16SrDNA基因芯片检测临床常见感染性细菌

目的 提高细菌和临床微生物检测的速度和准确性 ,建立含有 2 0种细菌探针在内的感染性细菌检测用基因芯片模型。方法 使用 16SrDNA克隆探针和合成的寡核苷酸探针两种 ,利用点样仪制成基因芯片。细菌DNA经过 16SrDNA通用引物扩增后与芯片上的探针杂交 ,然后用荧光扫描仪检测信号。结果 基因芯片能够用于细菌检测 ,克隆探针具有广泛和灵敏的特点 ,但是交叉反应明显 ;寡核苷酸探针具有较高的特异性 ,但是灵敏度稍差。结论 cDNA探针和寡核苷酸探针结合或设计几个不同的探针来指向同一株细菌很可能是将来基因芯片的检测方向。

cDNA芯片缺失值处理对基于基因表达谱的疾病分类的影响

选取了4套cDNA芯片数据,分别运用补零和K近邻的方法,对有检测缺失的基因进行了补缺失值处理,分析了不同处理对支持向量机、K近邻分类器、决策树三种分类器分类效能的影响.结果显示： 在cDNA基因表达谱数据中,对检测缺失率不高于5%的基因补缺失值是一种较好的策略,这样可以保留较多的基因供后续的功能分析,同时仍然能够保持很高的疾病分类效能.

用光刻工艺制作高密度基因芯片的研究

利用集成电路中的光刻工艺,以玻璃为衬底,制作了高密度基因芯片,它能将数以万计 的寡核苷酸固定于固相支持物,且具有高通量、并行性、微型化及自动化等特点.

基于基因功能表达谱的疾病分类：抗基因缺失的稳健性

利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗基因表达变异,抗检测误差,并可以显著地降低分类特征维数(参与疾病分类的基因数目).采用淋巴瘤数据集,比较了基于功能表达谱和常规的基因表达谱的决策树分类器.结果显示,基于功能表达谱可以得到高准确度的疾病样本分类结果,能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.通过仿真分析,进一步显示了基于功能表达谱的分类方法具有抗基因检测缺失的稳健性.

基于电子克隆方法获得鸡MIBP全长cDNA

随着生物数据的急剧增长和计算机技术的快速提高,生物信息学这一新兴学科得到了前所未有的迅速发展,应用的领域越来越广。应用电子克隆技术来寻找未知新基因,就是生物信息学在全长新基因发现上的具体应用。电子克隆与其他发现全长基因的方法相比可以充分利用已有的数据库资源,避免大量的重复性劳动,节省时间和开支,加快新基因的发现。在鸡的大规模cDNA克隆测序的背景下,利用EST数据库比对,应用电子克隆技术来寻找鸡的末知新基因。并成功的预测了一个EST的全长cDNA序列物(947bp),同时对其进行了蛋白质水平的预测与分析,被步确定它编码206个氨基酸,其蛋白质序列与人肉整合素结合蛋白β1具有较高相似性(相似性为73%)。经RT-PCR扩增获得预期片断,测序鉴定,命名为ChickenMIBP。

利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系

我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通路、信号传导通路等五个方面分类的基因的表达相关性,结果显示按照这些不同的方面分类的基因显著共表达,并且这种共表达现象往往受相关实验条件影响。为基因表达谱分析中广泛采用的假设“功能相关的基因表达相关”提供了进一步的实验证据。

功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub

介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?

大豆异黄酮的功能和开发前景的研究进展

大豆异黄酮是一类具有植物雌激素活性的物质,它主要包括为染料木素,大豆黄素,黄豆黄素。动物实验、临床研究以及流行病学调查表明,大豆异黄酮对癌症、动脉硬化症、骨质疏松症以及更年期综合症具有预防与治愈作用。

基于23SrDNA基因的病原细菌通用检测寡核苷酸芯片

目的 :利用新兴的生物芯片技术 ,以细菌 2 3SrDNA基因为靶序列 ,实现常见病原细菌的通用检测。方法 :从核酸数据库中调用一些病原细菌的 2 3SrDNA基因序列 ,在指定的片段内设计目的细菌的种特异性寡核苷酸探针 ,用适当的方法固定在玻片上 ,制备寡核苷酸芯片 ;扩增实验细菌 2 3SrDNA基因片段 ,并同时完成荧光素的掺入标记 ,标记扩增产物纯化后 ,与芯片进行杂交 ,根据杂交结果进行条件优化及芯片评价。结果 :通过对探针、固定化、标记、杂交等条件进行优化 ,本实验中所使用的多种实验细菌可以在 4h左右通过杂交得到准确鉴定 ;以奇异变形杆菌为对象 ,本系统最低检出菌液浓度为 10 0个 ml,即反应体系中含 10个菌体即可检出。结论 :本研究建立的寡核苷酸芯片系统可以稳定而特异地实现多种细菌的通用检测 ,具有良好的应用前景。

染料木素对前列腺癌细胞恶性增殖的抑制作用

目的研究染料木素(Gen)对人前列腺癌细胞(PC-3)的影响。方法将PC-3细胞在DMEF-12培养液(含10%胎牛血清)中采用开放式单层贴壁培养,采用四甲基偶氮噻唑蓝(MTT)比色法、细胞核分裂指数、集落形成和3H-TdR掺入试验方法进行检测。染料木素剂量设为10,20,40,80μmol/L。以二甲基亚砜(DMSO)为溶剂对照。结果不同剂量的染料木素对PC-3细胞的生长增殖有不同的抑制作用。在MTT试验中,不同浓度染料木素对PC-3细胞的7d抑制率分别为27.7%,58.8%,72.3%,84.4%。在核分裂指数试验中,随着染料木素剂量的增高,其核分裂指数明显降低;遮集落形成试验中,随着染料木素剂量的增加,集落形成抑制作用增加;在3H-TdR掺入试验中,可见随着染料木素剂量的增高,3H-TdR掺入到PC-3细胞中明显的减少,与阴性对照组比较差异有统计学意义。结论染料木素对PC-3细胞的生长增殖有明显抑制作用,可能是染料木素抑制前列腺癌的机制之一。

大豆异黄酮糖配体制备工艺研究

以大豆胚轴为原料,通过正交设计确立制备含染料木黄酮的糖配体酸水解条件,水解酸液的浓度为2.5 mol/L、水解温度为90℃,水解时间为3h。根据糖配体的溶解度与极性经AB-8大孔树脂柱乙醇溶剂分步淋洗(水→30%乙醇→80%乙醇)分离及以氯仿∶甲醇∶20%冰乙酸,体积比为7∶3∶1为展开系薄层小量制备出纯度为48.6%大豆异黄酮糖配体染料木黄酮。

大豆皂甙的提取、生理功能及应用进展

大豆是我国的传统食品,营养丰富,并且含有多种生物活性物质。本文介绍了大豆中皂甙的分子结构,酶解和提取工艺。并简述了其增强免疫功能,抗肿瘤,抗自由基,抗血栓,抗脂蛋白氧化等生理功能和治疗高脂血症的临床实验。大豆皂甙应用前景广阔,已在食品和化妆品有一些应用,并有可能被开发为治疗心血管疾病的药物。