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肾透明细胞癌中lncRNA和miRNA差异表达及相关ceRNA调控网络的分析研究 被引量:6
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作者 侯婉婷 唐秋琳 毕锋 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期267-273,共7页
本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异... 本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA之间的ceRNA调控关系网。结果发现共有1 570个lncRNA、54个miRNA和17个mRNA在肾透明细胞癌组织中存在异常表达,且其表达水平以上调为主(错误发现率<0.01;对数差异表达倍数变化绝对值> 2)。ceRNA调控网显示共89个差异表达的lncRNA和9个差异表达的miRNA之间存在相互作用关系,生存分析共鉴定出COL18A1-AS1、TCL6、LINC00475、UCA1、WT1-AS、HOTTIP、PVT1等38个有预后价值的lncRNA和2个有预后价值的miRNA(miR-21和miR-155)(P <0.05)。本研究将为肾透明细胞癌靶向治疗与预后评估提供新的理论依据。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 肿瘤基因组图谱计划 长链非编码RNA 竞争性内源性RNA 微小RNA
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β-catenin和IQGAP1的调控环路及其在肠癌细胞增殖中的作用 被引量:3
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作者 徐焕基 夏洪伟 +1 位作者 唐秋琳 毕锋 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第1期81-86,共6页
本文主要研究β连环蛋白(β-catenin)和含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1(IQGAP1)的相互调控,及其在肠癌细胞增殖中的功能。利用细胞转染技术改变肠癌细胞SW1116中的β-catenin或者IQGAP1表达后,通过蛋白质印迹法分别检测SW1116细胞中IQGAP1... 本文主要研究β连环蛋白(β-catenin)和含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1(IQGAP1)的相互调控,及其在肠癌细胞增殖中的功能。利用细胞转染技术改变肠癌细胞SW1116中的β-catenin或者IQGAP1表达后,通过蛋白质印迹法分别检测SW1116细胞中IQGAP1和β-catenin的表达情况。利用CCK-8细胞增殖实验检测干扰下调IQGAP1对β-catenin促进SW1116细胞增殖的影响。结果发现在SW1116细胞中干扰β-catenin可以下调IQGAP1表达,过表达β-catenin可以上调IQGAP1并加强有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK)通路;干扰IQGAP1在SW1116细胞中反而引起β-catenin上升;同时CCK-8细胞增殖实验发现干扰IQGAP1减弱了β-catenin的促肠癌细胞增殖作用。本研究表明β-catenin与IQGAP1形成负向反馈调控环路,在调控肠癌细胞的增殖中发挥着重要功能。 展开更多
关键词 Β连环蛋白 含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1 有丝分裂原激活蛋白激酶通路 细胞增殖
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