宫颈癌相关基因HLA-DRB1编码区SNPs的生物信息学分析

目的用生物信息学的方法建立筛选宫颈癌相关基因HLA-DRB1编码区SNPs的技术平台,筛选出与宫颈癌发病相关联的SNPs。方法使用SNPper软件从公共数据库dbSNP获得HLA-DRB1编码区的SNPs数据,在dbSNP数据库获取相应的FASTA序列,使用PARSESNP软件进行分析。结果在HLA-DRB1基因的编码区发现2个SNPs(rs1059576和rs1059582),其单核苷酸的变化会引发错义突变,PSSMDifference大于10,该突变为有害突变。另外rs9269958变异则引发终止密码子的产生。结论建立的生物信息学的方法可以对基因编码区的SNPs进行分析,在众多的SNPs中搜寻出序列保守区的变异,并给出评价标准,但是所得结果需要在宫颈癌与对照人群中进行试验验证。

宫颈癌易感基因HLA-DQA1编码区SNPs的筛选和分析

背景与目的:人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)基因多态性的差异在宫颈癌发病过程中发挥重要作用,本研究用生物信息学的方法筛选宫颈癌易感基因HLA-DQA1编码区的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs),并对其多态性的变异所引发的氨基酸变化是否会导致基因的功能异常进行筛选和分析。方法:使用SNPper软件从公共数据库dbSNP获得HLA-DQA1编码区的SNPs数据,在dbSNP数据库获取相应的FASTA序列,使用PARSESNP软件进行筛选和分析。结果:在HLA-DQA1基因的编码区发现2个SNPs(rs9272693和rs9272703),其单核苷酸的变化会引发错义突变,PSSMDifference大于10,预测该突变为有害突变。结论:建立的生物信息学方法可以对基因编码区的SNPs进行分析,在众多的SNPs中搜寻出序列保守区的变异,并给出评价标准,但是所得结果需要在宫颈癌患者与对照人群中进行实验验证。

硫代修饰型反义寡核苷酸抑制肺癌细胞系端粒酶活性及增殖的研究

目的 了解人肺癌细胞系的端粒酶活性情况。探讨硫代修饰型端粒酶RNA反义寡核苷酸封阻端粒酶RNA ,对癌细胞代谢、生长的抑制作用。方法 采用端粒酶PCRELISA方法检测 8种体外培养人肺癌细胞系端粒酶活性。合成端粒酶RNA的反义硫代寡核苷酸 (6聚体、9聚体、1 2聚体 )和随机序列寡核苷酸 ,分别导入LTEP a 2细胞系 ,作用 72h。采用端粒酶PCRELISA方法检测端粒酶活性、四甲基偶氮唑盐 (MTT)光吸收法检测琥珀酸脱氢酶 (SDH)活性并做细胞增殖计数。结果 8种人肺癌细胞系端粒酶活性均呈不同程度阳性表达。 3种端粒酶RNA反义寡核苷酸对LTEP a 2细胞端粒酶活性、SDH活性及生长增殖均有抑制作用并随浓度升高而增强。 3种反义寡核苷酸 5～ 40μmol/L对细胞端粒酶活性、SDH活性和增殖的抑制率分别为 2 5 7%～ 84 0 %、1 9.4%～ 74.7%和1 4 8%～ 72 .5 %。硫代修饰随机序列寡核苷酸对细胞端粒酶活性、SDH活性及生长增殖无明显抑制作用 ,与 3种反义寡核苷酸抑制作用比较差异有非常显著性意义 (P <0 .0 1 )。结论 人肺癌细胞系呈端粒酶阳性表达 ,反义寡核苷酸可抑制端粒酶活性 。