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基于454 GS FLX高通量测序的四川山鹧鸪基因组微卫星特征分析
被引量:
16
1
作者
黄杰
周瑜
+5 位作者
刘与之
朱丹
宋旭颢
陈本平
张修月
岳碧松
《四川动物》
北大核心
2015年第1期8-14,共7页
为了有效地保护四川山鹧鸪Arborophila rufipectus这一中国特有珍稀濒危鸟类,本研究采用454 GS FLX对该物种基因组测序,首次利用微卫星搜索软件搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共搜索到l^6个碱基重复类型的完美型微卫星335 263...
为了有效地保护四川山鹧鸪Arborophila rufipectus这一中国特有珍稀濒危鸟类,本研究采用454 GS FLX对该物种基因组测序,首次利用微卫星搜索软件搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共搜索到l^6个碱基重复类型的完美型微卫星335 263个。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,为197 913个,约占总数的59.03%,其次是四碱基、三碱基、六碱基、二碱基和五碱基,分别约占微卫星总数的13.59%、8.39%、7.55%、6.49%和4.95%。单碱基微卫星中A重复类型数量最多,两碱基中AC最多,三碱基中AAC,四碱基中AAAC最多,五碱基中AAACA最多,六碱基中AGGGTT最多。A、AGGGTT、AAAC、AC、AAAT、AAC、C、AG、AAAG、AAACA、AAT、AGG、AT、AGC、AAGG、CCG是在所搜索到的四川山鹧鸪微卫星中数量最多的16种重复拷贝类型。本研究深化了对四川山鹧鸪基因组的认识和了解,并为以后开发和筛选大量高质量微卫星标记提供数据支持,也为利用微卫星标记研究更加有效地保护和管理四川山鹧鸪这一珍稀濒危动物奠定了基础。
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关键词
四川山鹧鸪
基因组序列
微卫星
分布
下载PDF
职称材料
基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选
被引量:
12
2
作者
李薇
李久煊
+2 位作者
荆慧芳
雷毅
宋昭彬
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期449-457,共9页
达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记...
达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记开展达氏鲟保护遗传学研究。通过高通量测序成功筛选出25个微卫星位点,采用18尾野生个体和30尾人工繁殖个体对其多样性进行了检验,结果表明,25个位点共检测出181个等位基因,每个位点的等位基因数(A)为4~11(平均值7.2),观测杂合度(HO)为0.160~1.000(平均值0.744),期望杂合度(HE)为0.346~0.875(平均值0.727)。所有位点均不偏离"Hardy-Weinberg"平衡(P>0.05),各位点间也无连锁不平衡现象。除了其中一个位点以外,所有位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5,其多态性较好。本次筛选的微卫星位点将有助于达氏鲟资源保护和群体遗传研究。
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关键词
达氏鲟
微卫星
多态性
高通量测序
原文传递
题名
基于454 GS FLX高通量测序的四川山鹧鸪基因组微卫星特征分析
被引量:
16
1
作者
黄杰
周瑜
刘与之
朱丹
宋旭颢
陈本平
张修月
岳碧松
机构
四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室、四川大学生命科学学院
四川
老君山国家级自然
保护
区管理局
出处
《四川动物》
北大核心
2015年第1期8-14,共7页
基金
国家自然科学基金(31172118)
文摘
为了有效地保护四川山鹧鸪Arborophila rufipectus这一中国特有珍稀濒危鸟类,本研究采用454 GS FLX对该物种基因组测序,首次利用微卫星搜索软件搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共搜索到l^6个碱基重复类型的完美型微卫星335 263个。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,为197 913个,约占总数的59.03%,其次是四碱基、三碱基、六碱基、二碱基和五碱基,分别约占微卫星总数的13.59%、8.39%、7.55%、6.49%和4.95%。单碱基微卫星中A重复类型数量最多,两碱基中AC最多,三碱基中AAC,四碱基中AAAC最多,五碱基中AAACA最多,六碱基中AGGGTT最多。A、AGGGTT、AAAC、AC、AAAT、AAC、C、AG、AAAG、AAACA、AAT、AGG、AT、AGC、AAGG、CCG是在所搜索到的四川山鹧鸪微卫星中数量最多的16种重复拷贝类型。本研究深化了对四川山鹧鸪基因组的认识和了解,并为以后开发和筛选大量高质量微卫星标记提供数据支持,也为利用微卫星标记研究更加有效地保护和管理四川山鹧鸪这一珍稀濒危动物奠定了基础。
关键词
四川山鹧鸪
基因组序列
微卫星
分布
Keywords
Arborophila rufipectus
genome
microsatellite
distribution
分类号
Q953 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选
被引量:
12
2
作者
李薇
李久煊
荆慧芳
雷毅
宋昭彬
机构
四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室、四川大学生命科学学院
生物
资源与生态环境教育部
重点
实验室
、四川大学
生命科学
学院
出处
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期449-457,共9页
基金
中国长江三峡集团公司项目(No.XJB/1294,0799531)
文摘
达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记开展达氏鲟保护遗传学研究。通过高通量测序成功筛选出25个微卫星位点,采用18尾野生个体和30尾人工繁殖个体对其多样性进行了检验,结果表明,25个位点共检测出181个等位基因,每个位点的等位基因数(A)为4~11(平均值7.2),观测杂合度(HO)为0.160~1.000(平均值0.744),期望杂合度(HE)为0.346~0.875(平均值0.727)。所有位点均不偏离"Hardy-Weinberg"平衡(P>0.05),各位点间也无连锁不平衡现象。除了其中一个位点以外,所有位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5,其多态性较好。本次筛选的微卫星位点将有助于达氏鲟资源保护和群体遗传研究。
关键词
达氏鲟
微卫星
多态性
高通量测序
Keywords
Dabry′s Sturgeon
Acipenser dabryanus
Microsatellites
Polymorphism
High-throughput sequencing
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于454 GS FLX高通量测序的四川山鹧鸪基因组微卫星特征分析
黄杰
周瑜
刘与之
朱丹
宋旭颢
陈本平
张修月
岳碧松
《四川动物》
北大核心
2015
16
下载PDF
职称材料
2
基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选
李薇
李久煊
荆慧芳
雷毅
宋昭彬
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017
12
原文传递
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