新型冠状病毒BF.7变异株的分离鉴定与基因序列特征分析

目的分离新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)流行株并进行鉴定,对分离株和传代培养物开展序列特征分析。方法对2022年12月收集的11份SARS-CoV-2抗原初筛呈阳性的鼻咽拭子样本进行病毒分离。实时荧光定量PCR检测SARS-CoV-2核酸,核酸阳性样本接种Vero细胞进行病毒分离,Western blot和间接免疫荧光法检测病毒抗原,透射电镜观察病毒形态。提取病毒分离株及后续传代培养物核酸,对病毒基因组测序并进行序列分析。结果11份样本实时荧光定量PCR检测结果均为SARS-CoV-2阳性。成功分离出7株SARS-CoV-2,其在Vero细胞中可连续稳定传代,滴度可达106.25细胞培养半数感染量(50%cell culture infectious dose,CCID 50)/ml。Western blot和间接免疫荧光结果显示病毒分离株可被SARS-CoV-2单克隆抗体和恢复期血清特异性识别;透射电镜观察到病毒颗粒呈球形,直径约为100 nm;通过二代测序技术成功获得病毒全基因组序列,序列分析结果显示,7株分离株均为SARS-CoV-2,与Wuhan-Hu-1株(NC-045512)序列同源性>99.50%,7株分离株之间序列同源性为99.98%,同属于Omicron BF.7进化分支。对BJ-NVSI-20230005分离株连续传代和蚀斑纯化后进行序列分析,结果显示4~6与1~3代病毒相比,ORF1ab基因和E基因分别有1个核苷酸位点发生突变和3个核苷酸的缺失,其中ORF1ab基因C→T突变导致亮氨酸变为苯丙氨酸;E基因3个核苷酸缺失导致缬氨酸缺失。蚀斑纯化克隆序列存在多态性。结论成功分离的7株SARS-CoV-2流行毒株均为BF.7进化分支,与中国内地2022年12月流行趋势一致。