多重RT-PCR方法对人肺炎链球菌菌种、血清型及耐药性的鉴别检测

首先,选择肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,SP)基因LytA、肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,MP)基因P1、肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae,CP)基因ompA作为目标检测靶点设计引物探针,建立鉴别肺炎链球菌菌种的多重RT-PCR方法.其次,针对肺炎链球菌cps基因座序列,利用MGB-TaqMan探针的多重RT-PCR方法对肺炎链球菌的血清型进行鉴别检测.最后,针对肺炎链球菌耐药基因ermB、mefA为靶标设计引物探针,采用多重RT-PCR方法对其临床阳性样本的耐药性进行鉴别检测.肺炎链球菌鉴别检测多重RT-PCR方法,线性范围为102~107 copies/mL,R2分别为0.999、0.996和0.995,灵敏度可达102copies/mL,与其他病原体无交叉反应.512例临床样本经多重RT-PCR方法鉴别检测,肺炎链球菌189例(189/304,62.17%),肺炎支原体83例(83/304,27.30%),肺炎衣原体32例(32/304,10.53%),与单重FQ-PCR及基因测序法比较无统计学差异(P>0.05).189例肺炎链球菌临床样本,经多重RT-PCR检测,血清分型为:19(19.58%,37/189)、23(15.87%,30/189)、6(13.23%,25/189)、14(6.3%,12/189),其他血清型(22.75%,43/189),其他血清型(22.22%,42/189).肺炎链球菌抗药菌株突变检测为:ermB突变115例(115/189,60.85%),mefA突变56例(56/189,29.63%),两基因共突变15例(15/189,7.94%).

乙型肝炎病毒基因组C区启动子突变位点新型检测方法的建立、验证及初步应用

目的 利用错配扩增和荧光PCR技术,建立一种针对乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）基因组C区启动子（basal core promoter,BCP）1762/1764突变位点的新型检测方法,并对该方法进行验证及临床评价。方法 根据NCBI登录的HBV A-H型基因序列（以GenBank号为AB033556.1的C基因型作为标准参考序列）合成野生型和突变型标准品序列,测序后连接至pMD-18T载体上,构建质粒标准品,设计引物、探针及合适的突变检测体系,确定检测的线性范围;对建立的方法进行灵敏度、重复性、特异性、稳定性验证;分别用本实验建立的ARMS-PCR法和基因Sanger测序法（金标准）检测132份慢性乙型肝炎患者血液样本的基因位点是否发生突变,并分析ARMS-PCR法的灵敏度和特异度。结果ARMS-PCR法能检测1 × 10^2- 1 × 10^9 copies/ml的野生型和突变型质粒;野生型和突变型样本检测的Ct差值（驻Ct）在7以上,且能检出最低达1%突变含量的混合质粒和样本;该方法灵敏度较高,重复性、特异性、稳定性良好;其检测132份慢性乙型肝炎患者血液样本1762/1764位点突变阳性率为41.7%,明显高于Sanger测序法检测结果（P〈0.05）。结论 建立的ARMS-PCR法能很好地用于评估乙肝患者患肝癌的风险,且较Sanger测序法检测精度更高,更适合于临床推广。

胃肠道间质瘤C-kit及PDGFRA基因突变检测及分析

目的检测胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumors,GIST)患者中酪氨酸激酶受体基因C-kit及血小板源性生长因子受体A(platelet derived growth factor receptor A,PDGFRA)基因突变情况,探讨其与GIST发病的相关性。方法从武汉大学人民医院及武汉大学中南医院收集的102例GIST患者石蜡肿瘤切片样本中提取DNA,采用PCR技术扩增特异性目的片段,并直接进行序列测定,分析样本中C-kit及PDGFRA基因突变情况。结果在102份石蜡肿瘤切片样本中共检出C-kit基因突变76例,其中大多数突变发生于第11号外显子上,共65例,包括缺失突变43例,占66.15%(43/65),点突变12例,占18.46%(12/65),插入突变4例,占6.15%(4/65),点突变伴随缺失突变6例,占9.23%(6/65);7例样本存在第9号外显子突变;3例样本存在第13号外显子突变;2例样本检测出第17号外显子突变。共检出PDGFRA基因突变4例,其中第12号外显子突变的有3例,第18号外显子突变仅检出1例。结论大多数GIST患者中存在C-kit基因的突变,且主要突变位置在第11号外显子;PDGFRA基因突变存在于C-kit未突变患者中。

FQ-PCR联合Sanger测序法检测结直肠癌患者表皮生长因子受体、KRAS及BRAF基因突变

目的建立实时荧光定量PCR(fluorescent quantitative PCR,FQ-PCR)联合Sanger测序法快速检测结直肠癌患者表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、KRAS和BRAF基因突变的方法。方法根据结直肠癌中EGFR、KRAS和BRAF基因常见突变类型设计引物及其TaqMan探针序列,以提取的86份结直肠癌患者肿瘤组织DNA为模板,进行FQ-PCR扩增,PCR产物经SAP酶和EXOⅠ酶作用后,收集酶切产物,进行测序PCR扩增,扩增产物经乙醇/醋酸钠法纯化后进行测序,测序结果采用Bioedit软件进行分析;检测EGFR、KRAS及BRAF基因突变,并与FQ-PCR法检测KRAS12/13密码子突变进行比较。结果成功建立了FQ-PCR联合Sanger测序法检测结直肠癌患者样本中EGFR、KRAS和BRAF基因突变的方法,各基因PCR扩增曲线均为标准的"S"型荧光扩增曲线,测序峰图清晰、稳定。86份结直肠癌样本中,EGFR基因突变概率2.3%(2/86),均为第21号外显子点突变,突变类型为L858R和L861Q;KRAS基因突变概率33.7%(29/86),其中第12位密码子突变占79.3%(23/29),突变类型为G12D和G12V,第13位密码子突变占10.3%(3/29),突变类型为G13D,第12和13位密码子同时突变1例(3.4%),第61位密码子未检测到突变,第146位密码子仅检测到2例突变,占6.9%(2/29),突变类型均为A146V;BRAF基因未检测到突变。FQ-PCR法检测KRAS12/13密码子突变概率高于FQ-PCR联合Sanger测序法,但差异无统计学意义(P>0.05),两种检测方法的总体符合率为97.7%(84/86)。结论实时FQ-PCR联合Sanger测序法可快速检测结直肠癌患者中EGFR、KRAS和BRAF基因突变,检测方法稳定、可靠。

淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、细小脲原体多重荧光定量PCR检测方法的建立及临床应用

目的建立淋病奈瑟菌（Neisseriaagonorrhoeae，NG）、沙眼衣原体（Chlamydiatrachomatis，CT）、细小脲原体（Ureaplasmaparvum，uP）多重荧光定量PCR（fluorescentquantitativePCR，FQ—PCR）检测方法。方法选择NG保守基因porA、解脲支原体（Ureaplasmaurealytieum，uu）保守基因UPq及cT保守基因￡rp作为目标检测基因，设计引物及TaqMan探针，制备重组质粒标准品，绘制标准曲线，建立多重VQ．PCR检测方法，并验证其敏感性、特异性及重复性。用建立的方法对203份泌尿生殖道感染NG、CT、UP的临床样本进行同步检测，并与单重VQ—PCR法、常规PCR法及基因测序结果进行比较。结果重组质粒标准品经双酶切及测序鉴定，证明构建正确；建立的标准曲线起始DNA拷贝数与0值之间的线性关系良好，相关系数为0．998～1．000；该方法检测NG、CT和uP的灵敏度均可达10：copies／ml，检测范围可达10。～10。copies／ml，相关系数分别为1．000、0．999和0．995；不与生殖道其他菌群如阴道霉菌、百日咳杆菌、流感嗜血杆菌、人型支原体、单纯疱疹病毒I型、Ⅱ型及人乳头瘤病毒（16／18型）发生交叉反应；检测的203份样本中，多重VQ—PCR检测NG、CT、UP的阳性检出率分别为34．48％、30．54％、18．71％，与单重VQ．PCR法、基因测序法比较，差异无统计学意义（P〉0．05），3种方法阳性检出率均高于常规PCR法；与基因测序法相比，多重FQ—PCR法灵敏度为100％，3种病原体检测特异性均高于98．50％。结论已成功建立NG、CT、UP多重VQ．PCR检测方法，该法检测时间短，特异性强，灵敏性高，适合于临床快速诊断；

荧光定量PCR与焦磷酸测序联合应用检测异烟肼、利福平耐药性结核分枝杆菌

目的联合运用荧光定量PCR和焦磷酸测序技术快速检测异烟肼、利福平耐药性结核分枝杆菌。方法收集结核病疑似患者痰液样本,提取样本总DNA,运用Taqman荧光定量PCR对结核分枝杆菌的感染进行快速筛查。对检测结果为阳性的样本,采用焦磷酸测序法分别对异烟肼、利福平耐药结核分枝杆菌相关基因katG、rpoB的突变热点进行测序分析,与标准菌株序列比对,判断结核分支杆菌异烟肼、利福平的药敏性。采取Bactec 960药敏法鉴定结核分枝杆菌耐药性,并与焦磷酸测序法药敏检测结果进行比较,评估焦磷酸测序法的可靠性。结果荧光定量PCR技术检测痰液样本结核分枝杆菌的准确率达98.95%,检测时间约3 h;以Bactec 960药敏法鉴定结果为标准,焦磷酸测序法对结核分枝杆菌异烟肼、利福平的药敏鉴定结果准确性分别达93.75%和96.15%,其中,对耐药菌株判断,两种方法的一致性高达98%。结论采用荧光定量PCR检测技术可快速、准确地进行结核分枝杆菌感染筛查,运用焦磷酸测序技术则可快速准确地筛查出耐药样本,从痰液样本采集到结核分枝杆菌感染筛查以及药敏报告发布,全程仅需7 h;耐药菌株的检测可靠性达98%。