结核分枝杆菌生物安全三级实验室表面去污染消毒剂杀菌效果的研究

在高致病性病原微生物实验活动过程中,选择有效的消毒剂对实验室环境去污染非常重要,这也是避免实验室获得性感染发生的有效途径。本研究针对结核分枝杆菌H37Rv,应用滤膜过滤悬液定量杀菌实验进行消毒剂验证,其中75.0%乙醇、含有效氯1 000mg/L的次氯酸钠及Safespore消毒剂可高效杀灭结核分枝杆菌,37.5%乙醇作用延长至10min也可有效杀灭结核分枝杆菌,这为选择针对结核分枝杆菌的生物安全三级实验室表面消毒剂提供了依据。

生物安全三级实验室的工作满意度现状及其与职业紧张程度的关联

因生物安全三级（BSL‐3）实验室工作人员需在特殊工作环境中对高致病性病原微生物进行操作，其心理健康状态可影响实验室生物安全。本研究以工作满意度作为早期心理健康状况的评估指标，对江苏、浙江、上海、福建、湖北5个省市6家BSL‐3实验室工作人员进行调查，分析工作满意度与职业紧张程度的关联。调查结果显示，BSL‐3实验室人员的工作满意率为32．2％。职业紧张程度与工作满意度呈负相关。工作要求‐自主（JDC）模式中“社会支持”是提高工作满意度的因素，高社会支持组比数比（ OR ）值为4．60（95％ CI为1．25～16．97）。付出‐回报失衡（ERI）模式中“内在投入”是降低工作满意度的因素，高内在投入组 OR值为0．03（95％ CI为0．00～0．28）。分析结果提示，可通过加强“社会支持”和解除过度“内在投入”等措施，降低BSL‐3实验室人员的职业紧张程度，从而提高工作满意度。

精准医学与微生物感染——实施精准感染病学的探讨

2015年3月,习近平主席亲自指示科技部召开了国家首次精准医学战略专家座谈会。鉴于我国在病原微生物学、免疫学、疫苗学及感染病学中的成就,本文从病因和机体免疫应答方面分析了我国开展精准感染病学的优势并提出主要切入点。通过对免疫基因组学的研究,结合环境因素及生活习惯的综合研究,将对控制感染性疾病作出创新性贡献,这具有全球性的重要价值。

埃博拉病毒及其致病机制

自2014年2～3月，西非埃博拉病毒感染的暴发流行已呈播散趋势，受到世界卫生组织的高度重视。我国也提高了防止埃博拉病毒进入国内的警示，并采取了相应措施。现将有关埃博拉病毒的生物学特性、致病机制及相关流行病学与防治策略作简要综述，供参考。

诺如病毒:“完美的人类病原”

诺如病毒是近来在我国北京、上海、浙江、广东等地导致病毒性胃肠炎暴发的病原体。本文对该病毒的生物学特征与流行病学进行简短综述,并对正在研发的疫苗作介绍。

人星状病毒临床分离株感染CaCo-2细胞的转录组分析

人星状病毒（human astrovirus,HAstV）是引起婴幼儿病毒性腹泻的重要病原之一,但其致病机制及与宿主相互作用的数据非常有限。本研究旨在了解HAstV感染细胞后对宿主基因在转录水平上的影响。首先,利用临床分离HAstV毒株感染CaCo-2细胞,用实时定量反转录-聚合酶链反应（reverse transcriptasepolymerase chain reaction,RT-PCR）检测细胞培养上清液中的病毒总RNA,结果显示接种后9~24h病毒总RNA拷贝数明显增加。然后,利用转录组测序全面比较感染与未感染HAstV的CaCo-2细胞转录本,筛选两者间的差异表达基因;并应用KEGG信号通路富集性方法分析差异表达基因相关的信号通路。结果显示,差异基因富集在两条信号通路上（P〈0.05）,分别为轴突导向通路和Ras信号通路。本研究首次利用深度测序技术分析了HAstV感染对宿主基因在转录水平上的影响,为进一步研究HAstV致病机制等提供了方向。

病毒持续性感染难治愈的因素及对策

病毒持续性感染引起的病程多为慢性或反复发作,难以治愈,在部分患者甚至可引发肿瘤或自身免疫性疾病等,是严重危害人类健康及造成社会重大经济负担的常见病及多发病。持续性感染难以治愈的原因涉及病毒基因组与宿主细胞染色体整合,或以附加体的形式长期存在,以及病毒的酶或蛋白抑制机体的免疫应答等特性。此外,机体天然免疫或获得性免疫低下、免疫网络失调及感染微环境改变等,也是病毒建立并维持持续性感染的原因。本文根据持续性感染难以治愈的原因,从病原学与机体免疫应答两方面研讨一些对策,希望以此为切入点,为治疗持续性感染提供新思路与新策略。

人类肿瘤病毒介导缺氧信号致病机制的研究进展

病毒感染与多种肿瘤的发生发展密切相关,病毒入侵宿主细胞后常引发多个关键细胞信号通路的调控紊乱,其中对缺氧信号的调控尤为重要,日益受到关注。本文主要介绍各种常见人类肿瘤病毒如何通过编码毒蛋白篡改缺氧诱导因子(HIF)信号通路,以及在应答缺氧微环境时如何诱发肿瘤发生发展分子机制的研究进展,并概括肿瘤病毒介导HIF信号通路及其对缺氧应激反应的共有模式,提示肿瘤病毒调控缺氧信号诱发癌症的潜在治疗靶点和策略。

呼吸道合胞病毒疫苗增强性疾病小鼠模型的建立与评价

呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)是导致婴幼儿严重下呼吸道感染的最重要病原体,但该病毒的灭活疫苗可引起RSV疫苗增强性疾病(RSV vaccine-enhanced disease,RVED),因此至今仍未研制出安全、有效的疫苗。RVED的发生机制目前仍不清楚。使用能有效模拟RVED的动物模型是探索RVED发生机制的主要手段,而本研究的目的就是建立能稳定模拟RVED表现的小鼠模型。将BALB/c小鼠分成3组,即甲醛灭活RSV疫苗接种组(FV组)、活RSV接种组(VV组)和对照组(BV组),并模拟自然感染对其攻毒。通过小鼠体重监测、肺组织苏木精-伊红染色、荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、流式细胞术等,观察FV组小鼠感染RSV后的病毒载量、肺部炎症和T细胞免疫状态。结果显示,与VV组和BV组相比,FV组小鼠RSV攻毒后的体重占初始体重百分比显著降低,肺部炎症最明显,且仅FV组出现支气管和毛细血管周围有大量淋巴细胞浸润及嗜酸性粒细胞浸润。荧光定量PCR显示,FV组小鼠的肺部RSV载量最低。流式细胞术显示,攻毒4d后FV组CD^(4+) T细胞数与其他两组相比显著增加,且CD^(4+) T细胞分泌的白细胞介素4(interleukin 4,IL-4)及IL-4/γ干扰素(interferonγ,IFN-γ)比值显著高于其他两组,而CD^(8+) T细胞分泌的肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factorα,TNF-α)和IFN-γ低于VV组。结果提示,RVED小鼠呈现出Th2优势型免疫应答及CD^(8+) T细胞功能不足,模型初步建立成功,为RVED发生机制的探索和RSV疫苗的研发奠定了良好基础。

乙型肝炎病毒Ⅹ蛋白的优势氨基酸序列与热点突变位点的生物信息学分析

乙型肝炎病毒X蛋白（hepatitis B virus X protein,HBx）全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关.为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7126条.通过分析这7126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸.154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列.突变率〉10.0%的热点突变位点有32个.其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种（突变率〉1.0%）以上突变形式,具有较高的多态性.与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%.通过7126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列（2条与优势序列同源性〈75%,48条同源性为76%~99%）,与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树.结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致.本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础.

针对中东呼吸综合征冠状病毒的全人源单克隆抗体的研究进展

中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)是继严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)之后发现的一种能引起人类严重急性呼吸道疾病、具有高致死率的新型冠状病毒。该病毒已从主要流行的中东地区逐渐蔓延至多个国家,具有全球流行的潜在趋势,引起世界各国的极大关注。本文对近期抗MERS-CoV人中和单克隆抗体的研究进展进行总结,描述这些抗体的作用机制,分析其防治MERS的潜在能力,并探讨抗体类抗病毒药物用于新发传染病防治的应用前景和发展方向。

Scirpusin A和scirpusin B体外抗人类免疫缺陷病毒1型的作用

Scirpusin A和scirpusin B是从药用植物中发现的2种天然茋类二聚体,具有一定的抗病毒效应。本研究利用人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)包膜和水疱性口炎病毒G蛋白(VSV-G)包膜的HIV假病毒及实验室适应株HIV-1ⅢB,在体外评价2种药物的抗病毒效果并初步探讨其作用机制。研究发现,scirpusin A和scirpusin B不仅能在体外有效抑制HIV假病毒感染TZM-bl细胞(一种HIV-1易感细胞),还能抑制实验室适应株HIV-1ⅢB。Scirpusin B的作用优于scirpusin A。对实验室适应株HIV-1ⅢB,scirpusin B的半数抑制浓度(IC50)为1.33μmol/L,scirpusin A的IC50为4.77μmol/L。此外,scirpusin A和scirpusin B还能抑制VSV-G包膜假病毒,提示其作用可能与病毒在细胞内的复制过程相关。Scirpusin A在病毒进入细胞后仍可发挥抑制作用,但具体机制尚待深入研究。

乙型肝炎病毒小表面抗原各拓扑区段对其表达和分泌的影响

乙型肝炎病毒小表面抗原(small hepatitis B virus surface antigen,SHB)在细胞内质网上表达,沿着细胞分泌途径分泌到胞外。为系统分析SHB拓扑结构对SHB表达和分泌的影响,首先通过生物信息学预测临床病毒株HBV C8和8种基因型(A^H)代表株的SHB拓扑结构,发现这些SHB均为四次跨膜蛋白,拥有基本相同的拓扑结构。相对内质网膜而言,SHB的拓扑结构拥有3个内质网腔内区段(Inside1~Inside3)、4个跨膜螺旋区(Tmhelix1~Tmhelix4)和2个内质网膜外区段(Outside1和Outside2)。6种基因型(基因型A、B、C、D、E和G)代表株与病毒株C8的SHB拓扑结构预测结果完全相同,而基因型F和H的SHB有4个区段与C8等不完全一致。通过对C8的SHB拓扑结构各区段进行缺失突变研究,发现Inside1区段不是SHB表达和分泌所必需的;Outside1、Tmhelix2和Inside2区段是SHB表达和分泌所必需的;Tmhelix1和Outside2不是SHB表达所必需的,但为SHB分泌所必需;Tmhelix3和Tmhelix4对SHB表达有重要影响,也是SHB分泌所必需的。进一步对Outside1和Outside2进行小片段(6个氨基酸)的缺失突变研究,发现小片段缺失基本不显著影响SHB的表达,但Outside1的氨基酸55~78及Outside2是SHB分泌所必需的。本研究首次系统性分析了SHB的拓扑结构各区段对SHB表达和分泌的影响,为深入探索SHB结构与功能的关系提供了线索。

N-糖苷酶基因在脑膜炎败血伊丽莎白金菌临床分离株中的分布

N‐糖苷酶（PNGase）是真核生物中的常见酶，但在原核生物中极为罕见，目前仅报道在脑膜炎败血伊丽莎白金菌（EM）中存在。本文旨在检测 PNGase基因在EM临床分离株中的分布，为该菌的亚型分类及快速核酸分子检测提供依据，为研究PNGase在原核生物中的生物学功能奠定基础。于2010年7月～2012年12月收集浙江省3家三级甲等医院的65株EM临床分离株，提取细菌基因组 DNA ，利用16 S rRNA细菌通用引物、PNGase F和PNGase F‐Ⅱ特异性引物，进行组合聚合酶链反应（PCR）。阳性扩增产物测序后与美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库中已知EM序列比对确认。结果显示，PNGase阳性菌64株，总阳性率为98．5％；PNGase F和PNGase F‐Ⅱ共阳性菌39株，共阳性率为60．0％。 PNGase F阳性菌41株，阳性率为63．1％；PNGase F‐Ⅱ阳性菌62株，阳性率为95．4％，PNGase F‐Ⅱ阳性率高于 PNGase F （配对χ^2检验， P＜0．01），提示 PNGase可能对EM具有重要的生物学意义。结果还表明，本研究建立的组合PCR可应用于E M菌株中 PN G ase基因分型。

二代测序技术在结核分枝杆菌研究中的应用进展

结核病是由结核分枝杆菌引起的全球第二大传染病。二代测序技术为从基因组水平研究结核分枝杆菌提供了重要的研究方法。本文从结核病流行病学、结核分枝杆菌耐药和进化及相关生物信息学等方面,介绍二代测序技术在结核分枝杆菌研究中的应用进展。

长期住院老年患者感染的鲍曼不动杆菌耐药性分析

为了解复旦大学附属华东医院长期住院老年患者感染的鲍曼不动杆菌的耐药性特征，本研究收集了2011年9月-2012年8月临床分离自老年病区长期住院患者的52株鲍曼不动杆菌，分析菌株的耐药性、产酶类型、生物膜形成能力及耐药基因的携带情况。结果显示，菌株主要分布在呼吸重症监护室，分离的标本以痰标本为主，占86．54％。52株鲍曼不动杆菌中，多重耐药菌株最高，占76．92％。对头孢哌酮／舒巴坦耐药率最低，为30．77％，对其余抗菌药物耐药率均在50％以上。产酶阳性率为82．69％，其中产其他水解酶的菌株最多，占63．46％。生物膜形成的检出率为5．77％。6株广泛耐药菌株共检出9种耐药基因。结果提示，从老年病区长期住院患者分离的鲍曼不动杆菌耐药现状严重。因此，医院感染控制应以呼吸重症监护室为重点，同时加强对生物膜阳性菌株所分布病区的耐药性监测和消毒隔离，以预防和控制耐药菌的产生和传播。

不同干扰素应答慢性乙型肝炎患者的基因组DNA甲基化谱差异分析

α干扰素,包括长效干扰素——聚乙醇化α干扰素(PEG-IFNα),是临床用以治疗慢性乙型肝炎的首选药物。但干扰素治疗通常只能在有限的患者中获得完全应答。目前干扰素治疗应答相关指标预测的灵敏度与特异度远未令人满意,因此继续寻找潜在的与干扰素疗效预测相关的分子标记仍是一个十分有意义的工作。为探讨慢性乙型肝炎患者基因组DNA甲基化状态与干扰素治疗疗效的关系,本研究采用RocheNimbleGen人甲基化DNA免疫共沉淀-芯片(MeDIP-chip)技术,分析20例不同干扰素疗效慢性乙型肝炎患者的血浆基因组启动子甲基化谱差异,并利用MeDIP-定量聚合酶链反应(MeDIP-qPCR)检验部分基因启动子区域DNA甲基化的水平。结果显示,与快速应答组相比,无应答组中有588个基因启动子区甲基化水平存在显著差异(P<0.05)。这些基因主要涉及多个信号通路,即钙离子信号通路、细胞周期调节通路、肝脏代谢相关通路等。MeDIP-qPCR验证与芯片结果的一致性超过80%。本研究为探讨差异甲基化基因在干扰素应答中的作用及发现潜在的预测干扰素疗效的血液分子标记奠定了基础。

数控剪切流微流体技术及其在细菌生物膜研究中的应用

细菌生物膜是指微生物（细菌、真菌等）黏附、聚集形成的一个群体，该群体产生并分泌胞外聚合物（extracellular polymeric substance，EPS），形成一定的三维结构，含有营养物质、氧气等生长必需物质交换的通道，微生物细胞在EPS中增殖、生存[1]。

表皮葡萄球菌PhoU同源物(SERP0316)的抗体制备及免疫鉴定

表皮葡萄球菌可在植入性医疗材料表面形成生物膜,对多种抗生素耐受,而持留菌的形成是导致细菌生物膜耐药的原因之一。研究发现,大肠埃希菌中PhoU可影响持留菌的形成,与细菌对多种抗生素及压力条件的耐受相关,但表皮葡萄球菌中PhoU的功能仍不清楚。生物信息学分析显示,在表皮葡萄球菌中存在2个phoU同源基因,其中serp0956位于pst操纵子中,命名为phoU1;另一个编码功能未知蛋白的phoU基因同源物(serp0316)命名为phoU2。前期研究显示,敲除phoU1并不影响表皮葡萄球菌生长、生物膜形成等生物学特性,为此本研究对PhoU2进行了初步探讨。利用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测phoU2基因在表皮葡萄球菌SE1457不同生长时期的转录水平,发现其在细菌生长不同时间点持续表达,其中对数期(6h)表达量相对较高。为进一步研究表皮葡萄球菌中PhoU2的表达情况,对PhoU2蛋白进行原核表达和纯化,并用纯化的重组PhoU2蛋白免疫小鼠制备PhoU2多克隆抗体。在此基础上,利用蛋白免疫印迹法检测PhoU2在SE1457菌株不同生长时间点的表达水平,结果显示PhoU2在细菌生长对数期和平台期均有表达。另外,在不同的表皮葡萄球菌临床分离株中均检测到PhoU2蛋白表达,表明PhoU2具有一定的保守性。以上研究提示,PhoU2可能作为PhoU的功能同源物发挥一定的作用,为进一步研究表皮葡萄球菌PhoU2的生物学功能及其在生物膜和持留菌形成中的作用奠定了基础。