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蛋白质组学样品消化条件的优化
被引量:
1
1
作者
黄竞男
张旭敏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期2884-2891,共8页
随着质谱的飞速发展,基于质谱的“鸟枪法”技术广泛的应用于大规模的蛋白质组学分析。化学反应保护效率过低或者酶切效率过低则会降低鉴定效率,并且在现有的计算方式下会丢失很多肽段信息。因此,蛋白质样品的前处理在现有的蛋白质组学...
随着质谱的飞速发展,基于质谱的“鸟枪法”技术广泛的应用于大规模的蛋白质组学分析。化学反应保护效率过低或者酶切效率过低则会降低鉴定效率,并且在现有的计算方式下会丢失很多肽段信息。因此,蛋白质样品的前处理在现有的蛋白质组学研究中发挥重要作用。本研究对蛋白质的烷基化试剂的反应条件进行优化以提高烷基化效率,同时优化酶解Buffer提高酶切效率以及增加酶量和引入多种酶以提高酶切效率等,最终确定了蛋白质前处理的最优条件,最终使用1μg样品在一次质谱分析鉴定到(2 425±7)个蛋白质,较未优化的方法提高了31%。优化后的蛋白质前处理方法可有效提高现有蛋白质组学的研究效率,可进一步应用于蛋白质的定量及动态分析研究。
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关键词
蛋白质组学
LC-MS/MS
MALDI-TOF
蛋白质样品前处理
优化
原文传递
末端蛋白质组学研究进展
2
作者
黄竞男
李青青
+4 位作者
黄继昌
王洁
周国强
叶娟英
张旭敏
《生命的化学》
CAS
CSCD
2017年第1期35-42,共8页
蛋白质是一类重要的生物大分子,参与生物体的各种生命活动。蛋白质组学研究主要致力于从整体水平上对一个生物体包含的所有蛋白质进行定性和定量分析。蛋白质的末端参与众多的生物学过程,与蛋白质的转运、定位、凋亡和降解等有密切联系...
蛋白质是一类重要的生物大分子,参与生物体的各种生命活动。蛋白质组学研究主要致力于从整体水平上对一个生物体包含的所有蛋白质进行定性和定量分析。蛋白质的末端参与众多的生物学过程,与蛋白质的转运、定位、凋亡和降解等有密切联系。因此,详细研究末端蛋白质组学将有助于揭示相关的生物学机制,是蛋白质组学研究的重点之一。本文就蛋白质末端的修饰、功能、研究方法及应用前景进行简要综述。
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关键词
末端蛋白质组学
蛋白质末端修饰
末端研究方法
末端功能
原文传递
基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
3
作者
王洁
张旭敏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第1期135-142,共8页
随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquan...
随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquant。但是在通过化学标记对蛋白质N末端乙酰化程度进行定量这一方面,Proteome Discoverer和Maxquant在一定程度上存在准确性不高和完整度不够的问题。于是本研究针对自己的实验特点,通过Java算法编写了相应的定量程序Acequant来完成N末端乙酰化程度的相对定量。本研究将该程序在已有相关报道的He La cell上进行了验证,Acequant共定量到1 587个蛋白质N末端,而Proteome Discoverer和Maxquant分别只定量到42个和306个N末端。同时,手动验证原始图谱也证实了Acequant定量的准确性更好。于是,本研究将此方法进一步应用到秀丽隐杆线虫N末端乙酰化的研究中,并初步发现了线虫整体的N末端乙酰化状态,为进一步的N末端研究提供了支持。
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关键词
定量蛋白质组学
质谱
化学标记相对定量
N末端乙酰化
Acequant
原文传递
题名
蛋白质组学样品消化条件的优化
被引量:
1
1
作者
黄竞男
张旭敏
机构
复旦大学生命科学学院生物化学与分子生物学系遗传工程国家重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期2884-2891,共8页
基金
国家自然科学基金国家自然科学基金项目(31470806
31300264)资助
文摘
随着质谱的飞速发展,基于质谱的“鸟枪法”技术广泛的应用于大规模的蛋白质组学分析。化学反应保护效率过低或者酶切效率过低则会降低鉴定效率,并且在现有的计算方式下会丢失很多肽段信息。因此,蛋白质样品的前处理在现有的蛋白质组学研究中发挥重要作用。本研究对蛋白质的烷基化试剂的反应条件进行优化以提高烷基化效率,同时优化酶解Buffer提高酶切效率以及增加酶量和引入多种酶以提高酶切效率等,最终确定了蛋白质前处理的最优条件,最终使用1μg样品在一次质谱分析鉴定到(2 425±7)个蛋白质,较未优化的方法提高了31%。优化后的蛋白质前处理方法可有效提高现有蛋白质组学的研究效率,可进一步应用于蛋白质的定量及动态分析研究。
关键词
蛋白质组学
LC-MS/MS
MALDI-TOF
蛋白质样品前处理
优化
Keywords
Proteomics
LC-MS/MS
MALDI-TOF
Pretreatment of protein samples
Optimization
分类号
Q503 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
末端蛋白质组学研究进展
2
作者
黄竞男
李青青
黄继昌
王洁
周国强
叶娟英
张旭敏
机构
复旦大学生命科学学院生物化学与分子生物学系遗传工程国家重点实验室
东北林业
大学
盐碱地
生物
资源环境研究中心
出处
《生命的化学》
CAS
CSCD
2017年第1期35-42,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31470806
31300264)
文摘
蛋白质是一类重要的生物大分子,参与生物体的各种生命活动。蛋白质组学研究主要致力于从整体水平上对一个生物体包含的所有蛋白质进行定性和定量分析。蛋白质的末端参与众多的生物学过程,与蛋白质的转运、定位、凋亡和降解等有密切联系。因此,详细研究末端蛋白质组学将有助于揭示相关的生物学机制,是蛋白质组学研究的重点之一。本文就蛋白质末端的修饰、功能、研究方法及应用前景进行简要综述。
关键词
末端蛋白质组学
蛋白质末端修饰
末端研究方法
末端功能
Keywords
Terminomics
terminal modifications
studying approaches
terminal functions
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
3
作者
王洁
张旭敏
机构
复旦大学生命科学学院生物化学与分子生物学系遗传工程国家重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第1期135-142,共8页
基金
国家自然科学基金(31470806
31300264)资助
文摘
随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquant。但是在通过化学标记对蛋白质N末端乙酰化程度进行定量这一方面,Proteome Discoverer和Maxquant在一定程度上存在准确性不高和完整度不够的问题。于是本研究针对自己的实验特点,通过Java算法编写了相应的定量程序Acequant来完成N末端乙酰化程度的相对定量。本研究将该程序在已有相关报道的He La cell上进行了验证,Acequant共定量到1 587个蛋白质N末端,而Proteome Discoverer和Maxquant分别只定量到42个和306个N末端。同时,手动验证原始图谱也证实了Acequant定量的准确性更好。于是,本研究将此方法进一步应用到秀丽隐杆线虫N末端乙酰化的研究中,并初步发现了线虫整体的N末端乙酰化状态,为进一步的N末端研究提供了支持。
关键词
定量蛋白质组学
质谱
化学标记相对定量
N末端乙酰化
Acequant
Keywords
Quantitative proteomics
Mass spectrometry
Relatively quantitative with chemical markers
N-terminal acetylation
Acequant
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质组学样品消化条件的优化
黄竞男
张旭敏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
原文传递
2
末端蛋白质组学研究进展
黄竞男
李青青
黄继昌
王洁
周国强
叶娟英
张旭敏
《生命的化学》
CAS
CSCD
2017
0
原文传递
3
基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
王洁
张旭敏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
原文传递
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