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细粒棘球绦虫胞外囊复合物2蛋白的生物信息学分析
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作者 张婷婷 钱炳硕 +1 位作者 王明霞 朱明星 《黑龙江医学》 2024年第7期773-776,780,共5页
目的:利用生物信息学方法预测细粒棘球绦虫胞外囊复合物2(EXOC2)蛋白的生化特性、抗原表位及分子功能。方法:利用蛋白质在线分析网站以及在线数据库预测EXOC2蛋白的理化性质、三级结构、亲疏水性、B细胞优势抗原表位、T细胞优势表位、... 目的:利用生物信息学方法预测细粒棘球绦虫胞外囊复合物2(EXOC2)蛋白的生化特性、抗原表位及分子功能。方法:利用蛋白质在线分析网站以及在线数据库预测EXOC2蛋白的理化性质、三级结构、亲疏水性、B细胞优势抗原表位、T细胞优势表位、蛋白的互作网络关系、差异基因GO功能、KEGG通路富集分析、磷酸化位点和蛋白修饰位点。结果:优势B细胞表位位于100-115、539-540、851-866、896-911、988-992、704-749区段,HLA-DRB1*0401限制性Th表位位于821-823、920-930区段,HLA-DRB1*0701限制性Th表位位于270-275、920-922区段。结论:利用在线数据库及生物信息学方法预测EXOC2蛋白的生物功能、B细胞优势抗原表位及T细胞优势,可为棘球蚴病分子肽疫苗的研制提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫胞外囊复合物2蛋白 细粒棘球绦虫 抗原表位
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枸杞叶多糖对小鼠代谢、抗氧化、免疫功能及肠道微生物的影响 被引量:3
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作者 白敏 张颖 +4 位作者 李泉积 姬锦 金亚婷 王琦 赵嘉庆 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2023年第17期413-419,共7页
目的:以C57BL/6雌性小鼠为研究对象,连续灌胃7周不同剂量(50、100、150 mg/kg)枸杞叶多糖,探究未灌胃枸杞叶多糖的正常组与灌胃不同剂量枸杞叶多糖组对小鼠代谢、抗氧化、免疫功能及肠道微生物的影响。方法:扫描电镜观察各组小鼠肠粘膜... 目的:以C57BL/6雌性小鼠为研究对象,连续灌胃7周不同剂量(50、100、150 mg/kg)枸杞叶多糖,探究未灌胃枸杞叶多糖的正常组与灌胃不同剂量枸杞叶多糖组对小鼠代谢、抗氧化、免疫功能及肠道微生物的影响。方法:扫描电镜观察各组小鼠肠粘膜超微结构,检测血清丙二醛(MDA)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)和总超氧化物歧化酶(T-SOD)的活性来评价不同剂量枸杞叶多糖的抗氧化能力,采用流式细胞术检测脾脏中T、B、树突状细胞(DC)的数量,全自动生化分析仪检测小鼠血清中的生化指标,通过16S RNA测序检测小鼠粪便样本中肠道菌群的变化。结果:各组小鼠肠粘膜超微结构无差异。高剂量枸杞叶多糖可升高T-SOD(45.27±2.73 U/g)和GSH-Px(1585.76±33.69 U/g)的活性,降低MDA(6.15±1.03 nmol/g)水平。高剂量组枸杞叶多糖可显著提高T、DC细胞数量(P<0.05),降低血清中甘油三酯(0.30±0.04 mmol/L)及谷草转氨酶的活性(161.48±14.98 U/L)并提高了肠道益生菌属的相对丰度,如杜氏杆菌、嗜黏蛋白阿克曼菌、乳杆菌等。结论:灌胃枸杞叶多糖对小鼠肠粘膜结构无影响,同时可提高机体抗氧化能力、增强免疫系统功能、改善肠道微生物区系,对小鼠甘油三酯及谷草转氨酶的生物代谢具有一定的促进作用。这将为枸杞叶多糖在食品、药品和保健品等方面的开发利用提供理论基础和参考依据。 展开更多
关键词 枸杞叶多糖 代谢 抗氧化 免疫功能 肠道菌群
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严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白的B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析 被引量:1
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作者 陶佳 李莎莎 +3 位作者 杨继辉 张婷瑞 吕咏雪 赵巍 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期49-56,共8页
目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白... 目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质;利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构;蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构;B细胞表位预测工具ABCpred、BepiPred和BcePred预测S蛋白的B细胞抗原表位;利用免疫表位数据库IEDB预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成,理论等电点为6.24,原子组成为C_(6336)H_(9770)N_(1656)O_(1894)S_(54),属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示:α螺旋占23.5%、β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷曲占8.33%;Lasergene软件的Chou-Fasman方法预测显示:α螺旋占20.9%,β折叠占35.5%,β转角占35.2%。同时,使用SOPMA在线服务工具分析S蛋白二级结构,其中α螺旋占28.59%,延长链占23.25%,β转角占3.38%,无规则卷曲占44.78%。ABCpred、BepiPred和BcePred分别预测S蛋白的潜在B细胞抗原表位数量为5个、11个、6个。IEDB预测的CD8^(+)T细胞表位和CD4^(+)T细胞表位结果中分别选择各人类白细胞抗原(HLA)基因型亲和力最好的5个表位。结论采用生物信息学方法预测SARS-CoV-2的S蛋白具有多个B细胞及T细胞抗原表位。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2) 刺突蛋白/S蛋白 生物信息学 B细胞表位 T细胞表位
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基因编辑与诊断工具酶LwCas13a的克隆表达、纯化与酶活性鉴定
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作者 李晓雨 倪江萍 +5 位作者 朱玥 杨玉玛 薛依凡 张斯涵 妥蓉蓉 杨延辉 《宁夏医科大学学报》 2023年第12期1208-1213,共6页
目的开发可大量制备具有天然酶活性的基因编辑与诊断工具酶LwCas13a的技术,为研究基因编辑或开发基因诊断试剂提供稳定的酶。方法以LwCas13a蛋白基因序列为模板,采用PCR技术扩增目的基因LwCas13a,运用NotⅠ和BamHⅠ进行双酶切,将酶切产... 目的开发可大量制备具有天然酶活性的基因编辑与诊断工具酶LwCas13a的技术,为研究基因编辑或开发基因诊断试剂提供稳定的酶。方法以LwCas13a蛋白基因序列为模板,采用PCR技术扩增目的基因LwCas13a,运用NotⅠ和BamHⅠ进行双酶切,将酶切产物与相同酶切获得的载体pC013用T4 DNA连接酶连接构建成含有融合表达His标签的原核表达载体pC013-Twinstrep-SUMO-huLwCas13a,选择经酶切和测序鉴定均正确的质粒转化到E.coli BL21感受态细胞中,用0.5 mmol·L^(-1)的异丙基-β-D-硫代丰乳糖苷在16℃条件下诱导16 h,表达LwCas13a酶,产物经SDS-PAGE电泳检测,获得可溶性表达条件后,进行大量蛋白诱导表达,使用Ni^(2+)亲和层析法,纯化LwCas13a蛋白。利用LwCas13a酶的“侧向切割活性”检测纯化获得的酶。结果PCR扩增获得3479 bp序列完全正确的LwCas13a基因,重组蛋白以融合蛋白形式可溶性高效表达,纯度达到98%。经比较优于商业化的LwCas13a酶。结论成功获得具有天然侧向剪切活性的LwCas13a酶,为开发使用LwCas13a酶的分子诊断试剂提供原材料奠定了基础。 展开更多
关键词 LwCas13a酶 原核表达 蛋白纯化 酶活性鉴定
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亚麻籽油对多囊卵巢综合征大鼠炎症细胞的调节作用 被引量:2
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作者 汪婷 李一唯 +6 位作者 柳媛媛 禹文文 胡富宁 罗晓静 鲁奕男 张晓霞 王浩 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2022年第9期27-37,共11页
该研究探讨了富含α-亚麻酸(ALA)的亚麻籽油(FO)对多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠髓源性抑制细胞(MDSCs)、调节性T细胞(Treg)和巨噬细胞(Mψs)的调节作用。采用来曲唑造模法建立PCOS大鼠模型,每天监测动情周期变化。造模成功后,FO对照组和FO... 该研究探讨了富含α-亚麻酸(ALA)的亚麻籽油(FO)对多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠髓源性抑制细胞(MDSCs)、调节性T细胞(Treg)和巨噬细胞(Mψs)的调节作用。采用来曲唑造模法建立PCOS大鼠模型,每天监测动情周期变化。造模成功后,FO对照组和FO干预模型组灌胃FO 8 w;阴性对照组和模型组灌胃等量生理盐水。干预结束后,采用流式细胞术检测各组大鼠外周血、脾脏、骨髓中MDSCs,外周血和脾脏中Treg细胞以及卵巢组织中Mψs、M1型Mψs和M2型Mψs比例;采用免疫荧光技术检测卵巢组织Mψs表达情况。结果显示,来曲唑诱导的PCOS大鼠模型建立成功。与模型组相比,膳食FO干预后外周血、脾脏和骨髓中MDSCs比例显著升高至25.87%、5.63%和28.36%(p<0.05);外周血和脾脏中Treg细胞升高至2.06%和1.07%(p<0.05);卵巢Mψs和M1型Mψs比例以及卵巢Mψs荧光强度显著降低至13.51%、2.27%和1.59%(p<0.05)。该研究表明富含ALA的FO能够通过诱导MDSCs在外周血、脾脏和骨髓中募集,增加外周血和脾脏中Treg,以及抑制卵巢Mψs和M1型Mψs增殖改善PCOS。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 亚麻籽油 调节性T细胞 髓源性抑制细胞 巨噬细胞
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细粒棘球绦虫抗原Fis1T细胞表位肽缓解过敏性哮喘小鼠气道炎症的免疫学作用研究 被引量:1
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作者 辛云卓 宋东 +3 位作者 谢笑多 杨雪 金海容 赵嘉庆 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期47-51,55,共6页
目的探讨细粒棘球绦虫Fis1蛋白的T细胞表位肽(Eg.Fis183-102)对过敏性哮喘小鼠气道炎症的缓解作用及免疫学作用机制。方法1)体内试验:将24只6~8周雌性BALB/C小鼠随机分为3组(每组8只),其中B组为对照组,C组为过敏性哮喘组(OVA),T组为干预... 目的探讨细粒棘球绦虫Fis1蛋白的T细胞表位肽(Eg.Fis183-102)对过敏性哮喘小鼠气道炎症的缓解作用及免疫学作用机制。方法1)体内试验:将24只6~8周雌性BALB/C小鼠随机分为3组(每组8只),其中B组为对照组,C组为过敏性哮喘组(OVA),T组为干预组(OVA+Eg.Fis183-102)。采用ELISA法检测小鼠血清OVA特异性IgE水平;采用HE,PAS,MASSON组织染色检查小鼠肺组织病理变化;采用流式细胞术分析肺脏和脾脏组织中嗜酸性粒细胞比例、Th1和Th2的分群及比例。2)体外试验:采用裂红法分离小鼠脾脏单个核细胞,每孔以1×106个细胞铺板,分为3组(每组3个复孔),其中B组为对照组,C组为刀豆蛋白刺激组(ConA),T组为干预组(ConA+Eg.Fis183-102),培养3 d后收集上清,采用ELISA法检测IFN-γ和IL-4水平。结果1)体内试验:与C组相比,T组小鼠肺组织的炎细胞浸润、胶原沉积等病理损伤有所改善,血清OVA特异性IgE水平、肺组织嗜酸性粒细胞比例、肺脏和脾脏Th2细胞比例均显著下降(均P<0.05),肺和脾Th1细胞比例显著上升(均P<0.05)。2)体外试验:与B组相比,C组小鼠脾脏单个核细胞培养上清中IFN-γ和IL-4水平均显著上升(均P<0.05);与C组相比,T组脾脏单个核细胞培养上清中IFN-γ水平显著上升,IL-4水平显著下降(均P<0.01),与体内试验结果一致。结论Eg.Fis183-102可缓解过敏性哮喘小鼠肺组织炎症损伤,降低IgE的分泌,并可能通过纠正Th1/Th2免疫应答失衡抑制OVA诱导的过敏性哮喘小鼠的气道炎症。 展开更多
关键词 过敏性哮喘 细粒棘球绦虫 Fis1蛋白T细胞表位肽
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人源细粒棘球蚴囊壁与囊液中宿主蛋白的鉴定与分析
7
作者 李涛 李子华 +1 位作者 张翠影 赵巍 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CSCD 北大核心 2023年第6期677-682,共6页
目的通过对细粒棘球蚴囊壁及囊液中的宿主蛋白成分进行鉴定,进一步阐明细粒棘球绦虫与宿主之间相互作用的现象。方法收集2022年宁夏医科大学总医院肝胆外科10例细粒棘球蚴病患者手术摘除的具有活性的完整棘球蚴包囊,同时取患者血样。无... 目的通过对细粒棘球蚴囊壁及囊液中的宿主蛋白成分进行鉴定,进一步阐明细粒棘球绦虫与宿主之间相互作用的现象。方法收集2022年宁夏医科大学总医院肝胆外科10例细粒棘球蚴病患者手术摘除的具有活性的完整棘球蚴包囊,同时取患者血样。无菌抽取子囊中无色透明的囊液,离心收集上清液;子囊内壁反复冲洗后剪碎,裂解匀浆,收集上清液。用二喹啉甲酸(BCA)蛋白定量试剂盒提取囊液和囊壁全蛋白,经过十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)电泳后,切取囊壁全蛋白泳道显著的蛋白条带,进行质谱检测,进行蛋白质免疫印迹(Western blotting)分析。对患者血清和囊液的生化成分浓度进行定量检测。结果10例细粒棘球蚴病患者的肝脏功能为Child-Pugh A或B级。病灶直径为2.9~16.3 cm,为WHO-IWGE分型的CE2(多子囊型)或CE3(内囊塌陷型)。SDS-PAGE电泳分析结果显示,棘球蚴囊壁蛋白在相对分子质量(Mr)为70000、50000、25000处显示出清晰的蛋白条带,囊液蛋白在Mr 70000显示出清晰的蛋白条带。蛋白质谱与Western blotting结果均显示,相对分子质量在约Mr 70000的蛋白中包含人血白蛋白,约Mr 50000的目标蛋白为人IgG重链,约Mr 25000的目标蛋白为人IgG轻链。各生化指标中,囊液和血清中的中K+浓度分别为(5.53±0.86)mmol/L和(3.92±0.33)mmol/L,白蛋白浓度分别为(0.57±0.46)g/L和(39.42±2.77)g/L,胆固醇浓度分别为(0.03±0.02)mmol/L和(3.79±1.53)mmol/L,三者在囊液和血清中的浓度差异有统计学意义(t=5.56、43.71、7.74,P<0.05)。结论宿主来源的血清白蛋白和抗体是细粒棘球蚴囊壁和囊液中含量较高的宿主蛋白。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 白蛋白 抗体 囊壁 囊液
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多房棘球绦虫热休克蛋白90的生物信息学分析
8
作者 常亮亮 吕咏雪 +2 位作者 张翠影 朱亚洲 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第5期542-546,共5页
目的预测多房棘球绦虫热休克蛋白90(Echinococcus multilocularis HSP90,EmHSP90)的生化特性、结构和抗原表位,为泡型包虫病肽疫苗的研究提供理论基础。方法登陆NCBI数据库检索并下载EmHSP90的氨基酸序列,通过Expasy在线预测网站预测EmH... 目的预测多房棘球绦虫热休克蛋白90(Echinococcus multilocularis HSP90,EmHSP90)的生化特性、结构和抗原表位,为泡型包虫病肽疫苗的研究提供理论基础。方法登陆NCBI数据库检索并下载EmHSP90的氨基酸序列,通过Expasy在线预测网站预测EmHSP90的理化性质;采用PRABI数据库中的SOPMA预测EmHSP90的二级结构;利用SWISS-MODEL在线预测网站预测EmHSP90的三级结构;通过在线工具NetAcet-1.0预测EmHSP90的乙酰化位点,Netphos3.1预测EmHSP90的磷酸化位点,NetNGlyc1.0预测EmHSP90的N-糖基化位点;利用在线数据库TMHMM预测EmHSP90的跨膜结构域;利用在线数据库Signal P-5.0 Server预测EmHSP90的信号肽序列;通过在线数据库Predicting Antigenic Peptides预测EmHSP90的抗原决定簇;利用IEDB数据库预测EmHSP90的优势B细胞表位;利用SYFPEITHI在线数据库预测EmHSP90的T细胞优势表位。结果EmHSP90由711个氨基酸组成,其相对分子质量为80.04924×10^(3),不稳定系数41.09,为不稳定蛋白;亲水性平均系数-0.276,是亲水性蛋白;其二级结构中α螺旋占50.91%,β转角占4.92%,延伸链占13.92%,无规则卷曲占30.24%;含有1个乙酰化位点,64个磷酸化位点(40个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,16个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,8个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点)及4个N-糖基化位点;不含信号肽序列和跨膜结构域;EmHSP90的平均抗原倾向指数为1.0244,共有27个抗原决定簇区域;该蛋白共有B细胞优势表位10条,CTL细胞优势表位13条,Th细胞优势表位14条。结论生物信息学方法预测EmHSP90为不稳定亲水性蛋白,含有B细胞优势表位和T细胞优势表位,可为泡型包虫病肽疫苗的研制提供参考。 展开更多
关键词 多房棘球绦虫 EmHSP90 疫苗
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细粒棘球绦虫蛋白Actin-binding LIM protein 1的生物信息学分析 被引量:1
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作者 钱炳硕 张婷婷 +1 位作者 王明霞 朱明星 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第3期297-302,共6页
目的对细粒棘球绦虫肌动蛋白结合LIM蛋白1(Actin-binding LIM protein 1,AbLIM1)进行生物信息学预测,以期为包虫病的诊断治疗积累研究资料。方法通过NCBI数据库获取EgAbLIM1的氨基酸序列;使用在线软件分析蛋白质的理化性质、二级结构、... 目的对细粒棘球绦虫肌动蛋白结合LIM蛋白1(Actin-binding LIM protein 1,AbLIM1)进行生物信息学预测,以期为包虫病的诊断治疗积累研究资料。方法通过NCBI数据库获取EgAbLIM1的氨基酸序列;使用在线软件分析蛋白质的理化性质、二级结构、三级结构,并对其亚细胞定位、蛋白质结构以及抗原表位进行预测;使用GEPIA2.0数据库预测编码EgAbLIM1基因的相关基因,使用DAVID数据库以及R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果EgAbLIM1由753个氨基酸组成,理论等电点为9.51;EgAbLIM1的二级结构中α螺旋占22.05%,延伸链占12.62%,β-转角占5.44%,无规卷曲占59.89%。优势B细胞表位肽有6条,优势HLA-DRB1*0401限制性Th表位位置为572-584位氨基酸;优势HLA-DRB1*0701限制性Th表位位置为247-261、504-511位氨基酸。分子生物学功能相关程度最高的是钙黏连结合(cadherin binding)、参与细胞-细胞粘附的钙黏连结合(cadherin binding involved in cell-cell adhesion)、细胞-细胞粘附介质的活性(cell-cell adhesion mediator activity)等。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫AbLIM1含有多个抗原表位并对其关联基因进行了富集分析,为包虫病的诊断和药物治疗靶点筛选提供理论依据。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 肌动蛋白结合LIM蛋白1 生物信息学分析 抗原表位
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细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导下差异表达microRNA的筛选及分析
10
作者 朱明星 张婷婷 +4 位作者 杜先才 赵殷奇 徐士梅 杨松昊 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第9期1035-1040,1046,共7页
目的对细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导小鼠差异表达的microRNA进行筛选和分析,以期为rEg.P29免疫前后宿主免疫细胞的分化研究提供线索。方法将6-8周龄SPF级BALB/c小鼠随机分为2组,rEg.P29免疫组和对照组,每组12只。rEg.P29免疫组... 目的对细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导小鼠差异表达的microRNA进行筛选和分析,以期为rEg.P29免疫前后宿主免疫细胞的分化研究提供线索。方法将6-8周龄SPF级BALB/c小鼠随机分为2组,rEg.P29免疫组和对照组,每组12只。rEg.P29免疫组于小鼠腹部多点免疫重组蛋白100μl(含rEg.P2910μg),共免疫2次,第1次免疫2周后进行第2次免疫。提取第2周(第1次免疫后2周)、第6周(第1次免疫后4周)、第8周(第1次免疫后6周)各组小鼠外周血淋巴细胞,分离microRNA用于建库测序,利用生物信息学方法筛选rEg.P29诱导下差异表达的microRNA分子,并进行注释分析。结果测序所得数据经拼接组装比对,共获得成熟的microRNA序列342条,其中已知的microRNA序列206条,未知信息序列36条。在已知的microRNA分子中,差异表达共55个,其中上调31个,下调24个;在新发现的microRNA分子中,差异表达11个,其中上调5个,下调6个。靶基因预测结果显示,表达上调microRNA调控的靶基因有14279个,表达下调microRNA调控的靶基因13911个。GO富集注释结果显示,在上调分子中,生物学进程(BP)获得18条注释信息,其中16个microRNA调控的826个靶基因被注释到细胞分化(cell differentiation)条目下;在下调分子中,生物学进程(BP)获得21条注释信息,其中25个microRNA调控的712个靶基因被注释到细胞分化(cell differentiation)条目下。KEGG通路分析结果显示,无论是表达上调还是下调的分子,其靶基因的代谢通路均显著富集到Th1 and Th2 cell differentiation、Th17 cell differentiation、B cell receptor signaling pathway等与细胞分化相关的信号通路以及与肿瘤相关的信号通路上。结论在rEg.P29诱导下小鼠免疫细胞存在差异表达的microRNA分子,这些分子可能与免疫细胞的分化相关。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴 rEg.P29 MICRORNA 免疫细胞分化
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细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-00512的生物信息学分析 被引量:3
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作者 李莎莎 陶佳 +4 位作者 吕咏雪 朱亚洲 赵殷奇 赵嘉庆 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第1期71-74,113,共5页
目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-0... 目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 Eg-00512蛋白 生物信息学分析 抗原表位
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细粒棘球绦虫抗原Fis1的生物信息学分析 被引量:3
12
作者 肖静 曲晨 赵嘉庆 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第2期191-194,共4页
目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软... 目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软件预测EgFis1蛋白的信号肽和跨膜结构域;利用SOPMA和SWISS-MODLE预测EgFis1蛋白的二级结构和三级结构;采用IEDB、ABCpred和SYFPEITHI数据库预测EgFis1蛋白的T、B细胞表位。结果细粒棘球绦虫EgFis1是由157个氨基酸组成的等电点为5.86,分子质量单位为16.93ku的蛋白质;不含有信号肽序列,但具有一个跨膜结构域;其二级结构中α-螺旋占比例为48.41%,延伸连占19.11%,β-转角占7.01%,无规则卷曲占25.48%。亲水性较强的区域主要位于12aa-24aa,42aa-52aa,64aa-69aa,81aa-90aa,97aa-105aa,126aa-150aa。Eg-Fis1含有3个优势B细胞表位,7个T细胞表位以及2个T、B联合表位。结论生物信息学方法预测EgFis1蛋白含有4个优势B细胞表位、7个T细胞表位以及2个T、B联合表位,可作为免疫治疗和药物治疗的靶点。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 生物信息学 抗原表位 Fis1蛋白
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细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析 被引量:2
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作者 朱亚洲 吕咏雪 +5 位作者 杜先才 张婷瑞 李莎莎 陶佳 杨继辉 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第8期897-901,共5页
目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级... 目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 钙调蛋白 抗原表位
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新型冠状病毒感染的免疫记忆性
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作者 李一唯 刘歌 +1 位作者 赵巍 王浩 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期527-534,共8页
COVID-19已成为严重的全球公共卫生事件,截至2022年6月25日,全球有超过5.4亿人确诊感染,累计死亡人数超过632万。了解COVID-19患者恢复后是否能获得持久免疫保护力是疫苗制备、疾病防控及判断疫情走向的关键。持久免疫保护力的产生核心... COVID-19已成为严重的全球公共卫生事件,截至2022年6月25日,全球有超过5.4亿人确诊感染,累计死亡人数超过632万。了解COVID-19患者恢复后是否能获得持久免疫保护力是疫苗制备、疾病防控及判断疫情走向的关键。持久免疫保护力的产生核心是免疫记忆性,即针对新型冠状病毒产生有效免疫记忆。本文将围绕新型冠状病毒感染免疫记忆的生成与维持进行综述。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 COVID-19 感染 免疫记忆性
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细粒棘球绦虫重组亲肌肉抗原ZW-15免疫小鼠LncRNA 031520表达的研究
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作者 杨继辉 杨松昊 +3 位作者 王婵 徐士梅 朱明星 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第6期671-675,共5页
目的探讨长链非编码RNA031520(LncRNA 031520)分子在细粒棘球绦虫重组亲肌肉抗原ZW-15诱导小鼠免疫保护的表达分析。方法36只雌性BALB/c小鼠分为PBS对照组、弗氏佐剂组和ZW-15免疫组,12只/组。PBS对照组、弗氏佐剂组分别皮下多点注射PB... 目的探讨长链非编码RNA031520(LncRNA 031520)分子在细粒棘球绦虫重组亲肌肉抗原ZW-15诱导小鼠免疫保护的表达分析。方法36只雌性BALB/c小鼠分为PBS对照组、弗氏佐剂组和ZW-15免疫组,12只/组。PBS对照组、弗氏佐剂组分别皮下多点注射PBS溶液和完全/不完全弗氏佐剂100μl/只,ZW-15免疫组注射重组抗原100μl/只(10μg/只)。弗氏佐剂组和ZW-15免疫组初次免疫使用完全弗氏佐剂,加强免疫使用不完全弗氏佐剂。共免疫3次,初次免疫后的2次加强免疫间隔时间为两周。免疫小鼠经麻醉取血,分离血清。采用ELISA法检测特异IgG、IgG1、IgG2a、IgG2b抗体水平。无菌取脾脏,分离淋巴细胞采用流式细胞术分选CD4^(+)T淋巴细胞、CD8^(+)T淋巴细胞及B淋巴细胞群;利用qRT-PCR检测CD4^(+)T淋巴细胞、CD8^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞及总淋巴细胞中LncRNA 031520及内参GAPDH的表达;利用流式细胞术检测脾脏CD4^(+)T淋巴细胞中IFN-γ、IL-4的表达。使用SPSS 17.0统计软件和Graphpad Prism 8.0绘图软件对实验数据进行统计分析。结果小鼠经亲肌肉重组抗原ZW-15免疫后血清特异IgG、IgG1、IgG2a及IgG2b抗体水平均升高,且均显著高于PBS组、弗氏佐剂对照组,差异均有统计学意义(P<0.001)。LncRNA 031520在ZW-15免疫组CD4^(+)T淋巴细胞、总淋巴细胞中相对表达量显著高于PBS对照组和弗氏佐剂对照组(P<0.01),在ZW-15免疫组B淋巴细胞及CD8^(+)T淋巴细胞中相对表达量与PBS对照组及弗氏佐剂对照组相比差异均无统计学意义(均P>0.05)。免疫组小鼠脾脏淋巴细胞Th1亚群标志分子IFN-γ表达量为(19.07±3.44)%,显著高于PBS对照组(8.03±2.67)%和弗氏佐剂对照组(9.37±1.25)%(P<0.05),Th2亚群标志分子IL-4表达量为(0.79±0.02)%,显著高于PBS对照组(0.44±0.13)%和弗氏佐剂对照组(0.50±0.15)%(P<0.05)。结论LncRNA 031520在细粒棘球绦虫重组亲肌肉抗原ZW-15免疫小鼠淋巴细胞中表达上调,可能在亲肌肉抗原抵御细粒棘球蚴感染中发挥免疫保护作用。 展开更多
关键词 亲肌肉抗原ZW-15 长链非编码RNA CD4+T淋巴细胞 免疫保护
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