葛根素治疗冠状动脉支架内再狭窄的核心靶点筛选与细胞学验证

目的基于网络药理学、分子对接的方法筛选葛根素治疗冠状动脉支架内再狭窄(ISR)的核心靶点,并通过细胞学实验验证相关靶点。方法在NCBI公共数据平台基因表达综合数据库(GEO)中下载基因表达谱芯片数据GSE46560,使用R语言软件筛选该基因表达谱的差异基因,与Genecard数据库中ISR相关靶点整合,获得ISR疾病靶点。在TCMSP、SwissTargetPrediction网站下载葛根素的作用靶点,与ISR疾病靶点交集,获得药物—疾病关键靶点;使用String网站和Cytoscape软件分析蛋白—蛋白相互作用网络并筛选出核心靶点;使用AutoDockvina软件将核心靶点与葛根素的三维核心活性成分结构进行分子对接,计算分子对接核能值,评价配体分子与受体蛋白的结合能力。取大鼠胸主动脉血管平滑肌细胞进行培养,将细胞分为空白对照组、AngⅡ组、AngⅡ+葛根素组,采用细胞划痕实验观察各组6、12、24、48 h细胞迁移率;采用Western blotting法检测各组细胞过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)表达;采用ELISA法检测细胞炎症因子肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素6(IL-6)含量。结果共获得ISR疾病相关靶点528个、葛根素作用靶点142个,将二者取交集,获得药物—疾病关键靶点56个。将56个疾病—药物关键靶点输入String11.5网站,获得疾病—药物核心靶点TNF、AKT1、SOD1、VEGFA、ABCB1、CASP3、PTGS2、PPARγ。分子对接显示,各核心靶点蛋白与葛根素中对应的活性化合物均有较好的结合能力。细胞实验表明,与空白对照组比较,AngⅡ组PPARγ蛋白表达降低,TNF-α、IL-6表达升高;与AngⅡ组比较,AngⅡ+葛根素组PPARγ表达升高,TNF-α、IL-6表达降低。结论共筛选得到PPARγ等7个葛根素治疗ISR的核心靶点;经验证,葛根素可能通过激活PPARγ、抑制炎症因子表达从而抑制血管平滑肌细胞增殖,从而达到治疗ISR的目的。

基于整合药理学平台的中药防己治疗高血压分子机制研究

目的:运用整合药理学平台挖掘中药防己潜在高血压基因靶点,研究中药治疗高血压的分子机制。方法:运用整合药理学平台具有的目标预测和网络建设的功能模块,计算获得防己的成分-靶标网络,并进一步计算出防己-高血压相关靶标网络,探索研究防己作用的高血压相关靶标分子机制。结果:防己共挖掘获得198个与高血压相关的靶点,其中化学成分潜在作用节点59个,已知作用节点20个,明确存在直接作用的节点有血管紧张素Ⅱ2型受体(AGTR2)、血管紧张素Ⅱ1型受体(AGTR1)、前列环素受体(PTGIR)、溶质载体家族12成员3(SLC12A3)、内皮素-1(EDN1)。防己化学成分GO富集和KEGG通路富集显示与高血压存在密切的关联性,靶标分子机制较为清晰。结论:通过整合药理学平台,深度挖掘了中药防己化学成分疾病作用靶点,研究了其潜在分子机制,寻找到潜在的影响因素,为进一步研究提供方向指南。

基于R语言的汉防己甲素治疗高血压分子机制研究

目的:运用R语言程序研究汉防己甲素高血压基因靶点。方法:基于STITCH、Pubchem和HPRD数据库,运用R语言程序研究汉防己甲素相关基因的高血压疾病网络,应用DAVID平台进行靶点的功能富集分析、通路富集分析。结果:汉防己甲素共获得了117个与高血压相关的靶点。结论:通过R语言编程进行数据库筛选,深度挖掘中药化学成分的疾病作用靶点,研究其潜在分子机制,为研究提供方向指南。