利用GWAS和DNA甲基化共定位鉴定猪肉质性状的候选基因

为了更深入地了解肉质性状的遗传基础,本研究使用基于基因型填充的测序数据进行了GWAS分析并与之前的发表的EWAS结果进行共定位分析。该研究发现了515个全基因组水平显著的SNPs位点和4 134个达建议显著阈值的SNPs位点,这些位点共涉及406个基因,其中包括262个蛋白质编码基因,最终确定了6个可能与肉质性状相关的重要候选基因。同时,与EWAS的结果进行比较,发现有12个显著的CpG位点与显著SNP位点存在重叠。通过这些研究可以为改善猪肉品质的育种工作提供更坚实的理论基础和数据支持。

基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序,检测了133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据,通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构,通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性,最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示:(1)NJ90共包含135760个SNPs位点,其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32266个SNPs位点,其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。(2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。(3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系,可将群体分为6个家系。(4)根据SNP纯合性评估群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为0.27和0.01;根据连续性纯合片段估计群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为6.65%和0.02%。综上所述,内江猪群体具有较为丰富的遗传多样性,群体遗传距离和亲缘关系较远,近交程度较低,根据公猪聚类和亲缘关系可以分为6个家系,具有较好的遗传资源保护和开发利用的基础。同时低深度重测序对比SNP芯片能够更大范围覆盖基因组信息,对群体遗传多样性分析和遗传结构分析更具参考价值。

基于计算机视觉技术的猪肌内脂肪含量和眼肌面积测定系统的研发

旨在开发基于计算机视觉技术的猪肉质图像快速鉴别方法,为解决猪肉质传统测定方法缺陷和构建猪肉质快速测定系统奠定技术基础。本研究采用canny边缘检测算法、归一化、伽马校正、自适应直方图均衡化和阈值化等方法进行图像处理,利用二维信息模拟了猪背最长肌的三维模型,开发了基于图像的猪肌内脂肪含量计算机视觉测定方法。利用人工描绘和计算机视觉轮廓搜寻技术开发了基于图像处理的眼肌面积识别方法。利用Open CV和C++实现各方法的底层算法程序,研发了一套猪肌内脂肪含量和眼肌面积的测定系统,并利用250头不同品种的试验猪进行了应用测试。测试结果显示,肌内脂肪含量检测模块能够快速实现肌内脂肪图形信息的提取与预测,单个样品检测时间平均不超过2 min,准确性可达0.54,且测定离散系数为0.062,具有较强的稳定性。眼肌面积与背膘厚检测模块能够通过人工与计算机结合的方式快速测定眼肌面积和背膘厚。本研究建立的检测方法和软件系统能够实现猪肌内脂肪含量、背膘厚和眼肌面积的快速检测。

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.2604±0.0252),26头种公猪的遗传距离为(0.2633±0.0237)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity,ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。

不同旱养方式对鹅睾丸及外生殖器组织形态学的影响

旨在探究不同旱养方式对公鹅生殖系统发育的影响。以同批孵化、健康的100只四川白鹅公鹅为试验对象,于120日龄时从中挑选60只体重相近的公鹅等分为2组(每组30只),分别进行笼养和网上地面混合平养,继续饲养至270日龄时屠宰并采集鹅睾丸及外生殖器进行组织形态学分析。形态学结果显示:笼养组鹅左侧、右侧和双侧睾丸重量及其器官指数极显著高于混合平养组(P<0.01),笼养组鹅右侧睾丸长径以及两侧睾丸短径显著高于混合平养组(P<0.05);笼养组鹅外生殖器的自然长度和基部直径显著高于混合平养组(P<0.05),拉直长度极显著高于混合平养组(P<0.01)。组织学结果显示:笼养组鹅睾丸中精原细胞数量显著高于混合平养组(P<0.05),睾丸实质间质比、生精上皮厚度、支持细胞数量和生殖细胞数量极显著高于混合平养组(P<0.01);笼养组鹅的外生殖器角化上皮厚度显著低于混合平养组(P<0.05)。相关性分析结果显示:鹅睾丸或外生殖器的形态学与组织学指标之间存在显著相关性(P<0.05),且两种饲养方式下鹅睾丸与外生殖器的组织形态学指标之间均存在显著相关性(P<0.05),但笼养组鹅睾丸与外生殖器组织形态学指标之间的相关性更强。综上,两种旱养方式下鹅睾丸与外生殖器的发育过程均密切相关;相较于混合平养,120日龄上笼且持续150 d的笼养方式显著促进了公鹅生殖系统发育及睾丸生精能力。

FSHR基因第10外显子SNP的筛选及其与兔体质量性状的关联性分析

【目的】近年来,研究发现FSHR基因在非性腺组织中也有表达,能够介导FSH信号参与调控机体内多项生理活动。FSH-FSHR信号与脂肪沉积、体质量存在一定关联,但有关FSHR基因与兔体质量性状的关联还未见报道。【方法】本研究以天府黑兔为研究对象,采用PCR产物直接测序的方法对其FSHR基因第10外显子进行SNP筛选,并将基因型与兔各日龄体质量做关联性分析。【结果】测序结果经比对,在兔FSHR基因第10外显子发现突变g.163537 G>A和g.163619 A>G。其中g.163537 G>A为同义突变,处于低度多态(PIC<0.25),群体处于Hardy-Weinberg平衡;g.163619 A>G为错义突变,编码氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸,同样处于低度多态(PIC<0.25),群体处于Hardy-Weinberg平衡。对单位点基因型间体质量差异进行分析发现,g.163537 G>A位点对兔体质量影响不显著,但GG基因型个体的49、56及70日龄体质量高于GA和AA基因型个体,表明GG基因型增重速度较快;g.163619 A>G的AA基因型个体42、49日龄体质量显著高于AG基因型个体(P<0.05),尽管56、70日龄各基因型间差异不显著,AA基因型个体体质量仍然高于其他基因型。结果表明FSHR基因可以作为兔早期体质量性状选择的标记基因。

日粮中添加离子型饲料添加剂对热应激家兔繁殖性能的影响

随着夏季高温天气的增加,热应激成为家兔养殖中越来越严重的问题。研究旨在研究热应激环境下,在母兔饲料中添加碱性矿物质复合物(AMC)对母兔繁殖性能的影响。选择新西兰经产母兔120只,随机分成两组,即对照组和试验组。试验组饲料中添加0.2%的AMC添加剂。在热应激环境和非热应激环境条件下,分别测定两组的繁殖性能。结果表明:非热应激批次两组母兔情期受胎率和初生窝重显著大于热应激批次的对照组(P<0.05),窝产仔数、窝产活仔数、3周龄窝重、5周龄断奶仔兔数、5周龄断奶重和5周龄断奶成活率等6个性状组间差异不显著(P>0.05);母兔饲料中添加0.2%的AMC能显著缓解母兔热应激,提高情期受胎率16.8%(P<0.05),提高母兔的5周龄断奶成活率3.32%和断奶窝重3.80%(P>0.05)。由此可知,热应激将导致母兔繁殖性能显著下降,在饲料中添加0.2%的碱性矿物质复合物能够有效缓解母兔热应激反应,改善母兔的繁殖性能。