微滴数字PCR定量检测葡萄膜黑色素瘤患者GNAQ/11突变基因

目的探讨基于微滴数字PCR定量检测葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UM)患者肿瘤组织GNAQ/11突变的可行性。方法肿瘤标本取自2009-2015年间在四川大学华西医院确诊并行眼球摘除术的78例UM患者的甲醛固定石蜡包埋(FFPE)肿瘤组织,取标本前所有患者均未进行放疗或化疗。采用回顾性研究,以微滴数字PCR技术检测葡萄膜黑色素瘤GNAQ/11的突变情况,同时Sanger测序对目标基因进行DNA测序,比较两种检测方式结果的一致性。结果74例UM患者肿瘤组织GNAQ/11突变频率为91.9%。对Sanger测序与微滴数字PCR技术两种方式检测74例葡萄膜黑色素瘤患者GNAQ/11突变的结果进行一致性检验,Kappa系数=0.436,P=0.001。检测GNAQ/11突变基因的两种方法差异最常见的是Sanger测序没有检测出GNAQ/11突变。Sanger测序结果的出错率在异质突变组高于同质突变组(12/37 vs.3/16,P=0.53),但差异无统计学意义。结论微滴数字PCR与Sanger测序结果具有较好的一致性,葡萄膜黑色素瘤中GNAQ/11的突变率差异较大。数字PCR检测葡萄膜黑色素瘤患者GNAQ/11突变频率接近报道水平。肿瘤组织DNA来源于FFPE的样本更推荐使用灵敏度高的微滴数字PCR检测基因突变,Sanger测序易出现假阴性结果。