RNA荧光原位杂交(RNA-fluorescence in situ hybridization,RNA-FISH)技术利用荧光标记的核苷酸探针,通过互补链杂交,对细胞或组织中特定的RNA序列进行检测和定位。由于RNA-FISH产生的阳性信号较弱,需要结合特异性信号放大,提高信噪比...RNA荧光原位杂交(RNA-fluorescence in situ hybridization,RNA-FISH)技术利用荧光标记的核苷酸探针,通过互补链杂交,对细胞或组织中特定的RNA序列进行检测和定位。由于RNA-FISH产生的阳性信号较弱,需要结合特异性信号放大,提高信噪比。但传统信号放大技术的背景难以消除,无法定量且分辨率低,是RNA-FISH技术应用的巨大障碍。本文基于第3代杂交链反应(hybridization chain reaction version 3.0,HCR v3.0),利用一对分裂式探针消除非特异杂交背景,并引发荧光信号放大反应,建立了针对肠道病毒A71(enterovirus-A71,EV-A71)RNA的敏感、特异的FISH检测方法,并将该技术与蛋白免疫荧光(immunofluorescence,IF)检测结合,通过高分辨率激光共聚焦成像,成功地在单个细胞水平上检测了EV-A71感染细胞后病毒RNA与其聚合酶3D蛋白的分布变化和相互作用情况,并对细胞中病毒RNA和3D蛋白进行定量。发现相较于传统定量方法,如逆转录定量聚合酶链反应和免疫印迹,新一代RNA-FISH技术在单个细胞水平上病毒RNA和3D聚合酶的表达情况与群体细胞检测的结果在趋势上有明显差异。这说明,基于杂交链反应的新一代RNA-FISH技术,可以克服群体细胞数量增减掩盖病毒组分变化的缺点,从而真实反映病毒在单个细胞中的变化。展开更多
目的:探讨颅内动脉MR血管壁成像(MR-VWI)的图像质量对基于影像组学特征构建症状性斑块预测模型的影响。方法:回顾性搜集因颅内动脉粥样硬化行MR-VWI检查且因图像质量不佳而即刻重复扫描的病例作为本研究的第一部分。MR-VWI序列包括全脑3...目的:探讨颅内动脉MR血管壁成像(MR-VWI)的图像质量对基于影像组学特征构建症状性斑块预测模型的影响。方法:回顾性搜集因颅内动脉粥样硬化行MR-VWI检查且因图像质量不佳而即刻重复扫描的病例作为本研究的第一部分。MR-VWI序列包括全脑3D SPACE T_(1)WI平扫和增强,目标血管(单侧大脑中动脉或基底动脉)的2D TSE T_(2)WI。拟分析100个常用的影像组学特征,包括形状特征9个,一阶梯度特征18个,纹理特征73个。通过比较重复扫描的斑块影像组学特征,筛选出易受图像质量影响的不稳定特征。回顾性搜集因颅内动脉粥样硬化狭窄行MR-VWI检查的病例作为本研究的第二部分。首先,基于全部病例的斑块影像组学特征构建症状性斑块的预测模型(模型A);其次,剔除所有不稳定特征后构建预测模型(模型B);最后,剔除图像质量不佳者,构建预测模型(模型C)。重复扫描影像组学特征的比较,采用Wilcoxon符号秩和检验。预测模型的诊断效能采用受试者工作特征曲线(ROC曲线)进行分析,诊断效能高低主要通过曲线下面积(AUC)体现,以DeLong检验比较不同模型效能的差异。结果:第一部分纳入24例患者,发现3D SPACE T_(1)WI序列的形状特征和一阶梯度特征均无不稳定特征,纹理特征中的不稳定特征仅占1/73。3D SPACE T_(1)WI增强序列的形状特征、一阶梯度特征以及纹理特征中的不稳定特征占比分别是3/9、2/18和17/73。2D TSE T_(2)WI序列的形状特征、一阶梯度特征以及纹理特征中的不稳定特征占比分别是2/9、2/18和19/73。第二部分,102例患者的120个斑块纳入分析,其中症状性斑块51个,无症状斑块69个。模型A的AUC为0.708±0.022;与第一部的不稳定特征比对,模型A筛选出的8个影像组学特征中有3个不稳定特征。模型B的AUC为0.740±0.007。模型C预测颅内症状性斑块的预测效能最好,AUC为0.758±0.013;与第一部分的不稳定特征比对,模型C的8个影像组学特征均为稳定特征。结论:基于MR-VWI影像组学构建颅内症状性斑块的预测模型时,图像质量的优劣对斑块影像组学特征的有一定影响,图像质量越好则预测效能越高。展开更多
文摘RNA荧光原位杂交(RNA-fluorescence in situ hybridization,RNA-FISH)技术利用荧光标记的核苷酸探针,通过互补链杂交,对细胞或组织中特定的RNA序列进行检测和定位。由于RNA-FISH产生的阳性信号较弱,需要结合特异性信号放大,提高信噪比。但传统信号放大技术的背景难以消除,无法定量且分辨率低,是RNA-FISH技术应用的巨大障碍。本文基于第3代杂交链反应(hybridization chain reaction version 3.0,HCR v3.0),利用一对分裂式探针消除非特异杂交背景,并引发荧光信号放大反应,建立了针对肠道病毒A71(enterovirus-A71,EV-A71)RNA的敏感、特异的FISH检测方法,并将该技术与蛋白免疫荧光(immunofluorescence,IF)检测结合,通过高分辨率激光共聚焦成像,成功地在单个细胞水平上检测了EV-A71感染细胞后病毒RNA与其聚合酶3D蛋白的分布变化和相互作用情况,并对细胞中病毒RNA和3D蛋白进行定量。发现相较于传统定量方法,如逆转录定量聚合酶链反应和免疫印迹,新一代RNA-FISH技术在单个细胞水平上病毒RNA和3D聚合酶的表达情况与群体细胞检测的结果在趋势上有明显差异。这说明,基于杂交链反应的新一代RNA-FISH技术,可以克服群体细胞数量增减掩盖病毒组分变化的缺点,从而真实反映病毒在单个细胞中的变化。
文摘目的:探讨颅内动脉MR血管壁成像(MR-VWI)的图像质量对基于影像组学特征构建症状性斑块预测模型的影响。方法:回顾性搜集因颅内动脉粥样硬化行MR-VWI检查且因图像质量不佳而即刻重复扫描的病例作为本研究的第一部分。MR-VWI序列包括全脑3D SPACE T_(1)WI平扫和增强,目标血管(单侧大脑中动脉或基底动脉)的2D TSE T_(2)WI。拟分析100个常用的影像组学特征,包括形状特征9个,一阶梯度特征18个,纹理特征73个。通过比较重复扫描的斑块影像组学特征,筛选出易受图像质量影响的不稳定特征。回顾性搜集因颅内动脉粥样硬化狭窄行MR-VWI检查的病例作为本研究的第二部分。首先,基于全部病例的斑块影像组学特征构建症状性斑块的预测模型(模型A);其次,剔除所有不稳定特征后构建预测模型(模型B);最后,剔除图像质量不佳者,构建预测模型(模型C)。重复扫描影像组学特征的比较,采用Wilcoxon符号秩和检验。预测模型的诊断效能采用受试者工作特征曲线(ROC曲线)进行分析,诊断效能高低主要通过曲线下面积(AUC)体现,以DeLong检验比较不同模型效能的差异。结果:第一部分纳入24例患者,发现3D SPACE T_(1)WI序列的形状特征和一阶梯度特征均无不稳定特征,纹理特征中的不稳定特征仅占1/73。3D SPACE T_(1)WI增强序列的形状特征、一阶梯度特征以及纹理特征中的不稳定特征占比分别是3/9、2/18和17/73。2D TSE T_(2)WI序列的形状特征、一阶梯度特征以及纹理特征中的不稳定特征占比分别是2/9、2/18和19/73。第二部分,102例患者的120个斑块纳入分析,其中症状性斑块51个,无症状斑块69个。模型A的AUC为0.708±0.022;与第一部的不稳定特征比对,模型A筛选出的8个影像组学特征中有3个不稳定特征。模型B的AUC为0.740±0.007。模型C预测颅内症状性斑块的预测效能最好,AUC为0.758±0.013;与第一部分的不稳定特征比对,模型C的8个影像组学特征均为稳定特征。结论:基于MR-VWI影像组学构建颅内症状性斑块的预测模型时,图像质量的优劣对斑块影像组学特征的有一定影响,图像质量越好则预测效能越高。
