基于生信分析筛选胃癌与正常组织的差异基因及中草药治疗胃癌的初探

目的:探究胃癌与正常组织的差异基因,发掘具有临床指导意义的中药。方法:首先,在TCGA数据库下筛选胃癌与正常组织的基因数据,以P<0.05及|logFC|>1的标准对数据进行筛选,得到相关差异基因。其次,通过DrugBank和DisGeNET筛选胃癌靶点基因,并构建差异表达基因蛋白质-蛋白质相互作用网络,找出关键基因,再开展富集分析,得到关键基因所参与的生物过程和通路。最后,在本草组鉴中找到作用于关键基因的较高频次中药并做分析。结果:得出胃癌与正常组织的差异基因91个,高表达基因47个,低表达基因44个。上皮型钙粘素(E-cadherin,CDH1)、趋化因子8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8,CXCL8)、基质金属蛋白酶(Matrix Metalloprotein,MMP)9等是胃癌的关键基因。生物富集分析得到的通路主要有p53信号通路、微小RNA与癌症、缺氧诱导因子-1(Hypoxia Inducible Factor-1,HIF-1)信号通路等。本草组鉴分析得出治疗胃癌的前三味中药有白果、虎杖和茶叶,文章选择虎杖为研究中药。结论:研究发现胃癌与正常组织的差异基因主要体现在细胞增殖与凋亡、细胞周期负调控等方面,为后续临床科研实验提供了思路。中药筛选出虎杖为治疗胃癌的可能用药,为中医药治疗胃癌的临床用药提供了新方向。