利用生物信息学分析人赖氨酰氧化酶样蛋白4(1ysyl-oxidase like 4,LOXL4)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义,为HCC的诊治提供新的思路。基于癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋...利用生物信息学分析人赖氨酰氧化酶样蛋白4(1ysyl-oxidase like 4,LOXL4)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义,为HCC的诊治提供新的思路。基于癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白表达图谱(thehumanproteinatlas,HPA)数据库分析LOXL4在HCC组织和正常肝组织中的表达差异,分析LOXL4与HCC患者临床病理特征的相关性并进行可视化分析;通过GEPIA数据库及构建Cox回归模型分析LOXL4表达与患者预后关系;分析LOXL4与HCC肿瘤标志物基因的相关性;STRING在线数据库构建LOXL4蛋白质相互作用网络;TIMER数据库分析LOXL4基因与肿瘤免疫浸润的关系。数据库分析结果表明LOXL4在HCC中表达水平显著升高,且LOXL4表达与HCC患者的病理分级呈正相关。生存分析和Cox回归分析显示LOXL4高表达提示HCC患者预后较差。HCC中TRPV4、INHBE、ITGB5和BCL7A与LOXL4的表达呈正相关,SOD1、ADI1、HINT2和HAGH与LOXL4的表达呈负相关。LOXL4与HCC肿瘤标志物GPC3和CK19的表达呈正相关,与ARG1和CD10的表达呈负相关。LOXL4与LOX、BMP1、TLL1等10种蛋白质存在相互作用。LOXL4表达与肿瘤细胞纯度及多种免疫细胞浸润具有显著相关性。本研究揭示了LOXL4在HCC中表达上调且与HCC患者预后不良、免疫浸润及多种HCC诊断标志物密切相关,其有望成为HCC的早期筛查、诊断及预后评估的重要生物靶标。展开更多
三角状五肽重复(pentatricopeptide repeat,PPR)蛋白通常包含2~27个串联重复的结构域,每个结构域含有35个氨基酸残基。PPR蛋白是一类广泛存在于真核生物体内的RNA结合蛋白,对单链RNA具有序列特异性识别模式,与RNA的转录、剪切、编辑、...三角状五肽重复(pentatricopeptide repeat,PPR)蛋白通常包含2~27个串联重复的结构域,每个结构域含有35个氨基酸残基。PPR蛋白是一类广泛存在于真核生物体内的RNA结合蛋白,对单链RNA具有序列特异性识别模式,与RNA的转录、剪切、编辑、稳定性及翻译等过程密切相关。迄今为止,在哺乳动物中仅发现7个PPR蛋白,它们均存在于线粒体中,包括线粒体RNA聚合酶(mitochondrial RNA polymerase,POLRMT)、富含亮氨酸的三角状五肽重复结构蛋白(leucinerich pentatricopeptide repeat-containing protein,LRPPRC)蛋白、线粒体核糖体小亚基蛋白27(mitochondrial ribosomal protein of the small subunit 27,MRPS27)、线粒体核糖核酸酶P蛋白3(mitochondrial RNase P protein 3,MRPP3)以及五肽重复结构域蛋白(pentaricopeptide repeat domain protein,PTCD)1~3。哺乳动物PPR蛋白家族的成员在线粒体转录、RNA代谢和翻译中具有多种调控作用,对于线粒体功能和细胞健康至关重要。本文简要概述了哺乳动物细胞中PPR蛋白家族7个成员的结构和亚细胞定位,探讨了PPR蛋白在线粒体基因表达调控中的作用,并展望了PPR蛋白对人类线粒体相关疾病的应用前景。展开更多
文摘利用生物信息学分析人赖氨酰氧化酶样蛋白4(1ysyl-oxidase like 4,LOXL4)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义,为HCC的诊治提供新的思路。基于癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白表达图谱(thehumanproteinatlas,HPA)数据库分析LOXL4在HCC组织和正常肝组织中的表达差异,分析LOXL4与HCC患者临床病理特征的相关性并进行可视化分析;通过GEPIA数据库及构建Cox回归模型分析LOXL4表达与患者预后关系;分析LOXL4与HCC肿瘤标志物基因的相关性;STRING在线数据库构建LOXL4蛋白质相互作用网络;TIMER数据库分析LOXL4基因与肿瘤免疫浸润的关系。数据库分析结果表明LOXL4在HCC中表达水平显著升高,且LOXL4表达与HCC患者的病理分级呈正相关。生存分析和Cox回归分析显示LOXL4高表达提示HCC患者预后较差。HCC中TRPV4、INHBE、ITGB5和BCL7A与LOXL4的表达呈正相关,SOD1、ADI1、HINT2和HAGH与LOXL4的表达呈负相关。LOXL4与HCC肿瘤标志物GPC3和CK19的表达呈正相关,与ARG1和CD10的表达呈负相关。LOXL4与LOX、BMP1、TLL1等10种蛋白质存在相互作用。LOXL4表达与肿瘤细胞纯度及多种免疫细胞浸润具有显著相关性。本研究揭示了LOXL4在HCC中表达上调且与HCC患者预后不良、免疫浸润及多种HCC诊断标志物密切相关,其有望成为HCC的早期筛查、诊断及预后评估的重要生物靶标。
文摘三角状五肽重复(pentatricopeptide repeat,PPR)蛋白通常包含2~27个串联重复的结构域,每个结构域含有35个氨基酸残基。PPR蛋白是一类广泛存在于真核生物体内的RNA结合蛋白,对单链RNA具有序列特异性识别模式,与RNA的转录、剪切、编辑、稳定性及翻译等过程密切相关。迄今为止,在哺乳动物中仅发现7个PPR蛋白,它们均存在于线粒体中,包括线粒体RNA聚合酶(mitochondrial RNA polymerase,POLRMT)、富含亮氨酸的三角状五肽重复结构蛋白(leucinerich pentatricopeptide repeat-containing protein,LRPPRC)蛋白、线粒体核糖体小亚基蛋白27(mitochondrial ribosomal protein of the small subunit 27,MRPS27)、线粒体核糖核酸酶P蛋白3(mitochondrial RNase P protein 3,MRPP3)以及五肽重复结构域蛋白(pentaricopeptide repeat domain protein,PTCD)1~3。哺乳动物PPR蛋白家族的成员在线粒体转录、RNA代谢和翻译中具有多种调控作用,对于线粒体功能和细胞健康至关重要。本文简要概述了哺乳动物细胞中PPR蛋白家族7个成员的结构和亚细胞定位,探讨了PPR蛋白在线粒体基因表达调控中的作用,并展望了PPR蛋白对人类线粒体相关疾病的应用前景。