国家致病菌识别网2023年工作启动会在杭州召开

为进一步促进国家致病菌识别网监测工作顺利开展,2023年3月29日,由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所主办、浙江省疾病预防控制中心承办、在浙江省杭州市召开了国家致病菌识别网2023年工作启动会。中国疾病预防控制中心、全国31个省以及新疆生产建设兵团疾控中心主管主任、业务负责人及业务骨干共计110余人参加会议。中国疾控中心再那吾东·玉山副主任出席了会议。会议开幕式由中国疾控制中心传染病所张建中副所长主持;浙江省疾控中心张严峻副主任致大会欢迎辞并对本省识别网工作进行了介绍;中国疾控中心传染病所阚飙所长就识别网工作开展情况和建设重点进行了简要阐述;中国疾控中心再那吾东·玉山副主任就国家致病菌识别网2023年工作提出了工作要求。

2018-2021年乌鲁木齐市鼠伤寒沙门菌基因组特征分析

目的分析2018-2021年乌鲁木齐市鼠伤寒沙门菌(S.1,4,[5],12:i:1,2)的基因组特征,为该菌的流行监测及引起的疫情处置提供依据。方法收集26株乌鲁木齐市肠道门诊监测腹泻样本分离的鼠伤寒沙门菌,利用全基因组测序(WGS)结合生物信息学分析MLST类型、核心基因组多位点序列(cgMLST)型别、质粒、耐药基因和毒力基因特征,通过全基因组单核苷酸多态性(wgSNPs)构建进化树,分析菌株间的同源性及国内不同来源流行克隆株之间的种群进化关系。结果26株鼠伤寒沙门菌基因组序列共注释到10类47种耐药基因,其中编码氨基糖苷类耐药基因aac(6′)-Iaa(100%)、β-内酰胺类耐药基因blaTEM-1B(30.8%)、四环素类耐药基因tetA(42.3%)、喹诺酮类qnrS1耐药基因(30.8%)和磺胺类耐药基因sul3(23.1%)的携带率较高;喹诺酮耐药决定区(QRDR)存在gyrA位点突变。此外,还检测到12种不同的质粒,以IncFIB(S)和IncFII(S)(34.6%)为主;不同时期分离菌株间所含有毒力基因差异不大。cgMLST显示分离的鼠伤寒沙门菌优势型别为cgST36414,包含10株菌。wgSNPs分析表明,本地区鼠伤寒沙门菌与国内15个省市流行趋势相一致,同时也存在本地区独有的进化特征。结论本地区鼠伤寒沙门菌普遍携带多种耐药基因和质粒复制子,对耐药性的传播和进化起关键作用。多样化的克隆群与食物链上不同来源菌群之间可能存在密切传播联系,给公共卫生监测和预防带来严峻挑战。建议加强基于互联网信息系统的实验室监测网络建设,以提高监测系统的时效性并限制多耐药克隆株的传播扩散。

血流感染O139群霍乱弧菌的耐药性及基因组特征分析

目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性,使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列,使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析,明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等,使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株,携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现,菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69,cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒,且存在多重耐药岛。