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基于转录组测序的细风轮花青素合成途径及关键酶基因分析
被引量:
9
1
作者
赵历强
单春苗
+3 位作者
张声祥
施圆圆
马克龙
吴家文
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期886-896,共11页
为进一步理解细风轮花青素合成途径,本研究利用华大基因BGISEQ-500平台对细风轮中的根、茎、叶、花4个组织进行了转录组测序,从头组装后得到128856个Unigene。KEGG通路表明有40个Unigene编码了细风轮的花青素生物合成途径中6个关键酶。...
为进一步理解细风轮花青素合成途径,本研究利用华大基因BGISEQ-500平台对细风轮中的根、茎、叶、花4个组织进行了转录组测序,从头组装后得到128856个Unigene。KEGG通路表明有40个Unigene编码了细风轮的花青素生物合成途径中6个关键酶。我们对其中的关键酶DFR(二氢黄酮醇还原酶)进行同源比对和空间结构模拟,结果显示DFR序列和结构均具有良好的保守性,且具有高度保守的NAD+结合位点,其二级结构主要由α螺旋和β折叠组成,在空间上α螺旋包裹着β折叠,形成“夹心饼干”样结构。
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关键词
细风轮
花青素
转录组
单基因
二氢黄酮醇还原酶
下载PDF
职称材料
基于转录组测序的牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因分析
被引量:
2
2
作者
魏俊雯
张声祥
+3 位作者
施圆圆
单春苗
马克龙
吴家文
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第16期4300-4307,共8页
目的获得牛蒡Arctiumlappa根功能基因数据库,分析其木质素类化合物生物合成途径及关键酶基因。方法以牛蒡根为研究对象,利用华大基因BGISEQ-500测序平台进行转录组测序,通过从头组装获得Unigene,利用各种已有的核酸和蛋白质数据库对Unig...
目的获得牛蒡Arctiumlappa根功能基因数据库,分析其木质素类化合物生物合成途径及关键酶基因。方法以牛蒡根为研究对象,利用华大基因BGISEQ-500测序平台进行转录组测序,通过从头组装获得Unigene,利用各种已有的核酸和蛋白质数据库对Unigene进行注释和分类,利用KEGG代谢途径分析木质素生物合成途径及其关键酶基因,利用三维同源建模分析苯丙氨酸解氨酶(AlPAL)的结构特点。结果通过转录组测序共获得54 215个Unigene,其中42 003个Unigene被任一数据库注释,1 668个Unigene被注释到54个转录因子家族中;KEGG途径分析鉴定了423个Unigene参与了木质素的生物合成。AlPAL空间结构模型显示其为同型四聚体,每个单体由3个结构域组成,包括4-甲基-咪唑-5-酮(MIO)结构域、核心结构域和屏蔽结构域,其中MIO结构域包含保守的三肽ASG,构成AlPAL酶的催化活性中心。结论对牛蒡根转录组进行分析,为牛蒡功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定了实验基础。
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关键词
牛蒡
转录组测序
木质素
功能基因
苯丙氨酸解氨酶
原文传递
题名
基于转录组测序的细风轮花青素合成途径及关键酶基因分析
被引量:
9
1
作者
赵历强
单春苗
张声祥
施圆圆
马克龙
吴家文
机构
安徽中医药大学
研究生院
安徽中医药大学科研实验中心、新安医学教育部重点实验室
安徽中医药大学
中西医结合学院
安徽
道地中药材品质提升协同创新
中心
安徽
省
中医药
科学院
出处
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期886-896,共11页
基金
安徽高校自然科学研究重大项目(KJ2018ZD028)
名贵中药资源可持续利用能力建设项目(2060302)
+1 种基金
国家自然科学基金(81874431)
国家级大学生创新训练项目(201810369050)。
文摘
为进一步理解细风轮花青素合成途径,本研究利用华大基因BGISEQ-500平台对细风轮中的根、茎、叶、花4个组织进行了转录组测序,从头组装后得到128856个Unigene。KEGG通路表明有40个Unigene编码了细风轮的花青素生物合成途径中6个关键酶。我们对其中的关键酶DFR(二氢黄酮醇还原酶)进行同源比对和空间结构模拟,结果显示DFR序列和结构均具有良好的保守性,且具有高度保守的NAD+结合位点,其二级结构主要由α螺旋和β折叠组成,在空间上α螺旋包裹着β折叠,形成“夹心饼干”样结构。
关键词
细风轮
花青素
转录组
单基因
二氢黄酮醇还原酶
Keywords
Clinopodium gracile
anthocyanin
transcriptome
unigene
DFR
分类号
Q949.777.6 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
基于转录组测序的牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因分析
被引量:
2
2
作者
魏俊雯
张声祥
施圆圆
单春苗
马克龙
吴家文
机构
安徽中医药大学
中西医结合临床学院
安徽中医药大学科研实验中心、新安医学教育部重点实验室
安徽
道地中药材品质提升协同创新
中心
安徽中医药大学
研究生院
安徽
省
中医药
科学院
出处
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第16期4300-4307,共8页
基金
安徽省高校自然科学研究重大项目(KJ2018ZD028)及重点项目(KJ2019A0476)
安徽省高校优秀青年人才支持计划项目(gxyq2019030)
+2 种基金
安徽省自然科学基金项目(1408085QH182)
国家级大学生创新创业训练计划项目(201810369050,201910369029)
名贵中药资源可持续利用能力建设项目(2060302)。
文摘
目的获得牛蒡Arctiumlappa根功能基因数据库,分析其木质素类化合物生物合成途径及关键酶基因。方法以牛蒡根为研究对象,利用华大基因BGISEQ-500测序平台进行转录组测序,通过从头组装获得Unigene,利用各种已有的核酸和蛋白质数据库对Unigene进行注释和分类,利用KEGG代谢途径分析木质素生物合成途径及其关键酶基因,利用三维同源建模分析苯丙氨酸解氨酶(AlPAL)的结构特点。结果通过转录组测序共获得54 215个Unigene,其中42 003个Unigene被任一数据库注释,1 668个Unigene被注释到54个转录因子家族中;KEGG途径分析鉴定了423个Unigene参与了木质素的生物合成。AlPAL空间结构模型显示其为同型四聚体,每个单体由3个结构域组成,包括4-甲基-咪唑-5-酮(MIO)结构域、核心结构域和屏蔽结构域,其中MIO结构域包含保守的三肽ASG,构成AlPAL酶的催化活性中心。结论对牛蒡根转录组进行分析,为牛蒡功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定了实验基础。
关键词
牛蒡
转录组测序
木质素
功能基因
苯丙氨酸解氨酶
Keywords
Arctium lappa L.
transcriptome sequencing
lignin
functional Unigenes
phenylalanine ammonialyase
分类号
R282.12 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组测序的细风轮花青素合成途径及关键酶基因分析
赵历强
单春苗
张声祥
施圆圆
马克龙
吴家文
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2020
9
下载PDF
职称材料
2
基于转录组测序的牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因分析
魏俊雯
张声祥
施圆圆
单春苗
马克龙
吴家文
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
原文传递
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