天津市新型冠状病毒肺炎确诊病例病原学检测结果及影响因素分析

目的研究天津市新型冠状病毒肺炎确诊病例实验室检测结果特征及影响因素。方法按照标准操作流程完成患者样本采集,使用天隆自动磁珠核酸提取试剂完成核酸提取,使用4种已获得审批的新型冠状病毒核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR核酸检测,收集患者相关流行病学资料,使用SPSS25.0软件完成单因素方差分析和非参数检验进行组间差异性分析。结果共完成123例新型冠状病毒肺炎确诊病例的核酸检测,PCR检测次数共162次,11次单靶标阳性结果中有10次为核衣壳蛋白基因(nucleocapsid protein gene,N gene)单靶标阳性;同时使用2种试剂盒对19例确诊病例进行检测,结果显示不同试剂盒检测效果存在差异;采集多种样本类型对13例患者进行检测,痰样本Ct值普遍低于咽拭子样本。不同临床症状分型患者咽拭子Ct值之间差异无统计学意义(PCt-N=0.797;PCt-ORF1a/b=0.551)。根据发病日期与首次检测病毒核酸阳性日期之间的间隔时间分组,不同分组咽拭子Ct值之间差异无统计学意义(PCt-N=0.373;PCt-ORF1a/b=0.058)。结论痰液样本相比上呼吸道样本病毒核酸检测更易检出。N基因检测灵敏度更高,N基因单靶标阳性结果应重新采样检测。应根据实际需求选择合适的检测试剂盒,多时间点、多样本类型、多部位采集样本开展检测。

天津市COVID-19患者治疗后不同类型标本中新型冠状病毒核酸检测结果分析

目的回顾性分析新型冠状病毒在康复患者不同标本取样(咽拭子、痰液及粪便)中的分布情况,以提供更为可靠的出院依据,减少患者出院后复发传染的风险。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法,对78例患者出院前的咽拭子和痰液单次配对采样,54例患者两次配对取样(间隔1~5 d),检测病毒在两种类型标本中的检出情况;观察6例出院患者随访期间粪便标本中病毒的检出情况。结果咽拭子和痰液单次配对采样检测,咽拭子中病毒核酸检出率为46.15%,痰液中检出率为50.00%。第二次配对采样检测,咽拭子中病毒核酸检出率为25.93%,痰液中检出率为46.30%,两种标本检出率差异有统计学意义(P<0.05)。6例出院随访患者的采样检测,咽拭子或痰液检测均为阴性,而粪便标本检测均出现阳性,且最长可在患者体内存在52 d。结论在新型冠状病毒肺炎患者康复后期,随着临床症状的好转,呼吸道症状逐渐消失,病毒可能从呼吸道进入胃肠道,且在康复患者体内长时间存在并随粪便排出。建议在新型冠状病毒肺炎患者出院前进行核酸检测时,可考虑增加不同部位标本取样,以降低漏检率,避免假阴性病例的出现。

2020年天津市宁河区急性胃肠炎聚集疫情病原体轮状病毒全基因组序列分析

目的分析2020年天津市宁河区一起急性胃肠炎聚集疫情的病原A组轮状病毒(RVA)的全基因组序列,调查原因及防控措施。方法对送检轮状病毒阳性粪便标本核酸进行提取,经real-time PCR进一步确证;构建DNA测序文库,采用二代测序法进行测序,合格序列拼接为11条基因片段。对轮状病毒重要VP7、VP4和NSP4等序列进行系统进化和重要抗原表位变异分析。结果经确认4份样本为RVA阳性,二代测序成功获得4株轮状病毒全基因序列。4株RVA相似性为99%以上,所获毒株均为Wa-like基因组群,G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1。亲缘关系树分析所有毒株的VP7基因属于G9-Ⅵ,VP4基因属于P[8]-3亚型。基因序列进一步揭示了VP7和VP4抗原表位存在氨基酸位点替代现象。并且在非结构蛋白NSP4基因的Ⅰ型和Ⅱ型抗原表位上存在氨基酸位点的改变。其余结构蛋白和非结构蛋白均相对保守。结论G9-Ⅵ亚型、P[8]-3亚型RVA是本次疫情的病原体,本次所获得的4株轮状病毒与现流行毒株变异较小,但应加强轮状病毒全基因组的进化监测,为掌握其流行趋势的变化和开展有效的疫情防控提供科学数据。

2019年天津市急性胃肠炎人群诺如病毒基因分型分析

目的分析2019年天津市急性胃肠炎人群中诺如病毒的基因特征。方法本研究采集2019年全年天津市各区疾病预防控制中心送检的散发、暴发、聚集性腹泻诺如病毒阳性粪便标本,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法将标本进行扩增,对阳性产物进行聚合酶区和衣壳区序列测定,构建系统进化树。结果诺如病毒总体阳性率为6.01%(97/1615),除1月无样本检测外,其他各月份均有诺如病毒的检出。其中GⅠ组检出率1.11%(18/1615),GⅡ组检出率5.02%(81/1615)。聚合酶区和衣壳区基因分型结果:2019年的基因型别为GⅡ.2[P16]、GⅡ.4[P31]、GⅡ.17[P17]、GⅠ.3[P13]、GⅡ.6[P7]、GⅠ.5[P4]、GⅡ.3[P12]、GⅠ.5[P12]、GⅠ.1[P1]、GⅠ.2[P2]等。13起急性胃肠炎暴发或聚集性腹泻病例中占比前3位的基因重组株为GⅡ.2[P16](30.77%,4/13)、GⅡ.4[P31](23.08%,3/13)、GⅡ.17[P17](23.08%,3/13)。结论天津市诺如病毒感染的基因型呈多样性,不同基因型持续共同进化和循环,需进一步加强诺如病毒病原监测及分子分型鉴定工作。

天津市2018-2020年人轮状病毒株VP7、VP4和NSP4基因特征

目的对天津流行的人A组轮状病毒VP7、VP4和NSP4基因进行分型和序列特征分析。方法收集2018—2020年天津市急性腹泻A组轮状病毒(Rotavirus group A,RVA)阳性病例的粪便标本,提取核酸,进行RT-PCR扩增VP7、VP4和NSP4基因片段全长并进行测序和进化树分析。结果本次研究所有RVA均属于G9P[8]基因型,进化树分析其VP7和VP4基因分别属于G9-VI和P[8]-3亚型。分析NSP4基因片段发现19株为E1型,12株为E2型。TJ株VP7、VP4、NSP4与疫苗株和参考株比对发现在关键位点有氨基酸替代现象。31个TJ-VP7氨基酸序列与Rotavac G9和Rotasiil G9 VP7相比,各有4个和3个替换位点。31例天津株VP8*核苷酸序列与Rotarix P[8]-1和RotaTeq相比,各有6个和3个氨基酸差异。天津株VP5*核苷酸与两种疫苗相比,仅在RotaTeq的5-1区I388L这一处发现氨基酸位点变异情况,其余11个氨基酸位点高度保守;而与Rotarix5-1到5-5区氨基酸序列完全一致。TJ E1株与疫苗株的NSP4序列相比在ASI和ASII区分别有2和3个氨基酸位点发生变异;TJ E2株与疫苗株的NSP4序列相比在ASI-ASIV分别有3、8、2和5个氨基酸位点发生替换。2018—2020年在天津地区检测到19株G9P[8]-E1型RVA,12株G9P[8]-E2型RVA,这是首次在天津发现G9P[8]-E2重组基因型。结论与同基因型疫苗株和参考株相比,位于TJ株VP7、VP4和NSP4抗原位点的改变对于疫苗保护效力的影响还需进一步研究。需要对轮状病毒分子变异和重组现象进行持续监测,不只是单一监测G/P分型情况,要考虑多基因片段共同分析和全基因组测序,以便及时追踪和掌握轮状病毒的重组和变异情况。

天津市新型冠状病毒肺炎确诊病例新型冠状病毒全基因组特征分析

目的对天津市新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)国内感染和境外输入确诊病例的上呼吸道标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)全基因组序列测定,并完成基因变异位点和进化分析。方法对天津市COVID-19国内感染和境外输入确诊病例共24例的上呼吸道标本进行核酸提取,构建DNA测序文库,第二代测序仪上机测序,拼接测序数据,通过基因比对和构建进化树完成病毒基因变异位点和进化分析。结果24例COVID-19确诊病例上呼吸道样本2019-nCoV测序结果均与参考株Wuhan-Hu-1高度同源,相似度均大于99.9%;6例国内感染病例2019-nCoV为谱系S,其余18例2019-nCoV为谱系L;境外输入病例2019-nCoV有48个突变位点,国内感染病例2019-nCoV有14个突变位点;15例境外输入病例2019-nCoV中发现D614G突变,国内感染病例2019-nCoV均无此突变。结论天津市COVID-19确诊病例中,境外输入病例病毒基因组有更多的核苷酸变异位点,并且大多数出现D614G突变,传播能力更强。

新型冠状病毒核酸检测实验室消毒防护经验探讨

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)对世界人民健康造成威胁。目前,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)方法用于鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液及粪便等标本的核酸检测,是筛查和诊断COVID-19的重要手段。但随着检测活动的广泛开展,检测人员存在的潜在感染风险及消毒防护的问题被大家广泛关注。制定和实施核酸检测实验室规范的消毒防护方案,既可以有效地保护检测人员的健康安全,又可以避免实验室的相关污染,降低干扰因素,从而提升检测质量和效率。

天津滨海新区本土疫情新型冠状病毒全基因组测序和溯源分析

目的对引起天津滨海新区本土新型冠状病毒肺炎(COVID-19,简称新冠肺炎)疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2,简称新冠病毒)进行全基因组溯源及变异情况分析。方法对2020年11月7日至12月5日采集的天津滨海新区新冠肺炎疫情1例本地无症状感染者和5例确诊病例咽拭子样本进行全基因组高通量测序,De novo拼接测序数据,使用MAFFT v7.0多重序列比对程序和MEGA X软件对上述数据进行比对和构建系统进化树(Neighbor-joining法)。结果6株新冠病毒序列与武汉参考序列(Wuhan-Hu-1)基因相似度均大于99.9%;6株病毒中2株基因完全相同,符合L基因型欧洲家系分支Ⅱ.1(北美分支)/B.1特征;另外4株基因完全相同,符合L基因型欧洲家系分支Ⅰ/B.1.1特征,此6株新冠病毒序列分属不同的进化分支,为两条不同的传播链。6株新冠病毒序列共有18个核苷酸突变位点,其中8个位点是同义突变,9个位点为错义突变,产生9个氨基酸突变位点,均发现RdRp-P323L、S-D614G重要变异位点。结论本研究中天津滨海新区新冠肺炎疫情为两起事件,6株新冠病毒序列分属不同的进化分支,为两条不同的传播链。提示可能来源于搬运工人接触了已污染新冠病毒的不同来源进口冷链物品。6株新冠病毒序列均有P323L、D614G突变,病毒突变、传播能力更强,应持续加强天津冷链重点从业人员及本土、输入性病例的监测。