草鱼呼肠孤病毒RT-PCR检测方法的建立及临床应用

为了解草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)的感染流行情况及早期临床诊断的需要,研究并建立了该病毒的RT-PCR检测方法。根据GenBank中GCRV VP6蛋白基因保守序列设计引物,以GCRV弱毒疫苗株GCHV-892总RNA为模板,RT-PCR反应扩增出712 bp的目的条带,并对PCR反应体系和反应程序进行了优化,测定了该方法的敏感性和特异性。敏感性试验结果表明以含VP6蛋白基因的重组质粒为模板,该PCR方法的最低检测限为102copies.μL-1,特异性试验表明该引物仅能扩增GCRV核酸,而与白斑综合征病毒(WSSV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、病毒性神经坏死病毒(VNNV)无交叉反应性。应用所建立的RT-PCR方法检测了7份疑似出血病草鱼病样,3份病料获得了阳性扩增,随机挑选其中的1份阳性样品经克隆后测序,结果显示与GenBank中已知序列最高有99%的相似性。

草鱼呼肠孤病毒逆转录环介导等温扩增检测方法的建立

为更加快速、灵敏地检测草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV),建立环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。根据GenBank中GCRV HZ08等毒株VP6蛋白基因序列设计引物,以GCRV弱毒疫苗株(GCHV-892)总RNA为模板建立RT-LAMP反应,对扩增产物用限制性内切酶PvuⅡ进行酶切鉴定,所得酶切产物大小符合预期值。随后对LAMP反应体系包括Mg2+、dNTPs、甜菜碱(betaine)和内外引物浓度比进行了优化,并以含VP6蛋白基因的重组质粒(pEASY-VP6)为模板考量了该方法的敏感性,结果显示最低检测限为10copies.μL-1,比RT-PCR检测方法敏感10倍。特异性试验表明与白斑综合征病毒(WSSV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、病毒性神经坏死病毒(VNNV)无交叉反应。应用RT-LAMP方法检测16份疑似出血病草鱼,6份病料获得了阳性扩增,与RT-PCR检测结果一致。