肝细胞癌患者预后相关增强子RNA和对应靶基因的筛选及其预后预测意义

目的:筛选与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关的增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)及其对应的靶基因,并探究其调控作用及功能。方法:通过UCSC数据库下载HCC的转录本数据和临床病例数据,提取eRNA及其预测的相应靶基因表达矩阵,用Kaplan-Meier和Spearman相关性分析方法筛选HCC预后相关的eRNA和靶基因,并采用最小化绝对收缩和选择算子回归分析及多因素Cox多元回归分析构建HCC预后风险评分模型。设计合成针对筛选所获关键eRNA AP003469.2的小干扰RNA并转染肝癌SMMC-7721细胞,采用RT-PCR方法验证敲减效率,qPCR法检测AP003469.2靶基因YWHAZ的表达水平,CCK-8法检测转染后SMMC-7721细胞的增殖情况。结果:筛选获得4个与预后相关基因,包括两个eRNA(AP003469.2和SPRY4-AS1)和两个靶基因(PPARGC1A和SLC2A1)(P<0.05),其中PPARGC1A高表达提示预后较好,AP003469.2、SPRY4-AS1和SLC2A1基因高表达则提示预后较差。基于4个基因构建的预后风险评分模型,第1、3和5年的AUC分别为0.730、0.699和0.679,提示模型具备良好的预测效能。在敲减AP003469.2后,SMMC-7721细胞中YWHAZ的表达无明显改变,且对细胞的增殖无影响。结论:基于生物信息学分析共筛选出4个关键基因,其中eRNA AP003469.2是HCC预后预测效能较高的标志物,其无促癌功能且对YWHAZ基因无调控作用。