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肾透明细胞癌中lncRNA和miRNA差异表达及相关ceRNA调控网络的分析研究
被引量:
6
1
作者
侯婉婷
唐秋琳
毕锋
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期267-273,共7页
本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异...
本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA之间的ceRNA调控关系网。结果发现共有1 570个lncRNA、54个miRNA和17个mRNA在肾透明细胞癌组织中存在异常表达,且其表达水平以上调为主(错误发现率<0.01;对数差异表达倍数变化绝对值> 2)。ceRNA调控网显示共89个差异表达的lncRNA和9个差异表达的miRNA之间存在相互作用关系,生存分析共鉴定出COL18A1-AS1、TCL6、LINC00475、UCA1、WT1-AS、HOTTIP、PVT1等38个有预后价值的lncRNA和2个有预后价值的miRNA(miR-21和miR-155)(P <0.05)。本研究将为肾透明细胞癌靶向治疗与预后评估提供新的理论依据。
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关键词
肾透明细胞癌
肿瘤基因组图谱计划
长链非编码RNA
竞争性内源性RNA
微小RNA
原文传递
β-catenin和IQGAP1的调控环路及其在肠癌细胞增殖中的作用
被引量:
3
2
作者
徐焕基
夏洪伟
+1 位作者
唐秋琳
毕锋
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期81-86,共6页
本文主要研究β连环蛋白(β-catenin)和含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1(IQGAP1)的相互调控,及其在肠癌细胞增殖中的功能。利用细胞转染技术改变肠癌细胞SW1116中的β-catenin或者IQGAP1表达后,通过蛋白质印迹法分别检测SW1116细胞中IQGAP1...
本文主要研究β连环蛋白(β-catenin)和含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1(IQGAP1)的相互调控,及其在肠癌细胞增殖中的功能。利用细胞转染技术改变肠癌细胞SW1116中的β-catenin或者IQGAP1表达后,通过蛋白质印迹法分别检测SW1116细胞中IQGAP1和β-catenin的表达情况。利用CCK-8细胞增殖实验检测干扰下调IQGAP1对β-catenin促进SW1116细胞增殖的影响。结果发现在SW1116细胞中干扰β-catenin可以下调IQGAP1表达,过表达β-catenin可以上调IQGAP1并加强有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK)通路;干扰IQGAP1在SW1116细胞中反而引起β-catenin上升;同时CCK-8细胞增殖实验发现干扰IQGAP1减弱了β-catenin的促肠癌细胞增殖作用。本研究表明β-catenin与IQGAP1形成负向反馈调控环路,在调控肠癌细胞的增殖中发挥着重要功能。
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关键词
Β连环蛋白
含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1
有丝分裂原激活蛋白激酶通路
细胞增殖
原文传递
题名
肾透明细胞癌中lncRNA和miRNA差异表达及相关ceRNA调控网络的分析研究
被引量:
6
1
作者
侯婉婷
唐秋琳
毕锋
机构
四川大学华西医院
肿瘤
中心腹部
肿瘤
科
四川大学华西医院肿瘤分子靶向治疗实验室
出处
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期267-273,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(81572731)
国家自然科学基金创新研究群体项目(81621003)
国家重点研发计划重点专项项目(2016YFC1303200/2016YFC1303203)
文摘
本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA之间的ceRNA调控关系网。结果发现共有1 570个lncRNA、54个miRNA和17个mRNA在肾透明细胞癌组织中存在异常表达,且其表达水平以上调为主(错误发现率<0.01;对数差异表达倍数变化绝对值> 2)。ceRNA调控网显示共89个差异表达的lncRNA和9个差异表达的miRNA之间存在相互作用关系,生存分析共鉴定出COL18A1-AS1、TCL6、LINC00475、UCA1、WT1-AS、HOTTIP、PVT1等38个有预后价值的lncRNA和2个有预后价值的miRNA(miR-21和miR-155)(P <0.05)。本研究将为肾透明细胞癌靶向治疗与预后评估提供新的理论依据。
关键词
肾透明细胞癌
肿瘤基因组图谱计划
长链非编码RNA
竞争性内源性RNA
微小RNA
Keywords
clear cell renal cell carcinoma
The Cancer Genome Atlas
long noncoding RNA
competing endogenous RNA
microRNA
分类号
R737.11 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
β-catenin和IQGAP1的调控环路及其在肠癌细胞增殖中的作用
被引量:
3
2
作者
徐焕基
夏洪伟
唐秋琳
毕锋
机构
四川大学华西医院
肿瘤
中心腹部
肿瘤
科
四川大学华西医院肿瘤分子靶向治疗实验室
出处
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期81-86,共6页
基金
国家自然科学基金(81572731)
文摘
本文主要研究β连环蛋白(β-catenin)和含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1(IQGAP1)的相互调控,及其在肠癌细胞增殖中的功能。利用细胞转染技术改变肠癌细胞SW1116中的β-catenin或者IQGAP1表达后,通过蛋白质印迹法分别检测SW1116细胞中IQGAP1和β-catenin的表达情况。利用CCK-8细胞增殖实验检测干扰下调IQGAP1对β-catenin促进SW1116细胞增殖的影响。结果发现在SW1116细胞中干扰β-catenin可以下调IQGAP1表达,过表达β-catenin可以上调IQGAP1并加强有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK)通路;干扰IQGAP1在SW1116细胞中反而引起β-catenin上升;同时CCK-8细胞增殖实验发现干扰IQGAP1减弱了β-catenin的促肠癌细胞增殖作用。本研究表明β-catenin与IQGAP1形成负向反馈调控环路,在调控肠癌细胞的增殖中发挥着重要功能。
关键词
Β连环蛋白
含IQ基序的GTP激酶活化蛋白1
有丝分裂原激活蛋白激酶通路
细胞增殖
Keywords
β-catenin
IQ motif containing GTPase activating protein 1
mitogen-activated protein kinase signaling
cell proliferation
分类号
R735.3 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
肾透明细胞癌中lncRNA和miRNA差异表达及相关ceRNA调控网络的分析研究
侯婉婷
唐秋琳
毕锋
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019
6
原文传递
2
β-catenin和IQGAP1的调控环路及其在肠癌细胞增殖中的作用
徐焕基
夏洪伟
唐秋琳
毕锋
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018
3
原文传递
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