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颜氏大疣蛛毒腺转录组学研究
1
作者
顾小亮
殷文豪
+6 位作者
酉勇明
吴亚应
丁丽君
王颖
巫秀美
张成桂
杨自忠
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2023年第3期719-730,共12页
颜氏大疣蛛Macrothele yani个体大、毒性强、易取毒,是农林生态系统中害虫的重要天敌,也是天然药物研究工作者进行新药挖掘和毒液开发利用的重要选择对象。本研究利用高通量测序平台Illumina Hiseq 2000对颜氏大疣蛛雌雄成体的毒腺进行...
颜氏大疣蛛Macrothele yani个体大、毒性强、易取毒,是农林生态系统中害虫的重要天敌,也是天然药物研究工作者进行新药挖掘和毒液开发利用的重要选择对象。本研究利用高通量测序平台Illumina Hiseq 2000对颜氏大疣蛛雌雄成体的毒腺进行转录组测序和生物信息学分析,共获得转录组样本数据37.8 G,总计301 024条unigenes,总长度170 512 372 bp,最短201 bp,最长36 105 bp,平均长度566 bp,GC含量平均值为38.17%,N50长度为705 bp。将unigenes序列与NR(非冗余蛋白序列数据库)、String(蛋白质相互作用数据库)、Swiss-prot(蛋白质序列数据库)、Pfam(蛋白质家族数据库)、GO(基因本体论)、KOG(真核生物蛋白质直系同源数据库)、KEGG(京都基因与基因组百科全书)数据库进行比对(e≤10^(-10)),分别获得31 409、6 549、11 817、8 216、11 480、7 804条unigenes注释。通过生物信息学对雌雄颜氏大疣蛛unigenes进行表达量分析,筛选高表达量且高可信度的差异表达基因,并进行对这些差异基因进行GO和KEGG功能富集分析;与雄蛛相比,雌成体有205条unigenes表达量上调,113条unigenes表达量下调。最后在所有的转录本数据中共比对到68条毒素相关序列。本研究获得的颜氏大疣蛛转录组信息,为颜氏大疣蛛的功能基因挖掘提供了重要的信息资源。
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关键词
颜氏大疣蛛
高通量测序
转录组
差异表达基因
生物信息学
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职称材料
题名
颜氏大疣蛛毒腺转录组学研究
1
作者
顾小亮
殷文豪
酉勇明
吴亚应
丁丽君
王颖
巫秀美
张成桂
杨自忠
机构
大理大学昆虫生物医药研究院昆虫生物医药研发重点实验室
出处
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2023年第3期719-730,共12页
基金
云南省重大科技专项(202002AA100007)。
文摘
颜氏大疣蛛Macrothele yani个体大、毒性强、易取毒,是农林生态系统中害虫的重要天敌,也是天然药物研究工作者进行新药挖掘和毒液开发利用的重要选择对象。本研究利用高通量测序平台Illumina Hiseq 2000对颜氏大疣蛛雌雄成体的毒腺进行转录组测序和生物信息学分析,共获得转录组样本数据37.8 G,总计301 024条unigenes,总长度170 512 372 bp,最短201 bp,最长36 105 bp,平均长度566 bp,GC含量平均值为38.17%,N50长度为705 bp。将unigenes序列与NR(非冗余蛋白序列数据库)、String(蛋白质相互作用数据库)、Swiss-prot(蛋白质序列数据库)、Pfam(蛋白质家族数据库)、GO(基因本体论)、KOG(真核生物蛋白质直系同源数据库)、KEGG(京都基因与基因组百科全书)数据库进行比对(e≤10^(-10)),分别获得31 409、6 549、11 817、8 216、11 480、7 804条unigenes注释。通过生物信息学对雌雄颜氏大疣蛛unigenes进行表达量分析,筛选高表达量且高可信度的差异表达基因,并进行对这些差异基因进行GO和KEGG功能富集分析;与雄蛛相比,雌成体有205条unigenes表达量上调,113条unigenes表达量下调。最后在所有的转录本数据中共比对到68条毒素相关序列。本研究获得的颜氏大疣蛛转录组信息,为颜氏大疣蛛的功能基因挖掘提供了重要的信息资源。
关键词
颜氏大疣蛛
高通量测序
转录组
差异表达基因
生物信息学
Keywords
Macrothele yani
high-throughput sequencing
transcriptome
differential expressed genes
bioinformatics
分类号
Q963 [生物学—昆虫学]
S476 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
颜氏大疣蛛毒腺转录组学研究
顾小亮
殷文豪
酉勇明
吴亚应
丁丽君
王颖
巫秀美
张成桂
杨自忠
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2023
0
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