烟草丙酮酸脱羧酶家族生物信学分析

为研究烟草丙酮酸脱羧酶家族特性,运用ProtScale、CDD、Interpro、Muscle、phyml和TreeDyn等工具分析烟草丙酮酸脱羧酶家族各成员的亲疏水性、结构域和进化树。结果表明:NtPDC_1和NtPDC_2具有亲水性,属于可溶性蛋白,NtPDC_3,NtPDC_4,NtPDC_5和NtPDC_6具有疏水性,为非可溶性蛋白;烟草丙酮酸脱羧酶属于硫胺素焦磷酸(TPP)依赖性酶超家族,各成员均含有3组结构域,分别为N-末端TPP结构域、中心域和C-末端TPP结构域;烟草、拟南芥、水稻、薏苡和玉米的丙酮酸脱羧酶聚类为4组,其中烟草丙酮酸脱羧酶主要聚集在Ⅰ组和Ⅱ组,其进化相对保守。

烟草丙酮酸脱羧酶的生物信息学分析

为进一步了解烟草丙酮酸脱羧酶的特性及功能,采用NetPhos 3.1 Server、Meme和Wolf Psort工具获取烟草丙酮酸脱羧酶的磷酸化位点、保守基序和亚细胞定位的相关信息并进行分析。结果表明:丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点数以NtPDC_1成员较多,酪氨酸磷酸化位点数以以NtPDC_3成员较多;烟草丙酮酸脱羧酶成员中共检测到7组保守基序,以Motif 1~6较为保守,NtPDC_6缺失Motif 7,除Motif 5外,其他他保守基序均作为序列功能结构域的重要组成部分;NtPDC_1、NtPDC_2和NtPDC_3定位于细胞质,NtPDC_4定位于线粒体,NtPDC_5和NtPDC_6定位于内质网。