丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析

基于丹参EST数据库,以烟草S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因(SAMDC)cDNA序列为信息探针,进行同源搜索,经同源比对和序列组装,分离得到1个新的植物SAMDC基因家族成员,命名为SmSAMDC,全长1 620 bp,经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架,存在3个植物SAMDC基因特征ORF(tiny ORF、small ORF及main ORF);main ORF编码蛋白质理论分子量为39.4 kD、pI为4.71,均与植物SAMDC酶原蛋白相近。二级结构预测发现,SmSAMDC基因main ORF编码序列中25.28%的氨基酸残基构成α螺旋、24.17%的氨基酸残基构成延伸链、50.56%的氨基酸残基构成随机卷曲。氨基酸序列比对分析结果表明,SmSAMDC与已知植物SAMDC基因家族成员高度同源,具有植物SAMDC基因家族的酶原剪切位点及SAMDC蛋白快速降解相关PEST保守结构域。