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结合蛋白质二级结构信息预测蛋白质空间结构中的二硫键 被引量:3
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作者 石鸥燕 蔡春泉 +2 位作者 孙伟 杨晶 黎小沛 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2011年第6期2049-2051,2077,共4页
在蛋白质空间结构预测中,二硫键的确定可以大大减少蛋白质构象的搜索空间。为提高二硫键预测的准确率,对形成二硫键的半胱氨酸及其周围的氨基酸残基在蛋白质二级结构形成上的偏性进行了分析,并提出将蛋白质二级结构信息加入到BP神经网... 在蛋白质空间结构预测中,二硫键的确定可以大大减少蛋白质构象的搜索空间。为提高二硫键预测的准确率,对形成二硫键的半胱氨酸及其周围的氨基酸残基在蛋白质二级结构形成上的偏性进行了分析,并提出将蛋白质二级结构信息加入到BP神经网络预测模型的输入编码信息中。研究对象为从Swiss-Prot数据库中选取的252条蛋白质序列,随机均分四组,对预测准确率进行4交-叉验证,各项准确率均比未加入蛋白质二级结构信息前有明显提高。结果表明,结合蛋白质二级结构信息的编码方式是可行且有效的。 展开更多
关键词 二硫键 神经网络 蛋白质二级结构
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Rhabdoid Meningioma in a Child:Report of a Case and Literatures Review
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作者 蔡春泉 张庆江 +5 位作者 申长虹 杨卫东 胡晓丽 王春祥 马骁 侯志彬 《Chinese Journal of Clinical Oncology》 CSCD 2008年第1期67-71,共5页
Meningiomas occur in 1%-4% of primary intracranial tumors in the pediatric group, and is increasing in incidence with age. Some authors have reported that meningioma is more prevalent among adult males, but there is n... Meningiomas occur in 1%-4% of primary intracranial tumors in the pediatric group, and is increasing in incidence with age. Some authors have reported that meningioma is more prevalent among adult males, but there is no gender prevalence. The accepted origin of meningiomas is from the arachnoid ceils lining the meninges, or the choroid plexuses. Since Beckwith and Palmer introduced the term 'rhabdoid tumor' in 1978 in reference to a subgroup of childhood malignant renal tumors, many tumors with a rhabdoid morphology have been reported in various sites, including the central nervous system. In 1998 Kepes et al. 展开更多
关键词 MENINGIOMA RHABDOID DIAGNOSIS immunohistochemical staining.
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FZ6基因及其蛋白的生物信息学分析 被引量:2
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作者 石鸥燕 李艳云 +2 位作者 蔡春泉 张庆江 申长虹 《现代生物医学进展》 CAS 2010年第6期1052-1054,共3页
目的:对frizzled6(FZ6)基因和Frizzled6(Fz6)蛋白进行生物信息学分析,更多的了解该基因的相关信息,为进一步研究Wnt-Fz信号通路以及FZ基因与神经管发育缺陷相关性研究提供基础。方法:运用Internet上的数据库及程序,对FZ6基因结构、单核... 目的:对frizzled6(FZ6)基因和Frizzled6(Fz6)蛋白进行生物信息学分析,更多的了解该基因的相关信息,为进一步研究Wnt-Fz信号通路以及FZ基因与神经管发育缺陷相关性研究提供基础。方法:运用Internet上的数据库及程序,对FZ6基因结构、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点、Fz6蛋白的二级结构、蛋白相互作用网络以及Fz蛋白家族的多重序列比对进行生物信息学分析。结果:FZ6基因染色体定位于8q22.3-q23.1,基因全长33995bp,编码706个氨基酸;编码区存在8个SNPs位点,其中错义SNPs4个;多序列比对结果显示10个Fz蛋白家族成员分为4个亚类,Fz3和Fz6为同一类;Fz6蛋白有2个保守的结构域,蛋白序列羧基端缺少其他Fz蛋白普遍存在的S/T-X-V序列模式;其二级结构以α螺旋和随机卷曲为主。结论:通过对FZ6基因及其蛋白的生物信息学分析获得了其相应的生物学特征,为进一步研究奠定基础。 展开更多
关键词 frizzled基因 生物信息学分析 Wnt-Fz信号通路
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用于组织工程支架研究脑损伤动物模型的建立 被引量:1
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作者 程军 李晓红 +6 位作者 王景景 魏正军 任吉滨 史新宇 陈江龙 牛学刚 孙洪涛 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1132-1135,共4页
目的建立一种用于组织工程支架研究脑损伤动物新模型。方法计算机编程、数控机床制作长102mm不锈钢模具。选取重(230±20)g SD大鼠90只,随机数字表法分正常、假手术和模型组。正常组不处理,假手术组去骨瓣,模型组去骨瓣和去直径2.0m... 目的建立一种用于组织工程支架研究脑损伤动物新模型。方法计算机编程、数控机床制作长102mm不锈钢模具。选取重(230±20)g SD大鼠90只,随机数字表法分正常、假手术和模型组。正常组不处理,假手术组去骨瓣,模型组去骨瓣和去直径2.0mm、高1.5mm圆柱状组织。造模1、2、3、4周时间点处死前行改良神经功能评分(mNSS)评估神经功能,处死后取材分别行苏木精-伊红(HE)和尼氏染色以观察炎性反应和测量空腔体积;4周后行Morris水迷宫检测学习记忆能力。应用SPSS 22.0统计软件分析,计量资料以均值±标准差(Mean±SD)表示。结果大鼠mNSS评分显示,模型组各时间点[(13.25±1.04)、(12.13±0.83)、(10.50±0.93)、(9.50±0.93)分]比假手术组[(2.50±0.53)、(2.38±0.52)、(2.63±0.52)、(2.50±0.53)分]得分较高,神经功能缺损较重,差异有统计学意义(t=26.100、28.080、21.000、18.520,P<0.05);同时该组水迷宫潜伏期[(77.56±3.68)、(65.17±3.72)、(57.19±4.13)、(51.61±4.10)、(46.86±4.00)、(42.98±3.70)s]与假手术组[(51.17±3.50)、(42.96±3.84)、(39.83±3.20)、(33.50±3.06)、(27.38±3.54)、(21.85±2.78)s]比较明显延长,差异有统计学意义(t=15.560、12.360、10.060、10.740、10.960、13.870,P<0.01)。HE染色示模型组组织缺损、损伤区炎细胞浸润明显;假手术组组织完整,未见炎性细胞。空腔体积结果显示模型组各时间点体积[(4.90±0.27)、(4.78±0.38)、(4.82±0.27)、(4.87±0.28)mm^3]均接近模具体积,差异无统计学意义(t=2.220、0.550、1.180、1.800,P均>0.05),而时间点间体积也相近,差异无统计学意义(F=0.320,P>0.05);假手术组无空腔,体积为零。结论自行设计模具成功建立神经功能和学习记忆能力受损脑损伤动物新模型。该模型空腔体积稳定、可重复,能用于组织工程架研究。 展开更多
关键词 脑损伤 组织工程 新模型 动物
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