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有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析
1
作者
任倩
谢小燕
+1 位作者
何昕
李多
《北京口腔医学》
CAS
2023年第6期405-409,共5页
目的研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异...
目的研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制。结果吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585)。运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500。对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动。KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路。结论吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程。
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关键词
口腔白斑
吸烟
microRNA
微阵列芯片
生物信息学分析
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职称材料
题名
有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析
1
作者
任倩
谢小燕
何昕
李多
机构
首都医
科
大学
口腔
医学院
黏膜
科
中南大学湘雅二
医院
口腔
医学中心
安徽医
科
大学附属
口腔
医院
牙周
黏膜
科
宁波牙科医院口腔黏膜科
出处
《北京口腔医学》
CAS
2023年第6期405-409,共5页
基金
北京市自然科学基金(7154203)
宁波市泛3315创新人才项目(2019B-31-G)。
文摘
目的研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制。结果吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585)。运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500。对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动。KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路。结论吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程。
关键词
口腔白斑
吸烟
microRNA
微阵列芯片
生物信息学分析
Keywords
Oral leukoplakia
Smoking
microRNA
Microarray chip
Bioinformatics analysis
分类号
R781.5 [医药卫生—口腔医学]
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作者
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发文年
被引量
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1
有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析
任倩
谢小燕
何昕
李多
《北京口腔医学》
CAS
2023
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