2型猪链球菌天津分离株的鉴定及其遗传特征分析

为了解天津市某猪场引起育肥猪神经症状的病原及其特性和遗传特征,本研究采集8份患病猪脑组织样品经细菌分离、形态学观察、gdh基因和cps2J基因的PCR扩增及序列分析,确定8份样品中的分离株均为同一2型猪链球菌(SS2),命名为TJS75。测定其生长曲线、并按照文献方法进行溶血性试验、黏附/侵入试验和对小鼠的致病性试验,分析该SS2分离株特性。结果显示,TJS75菌株经TSB培养6 h~15 h可达对数生长期,对绵羊血红细胞(RBC)具有崩解效果,可黏附并侵入PK-15细胞(黏附率和侵袭率分别为5.16%和7.90%),且感染TJS75株的BALB/c小鼠出现不同程度的行动迟缓、呼吸急促、精神萎靡和神经症状等,经测定其LD50为2.15×107cfu/mL。进一步采用高通量测序,并预测其毒力基因,分析该菌株的遗传特征,结果显示,TJS75菌株基因组全长2368195 bp,GC含量40.88%,含有2299个编码基因,其中有1822、1830和1077个基因分别注释于GO、COG和KEGG数据库,携带的16S r RNA基因序列与国内分离的SS强毒株98HAH33和05ZYH33的亲缘性较近,毒力基因的预测结果显示该菌株携带499种毒力相关基因(编码173种毒力相关因子),依据功能分类,这些毒力基因参与SS2的黏附和侵袭、溶血、促进铁转运、自溶酶的合成、降解胶原酶、唾液酸的合成等。本研究首次分离到携带MRP毒力因子的ST25型SS2,为深入开展SS2 TJS75株的致病机制研究提供了科学依据。

全基因组重测序及其在群体基因组学的研究方法

利用群体基因组学的工具分析重测序数据可以更好地将选择位点与种群历史相结合,精确估计有效种群规模、种群历史和种群结构,确定特定遗传位点和变异。该文简述了全基因组测序技术,介绍了其在群体基因组学的主要研究方法和实现软件,讨论了这些方法的优缺点,并提出开发新的深度学习模型和机器学习算法或许是未来改进群体基因组学研究方法的方向。

基因芯片在奶牛遗传育种中的应用

基因芯片是微阵列技术应用中的一种,可以用于检测待测基因的位置、含量、类型等,并具有高通量、高灵敏度和高特异性的特点。该文综述了基因芯片在奶牛遗传育种中的应用及其重要性,阐述了基因芯片在奶牛群体遗传学研究、全基因组关联分析及基因组选择等方面的研究进展,为奶牛群体遗传改良以及遗传资源的挖掘利用提供参考。