免疫缺陷病毒1型
CRF01_AE
V3环
传播簇
原文传递
程序性死亡受体-1信号通路在神经系统疾病发生中的作用
被引量:
7
2
作者
王琦
李飞峰
+1 位作者
刘树林
付锦
《国际免疫学杂志》
CAS
2019年第1期58-63,共6页
神经系统疾病是神经系统由于感染、免疫、血管病、代谢障碍等引起的一类综合性疾病。随着我国人口老龄化的到来,神经系统疾病已成为致死和致残的主要原因之一。神经系统疾病的发病机制非常复杂,研究发现许多基因或信号通路的异常和该疾...
神经系统疾病是神经系统由于感染、免疫、血管病、代谢障碍等引起的一类综合性疾病。随着我国人口老龄化的到来,神经系统疾病已成为致死和致残的主要原因之一。神经系统疾病的发病机制非常复杂,研究发现许多基因或信号通路的异常和该疾病的发生和发展密切相关。其中,程序性死亡受体-1(programmed death-1,PD-1)信号通路对人体免疫系统起负性调节作用,有利于维持免疫耐受和免疫自稳。因此PD-1及其配体的基因变异与神经系统免疫性疾病、退行性病变及脑血管病的发生关系密切,特别是在一些因感染和免疫异常引起的神经系统疾病的发生过程中,作用更加重要。因此,总结PD-1信号通路及相关基因在神经系统疾病中的作用,揭示PD-1信号通路对神经系统疾病发生、发展的影响,将为疾病的诊断、治疗和预后提供思路和帮助。
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关键词
程序性死亡受体-1
信号通路
神经系统疾病
自身免疫
基因
原文传递
题名
黑龙江省HIV-1型流行株CRE01_AE env基因序列特征和传播簇分析
被引量:
1
1
作者
常晓云
李海宁
王馨仪
熊欣
刘燕
李庆海
王福祥
刘树林
机构
哈尔滨医科大学药学院、哈尔滨医科大学基因组中心
哈尔滨医科大学
附属第四医院感染科
出处
《国际免疫学杂志》
CAS
2018年第2期142-147,共6页
基金
国家自然科学基金(81671980)
黑龙江省大学生创新创业基金(201710226076)
文摘
目的分析黑龙江省HIV-1感染者中流行株CRF01_AE env基因序列特征以及成簇特性。方法应用巢式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction ,Nested-PCR)对env C2-C4区核苷酸序列进行扩增。用MEGA软件进行系统进化分析,然后对156份CRF01_AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域氨基酸特征分析以及生物信息学分析。 结果156份样本中绝大多数样本与中国黑龙江、吉林、辽宁的代表毒株聚成一簇,还有一小部分样本与来自中国云南以及泰国代表株90CM240、90CM235聚成一簇。共发现6种V3环顶端四肽类型,主要类型为GPGQ、GPGR,此外还有GLGR、GQGR、GPGK、GPGS。根据V3环的氨基酸分析可预测HIV-1辅助受体的使用情况,其中121份(77.6%)使用趋化因子受体5(chemokine reseptor,CCR5)作为辅助受体,没有可被预测为使用趋化因子受体4[chemokine(c-x-c matif)-receptor 4,CXCR4]为辅助受体的毒株,35份(22.4%)样本不能被预测。以bootstrap≥90%、基因距离≤0.045作为界定传播簇的参数,共形成16条传播簇,其中1条传播簇有9条序列。结论黑龙江省HIV-1流行株CRF01_AE V3环顶端四肽具有较大的变异性,大部分毒株呈现巨噬细胞嗜性。CRF01_AE毒株形成的传播簇规模较小,成簇序列数也仅达到四分之一。
关键词
人类免疫缺陷病毒1型
CRF01_AE
V3环
传播簇
Keywords
HIV-1
CRFOI_AE
V3 loop
Transmission Cluster
分类号
R512.91 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
程序性死亡受体-1信号通路在神经系统疾病发生中的作用
被引量:
7
2
作者
王琦
李飞峰
刘树林
付锦
机构
哈尔滨医科大学
附属第二医院神经内科
哈尔滨医科大学药学院、哈尔滨医科大学基因组中心
出处
《国际免疫学杂志》
CAS
2019年第1期58-63,共6页
基金
国家自然科学基金(30970119、81030029)
黑龙江省卫生计生委基金资助项目(2016-189)
中国博士后科学基金(2016M601460).
文摘
神经系统疾病是神经系统由于感染、免疫、血管病、代谢障碍等引起的一类综合性疾病。随着我国人口老龄化的到来,神经系统疾病已成为致死和致残的主要原因之一。神经系统疾病的发病机制非常复杂,研究发现许多基因或信号通路的异常和该疾病的发生和发展密切相关。其中,程序性死亡受体-1(programmed death-1,PD-1)信号通路对人体免疫系统起负性调节作用,有利于维持免疫耐受和免疫自稳。因此PD-1及其配体的基因变异与神经系统免疫性疾病、退行性病变及脑血管病的发生关系密切,特别是在一些因感染和免疫异常引起的神经系统疾病的发生过程中,作用更加重要。因此,总结PD-1信号通路及相关基因在神经系统疾病中的作用,揭示PD-1信号通路对神经系统疾病发生、发展的影响,将为疾病的诊断、治疗和预后提供思路和帮助。
关键词
程序性死亡受体-1
信号通路
神经系统疾病
自身免疫
基因
Keywords
Programmed death-1 signaling pathway
Nervous system disease
Autoimmunity
Gene
分类号
R741.02 [医药卫生—神经病学与精神病学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
黑龙江省HIV-1型流行株CRE01_AE env基因序列特征和传播簇分析
常晓云
李海宁
王馨仪
熊欣
刘燕
李庆海
王福祥
刘树林
《国际免疫学杂志》
CAS
2018
1
原文传递
2
程序性死亡受体-1信号通路在神经系统疾病发生中的作用
王琦
李飞峰
刘树林
付锦
《国际免疫学杂志》
CAS
2019
7
原文传递
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