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杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
被引量:
34
1
作者
辛雅萱
黎若竹
+6 位作者
李鑫
陈丽琼
唐军荣
屈亚亚
杨琳懿
辛培尧
李云芳
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期148-156,165,共10页
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方...
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析,获得GC、ENC、RSCU等参数,再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素,最终获得最优密码子。【结果】1)杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC1(47.25%)>GC2(39.74%)>GC3(29.31%),表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基;2)中性绘图分析中,GC12和GC3的相关系数为0.137,可见这两者的相关性并不显著,说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同;3)ENC-plot绘图分析中,大部分基因都离标准曲线有一定距离,表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异,说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响;4)PR2-plot绘图分析显示,平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方,说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性,且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5)最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子,其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响,但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征,探究其密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。
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关键词
杧果
叶绿体基因组
密码子偏性
突变
选择
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职称材料
学习“三生态” 宣传“三生态” 贯彻“三生态”
被引量:
1
2
作者
杨久年
徐龙长
+1 位作者
秦裕旭
殷传杰
《新疆林业》
2003年第2期5-6,共2页
关键词
森林生态
道路
生态文明
国土
林业局
林业可持续发展
五大转变
生态安全体系
下载PDF
职称材料
自治区山区国有公益林区划界定时应注意的几点事项
3
作者
赵东风
杨久年
《新疆林业》
2005年第5期41-42,共2页
自1998年国家启动天然林保护工程,2000年正式实施天然林保护工程以来,将山区天然林中郁闭度在0.4以上的有林地纳入天然林管护资金补助范围.这几年中,各山区林场克服了管护资金不足,管护难度极大的压力,除了对郁闭度0.4以上纳入天保工程...
自1998年国家启动天然林保护工程,2000年正式实施天然林保护工程以来,将山区天然林中郁闭度在0.4以上的有林地纳入天然林管护资金补助范围.这几年中,各山区林场克服了管护资金不足,管护难度极大的压力,除了对郁闭度0.4以上纳入天保工程资金补助的国有林地进行管护外,对山区国有天然林中郁闭度0.4以下的有林地、疏林地、散生木林地、灌木林地、灌丛地以及过去二类资源调查区划遗漏的各类林地都进行了积极有效的同等重要的管理和保护.
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关键词
山区
天然林保护工程
自治区
定时
划界
林区
工程资金
有林地
郁闭度
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职称材料
新时期我区林业的地位及其发展的制约因素
4
作者
殷传杰
秦裕旭
杨久年
《新疆林业》
2002年第6期4-5,共2页
关键词
林业
木材生产
自治区
跨越式发展
民族自治地方
五大转变
六大工程
地位
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职称材料
题名
杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
被引量:
34
1
作者
辛雅萱
黎若竹
李鑫
陈丽琼
唐军荣
屈亚亚
杨琳懿
辛培尧
李云芳
机构
西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心
西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室
中国科学院西双版纳热带植物园综合
保护
中心
中国科学院大学
云龙县诺邓镇果郎办公区
天池保护区
管护局
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期148-156,165,共10页
基金
国家重点研发计划子课题(2017YFD060120204)
云南省科技厅科技计划项目(2018BB005)。
文摘
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析,获得GC、ENC、RSCU等参数,再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素,最终获得最优密码子。【结果】1)杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC1(47.25%)>GC2(39.74%)>GC3(29.31%),表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基;2)中性绘图分析中,GC12和GC3的相关系数为0.137,可见这两者的相关性并不显著,说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同;3)ENC-plot绘图分析中,大部分基因都离标准曲线有一定距离,表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异,说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响;4)PR2-plot绘图分析显示,平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方,说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性,且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5)最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子,其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响,但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征,探究其密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。
关键词
杧果
叶绿体基因组
密码子偏性
突变
选择
Keywords
Mangifera indica
chloroplast genome
codon bias
mutation
selection
分类号
S759.59 [农业科学—森林经理学]
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职称材料
题名
学习“三生态” 宣传“三生态” 贯彻“三生态”
被引量:
1
2
作者
杨久年
徐龙长
秦裕旭
殷传杰
机构
天池保护区
管理处
阿尔泰山林业局
自治区林业局资源和林政管理处
出处
《新疆林业》
2003年第2期5-6,共2页
关键词
森林生态
道路
生态文明
国土
林业局
林业可持续发展
五大转变
生态安全体系
分类号
F326.23 [经济管理—产业经济]
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职称材料
题名
自治区山区国有公益林区划界定时应注意的几点事项
3
作者
赵东风
杨久年
机构
奇台林场
天池保护区
出处
《新疆林业》
2005年第5期41-42,共2页
文摘
自1998年国家启动天然林保护工程,2000年正式实施天然林保护工程以来,将山区天然林中郁闭度在0.4以上的有林地纳入天然林管护资金补助范围.这几年中,各山区林场克服了管护资金不足,管护难度极大的压力,除了对郁闭度0.4以上纳入天保工程资金补助的国有林地进行管护外,对山区国有天然林中郁闭度0.4以下的有林地、疏林地、散生木林地、灌木林地、灌丛地以及过去二类资源调查区划遗漏的各类林地都进行了积极有效的同等重要的管理和保护.
关键词
山区
天然林保护工程
自治区
定时
划界
林区
工程资金
有林地
郁闭度
分类号
S773.3 [农业科学—森林工程]
F326.2 [经济管理—产业经济]
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职称材料
题名
新时期我区林业的地位及其发展的制约因素
4
作者
殷传杰
秦裕旭
杨久年
机构
新疆自治区林业局资源林政处
阿山林业局
天池保护区
出处
《新疆林业》
2002年第6期4-5,共2页
关键词
林业
木材生产
自治区
跨越式发展
民族自治地方
五大转变
六大工程
地位
分类号
F326.2 [经济管理—产业经济]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
辛雅萱
黎若竹
李鑫
陈丽琼
唐军荣
屈亚亚
杨琳懿
辛培尧
李云芳
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
34
下载PDF
职称材料
2
学习“三生态” 宣传“三生态” 贯彻“三生态”
杨久年
徐龙长
秦裕旭
殷传杰
《新疆林业》
2003
1
下载PDF
职称材料
3
自治区山区国有公益林区划界定时应注意的几点事项
赵东风
杨久年
《新疆林业》
2005
0
下载PDF
职称材料
4
新时期我区林业的地位及其发展的制约因素
殷传杰
秦裕旭
杨久年
《新疆林业》
2002
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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