甲型流感病毒实验室微环境监测研究

目的分析甲型流感病毒实验室微环境中的污染状况,为在微生物实验室内开展相关实验活动提供生物安全指导。方法对5所甲型流感病毒实验室内的关键设施设备及仪器进行细化采样;提取样本的核酸,用实时荧光定量PCR(RT-PCR)法检测甲型流感病毒的核酸;犬肾细胞(MDCK)培养方法检测核酸阳性样本中甲型流感病毒的活性。结果在1所甲型流感病毒实验检出甲型流感病毒核酸阳性率为3.50%(5/143),阳性位点为生物安全柜的台面操作区、生物安全柜挡风玻璃把手及冰箱内部,各核酸阳性率分别为6.25%(2/32),8.33%(1/12)及33.33%(2/6);将核酸阳性样本接种MDCK细胞的培养结果显示,核酸阳性样本均无感染活性。结论在实验室微环境的重点部位存在较高的病原体污染风险(如冰箱内部),提示实验人员应进一步增强生物安全意识,并在实验操作结束后用消毒剂彻底进行清场消毒工作。

2017-2021年江苏省临床分离耶尔森菌分子特征分析

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年,在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市,采集腹泻患者粪便标本,进行耶尔森菌菌株分离;同时,收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序,并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定,原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA(16S rRNA)基因多态性分析;通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)和病原菌毒力因子数据库(VFDB)扫描5种毒力基因(ail、ystA、ystB、yadA、virF)携带情况,同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年,共采集腹泻患者粪便标本2 058份,经分离鉴定,得到57株耶尔森菌;同时,通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对,51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌,4株菌为 Yersinia proxima,阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示,全部菌株被聚类为3个大组,可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中,49株为毒力基因Ⅲ型(ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-),2株为毒力基因Ⅱ型(ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-);8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型(ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-)。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌,JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远,血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主,其他耶尔森菌少量并存,同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。