目的研究中药复方桃红四物汤(Tao Hong Si Wu decoction,THSWD)治疗大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达,并确定THSWD治疗MCAO大鼠可能的分子机制。方法从对照...目的研究中药复方桃红四物汤(Tao Hong Si Wu decoction,THSWD)治疗大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达,并确定THSWD治疗MCAO大鼠可能的分子机制。方法从对照组、MCAO组和MCAO+THSWD组各获得3个大脑半球组织。采用RNA测序技术鉴定三组中的lncRNA基因表达。鉴定了THSWD调节的lncRNA基因,然后构建了THSWD调节的lncRNA-mRNA网络。通过MCODE插件鉴定lncRNA-mRNA网络的模块。基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)用于分析富集的生物功能和信号通路。鉴定了THSWD调节的lncRNA的顺式和反式调控基因。采用逆转录实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证lncRNA。分子对接用于验证lncRNA-mRNA网络靶点和通路相关蛋白结合能力。结果在MCAO大鼠中,THSWD共调节了302个lncRNA。生物信息学分析表明,一些核心lncRNA可能在THSWD治疗MCAO大鼠中发挥重要作用,此外,我们进一步发现THSWD可能也通过lncRNA-mRNA网络以及网络富集的补体和凝血级联反应等多通路治疗MCAO大鼠。分子对接结果表明,THSWD活性化合物没食子酸和苦杏仁苷与蛋白质靶点具有一定的结合能力。结论THSWD可以通过调节lncRNA保护MCAO大鼠脑损伤,为THSWD治疗缺血性中风提供了新见解。展开更多
运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPredict...运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。展开更多
文摘目的研究中药复方桃红四物汤(Tao Hong Si Wu decoction,THSWD)治疗大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达,并确定THSWD治疗MCAO大鼠可能的分子机制。方法从对照组、MCAO组和MCAO+THSWD组各获得3个大脑半球组织。采用RNA测序技术鉴定三组中的lncRNA基因表达。鉴定了THSWD调节的lncRNA基因,然后构建了THSWD调节的lncRNA-mRNA网络。通过MCODE插件鉴定lncRNA-mRNA网络的模块。基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)用于分析富集的生物功能和信号通路。鉴定了THSWD调节的lncRNA的顺式和反式调控基因。采用逆转录实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证lncRNA。分子对接用于验证lncRNA-mRNA网络靶点和通路相关蛋白结合能力。结果在MCAO大鼠中,THSWD共调节了302个lncRNA。生物信息学分析表明,一些核心lncRNA可能在THSWD治疗MCAO大鼠中发挥重要作用,此外,我们进一步发现THSWD可能也通过lncRNA-mRNA网络以及网络富集的补体和凝血级联反应等多通路治疗MCAO大鼠。分子对接结果表明,THSWD活性化合物没食子酸和苦杏仁苷与蛋白质靶点具有一定的结合能力。结论THSWD可以通过调节lncRNA保护MCAO大鼠脑损伤,为THSWD治疗缺血性中风提供了新见解。
文摘运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。