目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR...目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。展开更多
目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HA...目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性,确定基因型。结果从甲肝病例标本中获得54条HAV序列,核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国内地序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高,为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高,为99.07%-100%。在获得序列中,53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型,甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。展开更多
文摘目的从轮状病毒阳性的牛粪便标本中,分离出一株G6P[1]型牛轮状病毒(Bovine Rotavirus,BRV),对其进行培养和鉴定。方法用PBS溶液重悬粪便标本并离心,将其上清过滤除菌和胰酶处理后,利用MA104细胞进行分离培养;通过逆转录-聚合酶链式反应(Reverse Transcription-polymerase Chain Reaction,RT-PCR)对样本VP4和VP7基因进行扩增和测序,与GenBank上的参考序列进行同源性分析,构建进化树,分析确定其G/P基因分型。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳法(Polyacrylamine Gel Electrophoresis,PAGE)、噬斑实验和电镜(Transmission Electron Microscope,TEM)等技术对分离到的病毒进行鉴定和纯化。绘制病毒生长动力学曲线。结果分离培养了1株BRV毒株,将其命名BLL。VP7和VP4基因测序结果显示此毒株为G6P[1]型轮状病毒。PAGE胶结果显示分离株电泳型为长型,条带呈现A组轮状病毒排列电泳图谱;通过噬斑实验将毒株进行了纯化。电镜检测到典型的轮状病毒颗粒。病毒生长动力学曲线可发现病毒在感染后6 h已经开始复制。结论本研究成功分离到G6P[1]型牛型轮状病毒,为研究G6P[1]型轮状病毒的病原学特征提供实验基础和技术参考。
文摘目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。
文摘目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性,确定基因型。结果从甲肝病例标本中获得54条HAV序列,核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国内地序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高,为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高,为99.07%-100%。在获得序列中,53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型,甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。