四川山鹧鸪的转录组组装和注释

四川山鹧鸪Arborophila rufipectus是中国特有的珍稀濒危鸟类。本研究对1只成年雄性四川山鹧鸪个体的心脏、肝脏和肾脏进行了转录组测序、组装和注释。其原始序列过滤后分别产生了5.70 G、4.60 G和5.16 G数据。286661条转录本经过Trinity组装并去掉冗余后共得到234488个基因。BUSCO评估组装完整性为97.6%。81.29%的unigenes不包含开放阅读框(ORF),16.43%的包含1个ORF,而2.28%的包含2个及以上ORF。70737个基因在NR、GO、KEGG、Swiss和COG数据库获得注释结果,占比30.17%,其中NR数据库的注释结果占比最高(29.27%),而COG数据库的注释结果最低(4.37%)。5个数据库共同注释到的基因6998个,NR数据库中单独注释到的基因最多(23773个)。本研究为四川山鹧鸪功能基因的挖掘提供了基础数据,并为保护该物种提供了遗传数据。

藏野驴嗅觉受体基因的鉴定及高海拔适应性分析

藏野驴Equus kiang属于高海拔动物,研究与嗅觉形成密切相关的嗅觉受体(OR)基因有助于理解其对高海拔特殊环境的适应性。本研究在藏野驴的染色体基因组水平上鉴定OR基因,并通过与其他低海拔生活的马属Equus物种(驴E. asinus、马E. caballus、普氏野马E. przewalskii和平原斑马E. quagga)比较,揭示藏野驴OR基因的特征及其对高海拔的适应。生物信息学分析显示,藏野驴基因组中共鉴定到592个OR基因,与其他4种马属物种比较,藏野驴的OR基因、功能性基因和片段化基因的数量最少,但假基因比例最高;系统发育分析显示,藏野驴OR基因多样性最低,仅有2个特有基因:OR1E3和OR2J2。藏野驴OR基因多样性降低意味着部分嗅觉功能的丢失或减弱,可能与高原特有的生态环境和食物多样性低有关,而OR1E3、OR2J2基因可能是其潜在高海拔适应策略之一。本研究揭示了藏野驴OR基因的组成与特征,为后续研究藏野驴OR基因的功能及其高海拔适应性奠定了基础。

陆川猪种群线粒体DNA遗传多样性研究

利用线粒体控制区(mtDNA D-loop)5'端564 bp的片段,对6个陆川猪种群共74个个体的遗传多样性进行研究。在74个序列中共发现20个变异位点,产生7个单倍型,其中1个为优势单倍型。总的单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.530和0.00326,表明陆川猪种群遗传多样性偏低。6个种群中,仁厚镇福绵种群的单倍型多样性和核苷酸多样性较高,乌石镇种群单倍型和核苷酸多样性均较低。将优势单倍型H1与已报道的其他21个中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,结果显示陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有更近的亲缘关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远。

麝属分子系统进化地位的再分析

对麝Moschusspp.的分子系统进化地位进行了再研究。结果表明,不同的基因及序列长度、分析中不同的物种数目、不同的分析方法对研究结果产生明显影响。在用线粒体Cytb、16S rRNA基因及二者的连接序列分别构建的NJ、MP树中,都支持麝与鹿有更近的亲缘关系。在使用γ干扰素核基因的编码序列构建的NJ树中,显示麝与鹿也有较近的亲缘关系;而MP树则暗示麝与牛科有更近的亲缘关系。当选用包括林麝在内的18个物种,使用线粒体基因组重链上12个蛋白编码基因的核苷酸串连序列构建系统发生树时,在NJ、MP、ML和BI树中都支持麝与鹿有更近的亲缘关系,与选用23个物种得到的支持麝为鹿科/牛科二者共同姐妹群的结果存在明显差异。这可能是因为麝科与鹿科和牛科的亲缘关系较近,分歧时间较短,其分子片段所累积的进化信息较少,而且不同的分子片段进化速率不一致等造成的。因此,要彻底解决麝在偶蹄目中的进化地位必须要找到更适合的分子标记。

林麝线粒体基因组扩增及其序列结构的初步分析(英文)

林麝是我国一级保护动物,广西是其分布的最南缘,但目前境内资源已相当稀少.为了更好地了解这一物种,我们扩增林麝线粒体基因组并对其序列结构进行初步分析.其全序列长16354bp,包含13个蛋白质编码基因,22个转运RNA(transfer RNA,tRNA)基因,2个核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)基因和一个控制区,各基因的排列顺序和绝大多数哺乳动物是一致的.林麝线粒体基因绝大部分密码子使用典型的脊椎动物模式,但是我们发现2个稀有的启动密码子,其中一个ATA启动ND2基因和ND3基因,另一个ATT启动ND5基因.控制区位于tRNA-Pro和tRNA-Phe基因之间,由924个碱基组成.在控制区,二个延伸终止序列(ETAS)和二个保守"模块"(CSB)被鉴定.轻链复制的起点(OL)由35个碱基组成,位于一个由5个tRNA基因串联组成的区域(WANCY区)内,形成一个茎环结构.线粒体基因组序列结构分析显示,林麝与鹿科动物有更近的亲缘关系.

麝的分类研究概述

麝(Moschus spp.)是亚洲地区特产野生动物,具有非常重要的经济和生态价值,为我国一级重点保护物种,已被列入CITES附录Ⅰ中.麝一直颇为中外学者所关注.目前,麝作为独立的科已广泛被接受,但种及种下的分类仍处于"广泛争论"状态.本文从形态、分子生物学等特征对麝的分类研究进行了简要概述,提出了一些尚待解决的问题,并对将来的研究工作做出展望.

麝的系统发育学研究进展

麝Moschusspp.是亚洲地区特产野生动物,具有非常重要的经济和生态价值,为我国一级重点保护物种,已被列入CITES附录Ⅰ中。麝一直为中外学者所关注。目前,麝作为独立的科已被广泛接受,但麝与新反刍下目中其他现生类群的系统发育关系长期处于"广泛争论"状态。本文从形态学、分子生物学等特征对麝的系统发育学研究进行了简要概述,总结了麝与其他新反刍下目现生类群的系统发育关系,提出了一些尚待研究的问题,并对将来的研究工作做出展望。

利用气相色谱/质谱联用分析林麝麝香中麝香酮和甾类成分

采用气相色谱/质谱(GC/MS)联用的方法,对林麝麝香中的甾体成分进行分析,确定了林麝麝香样品含有多种甾体成分的结构,并分析了不同来源的林麝麝香的麝香酮及甾体成分。通过检索NIST05质谱库,进一步确定了麝香中含有16种甾体成分。利用外标法、标准曲线法同时测定了麝香样品中3种甾类成分(胆固醇、苯胆烷醇酮及麝香酮)的含量,麝香酮的定量分析显示所有样品麝香中麝香酮含量均较高(30.1～45.2mg/g),但甾类成分含量波动较大。聚类分析显示,9个麝香样品聚为两支。利用GC/MS技术检测麝香成分的方法,可以提供麝香较为全面的甾类信息,可高效准确地对麝香进行质量分析。

不同放牧模式下高原鼠兔洞口的空间分布格局变化

2019年4—11月,在四川省若尔盖县选取全年禁牧、冬季放牧、全年放牧3种放牧模式样地,对高原鼠兔(Ochotona curzoniae)洞口的数量、空间分布格局变化及影响因子进行了研究。计算平均最近邻指数和S^(2)/m比值来分析样方(10 m×10 m)和样地水平下的空间分布格局,通过非参数检验评估空间分布格局在不同放牧模式间和月份间的差异显著性。结果显示:(1)高原鼠兔的洞口总数和有效洞口数在不同放牧模式间均存在显著差异,以冬季放牧模式的洞口数量最多;冬季放牧和全年禁牧模式的洞口数量在月份间有显著变化;(2)无论样方和样地水平,洞口空间分布格局在不同放牧模式间都存在显著差异;在同一放牧模式下,所有洞口和有效洞口的分布型存在差异;(3)植被高度和盖度与高原鼠兔的洞口数量和洞口分布格局相关;(4)洞口数量与平均最近邻指数有显著正相关关系。研究结果说明:不同放牧模式会影响高原鼠兔的空间利用模式及种群动态;高原鼠兔洞口数量及分布型受到植被高度和盖度的影响。

中华蟾蜍多组织差异转录组分析

中华蟾蜍Bufo gargarizans的皮肤产物蟾酥及其褪皮而得的蟾衣具有极高的药用价值,现代医学研究鉴定并证明了蟾酥和蟾衣内含有多种有效的生物成分。本研究使用RNA-Seq对1只中华蟾蜍的肝脏、脾脏、心脏、卵泡、肌肉、腹部皮肤、右耳后腺共7个组织的转录组进行测序并分析,使用de novo完成了其多组织转录本的组装构建,得到了具有较高代表性的转录组,并在各大蛋白质数据库进行同源性比对,完成了中华蟾蜍多组织的转录组功能注释。计算各组织转录本的表达量,比较表达量鉴定出耳后腺与其他组织间共计3668个显著上调基因和260个显著下调基因。上述差异表达基因显著富集到了蛋白质合成、酶的调节、分子跨膜转运体生成和前体物质的代谢合成通路上,提示中华蟾蜍耳后腺相对于其他组织在相应甾族化合物的合成代谢上具有显著优势。本研究提供了中华蟾蜍多组织转录组数据,为今后深入其基因表达提供了支持,并且对蟾酥分泌等的进一步研究提供了转录组学参考,有助于完善蟾酥、蟾衣的药用研究。

牦牛基因组串联重复序列(AC)n/(GT)n的分离

采用Dynal磁珠-生物素标记的(AC)12探针和牦牛基因组MboⅠ酶切片段杂交,富集牦牛基因组(AC)n/(GT)n串联重复序列并构建基因文库,阳性克隆率达到61.1%。通过对176个阳性克隆的测序获得含有(AC)n/(GT)n重复的序列92条,其中连续型重复序列40条(占43.48%),间断型41条(占44.57%),复合型11条(占11.96%)。从92条序列中又筛选出重复次数大于10次的(AC)n/(GT)n序列59条。相对连续型重复序列,牦牛基因组中间断型重复序列所占比率并没有显著上升,可以推测牦牛自身基因组DNA损伤修复能力的适应性进化水平较高,足以承受高海拔地区强紫外线导致的基因组核苷酸替换突变等自然选择压力。本研究从牦牛基因组分离的全新(AC)n/(GT)n重复序列将在牦牛品种/类群内遗传结构分析、品种/类群之间遗传关系研究以及牦牛个体/群体生产或适应性性状的分子标记研究等方面具有重要应用价值。