短小芽孢杆菌BA06产表面活性素培养基组分的优化

本研究发现短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)BA06菌株具有发酵产生表面活性素的能力,并对发酵培养基的组分进行了优化.单因素试验发现,麦芽糖、酵母粉、蛋白胨、磷酸氢二钠对其产量影响较大;对上述4个因素进行正交优化组合得到该菌产生表面活性素的最适培养基:麦芽糖2.97%、NaNO_30.30%、酵母粉0.81%、蛋白胨1.10%、MgSO_40.01%、CaCl_20.01%、KH_2PO_40.24%、Na_2HPO_4 4.47%,pH 7.0;在此条件下进行了0.5L的发酵实验,表面活性素粗品产量从原来的1.43g/L增加至6.48g/L,提高了3.53倍.结果表明短小芽孢杆菌BA06菌株具有进一步开发、生产表面活性素的潜力.

短小芽孢杆菌BA06的比较基因组分析

将短小芽孢杆菌BA06与其他18个短小芽孢杆菌菌株进行全基因组比较,鉴定出BA06基因组中有包括抗性岛、毒力岛、共生岛在内的12个基因组岛或噬菌体序列.基因家族分析鉴定出BA06有3个特异性基因家族,9个基因家族发生扩张,3个基因家族有所收缩.表明BA06在短小芽孢杆菌这一菌种中具有突出的抗药性与运动能力,并具有除皮革脱毛外更多的生物学特性.

簸箕柳AP2/ERF家族基因的全基因组分析

为了研究簸箕柳AP2/ERF转录因子家族的成员和分类,及后续深入探究其在簸箕柳生长发育过程中的功能,本文基于簸箕柳基因组数据,利用生物信息学技术和方法,对簸箕柳的AP2/ERF家族基因进行鉴定、分类及染色体定位,并对其理化性质、基因结构、保守结构域、表达模式等进行分析.结果表明,簸箕柳含有178个AP2/ERF家族基因,并根据AP2/ERF保守域的数量与拟南芥AP2/ERF家族基因的进化关系将其划分成AP2、ERF、RAV和Soloist亚家族4类.此外组织表达模式分析结果显示,簸箕柳AP2/ERF家族基因的表达具有明显的组织特异性,且在leaf、root、shoot、flower中表达较强,在其他组织中表达较弱.

一种预测判断蛋白质DNA相互作用位点的新方法

蛋白质-DNA相互作用位点在各类生理生化反应中扮演重要角色.本论文旨在构建一种可以准确预测"相互作用位点"的方法:PdDNA,其内容主要包括支持向量机和序列匹配器.支持向量机通过提取相互作用位点中心残基的特征进行训练并分类,序列匹配器则通过蛋白质特征矩阵(PSSM)对氨基酸序列进行相关性评估,对二者结果进行归一化整合,得到最终的预测结果.利用公开数据集PDNA62,我们的PdDNA预测准确率为86.87%.为进一步验证PdDNA可靠性,我们还自建了PDNA224数据集,其预测准确率为83.07%,处于较高水平.因此PdDNA是一种有效的"蛋白质-DNA相互作用位点"预测方法.