2018年安徽地区临床分离致泻大肠埃希菌的耐药性检测及多位点序列分型

目的了解安徽地区临床分离致泻大肠埃希菌(DEC)的流行现状、耐药状况和主要基因型及菌株间的微进化关系。方法采用多重实时荧光定量PCR法对临床分离株DEC进行鉴定,微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验,对7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型(STs),使用Bionumerics 6.6、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的微进化关系。结果 DEC在本地区腹泻病患者中的检出率为10.4%(137/1320)。对其中的126株分型,非典型EAEC占29.4%,典型EAEC占14.3%,ETEC占42.8%,非典型EPEC占11.1%,典型EPEC占0.8%,EIEC占1.6%。DEC对红霉素、氨苄西林、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑、四环素、头孢唑林、阿奇霉素和头孢噻肟的耐药率分别为94.4%、80.1%、49.2%、47.6%、44.4%、43.7%和32.5%,多重耐药率为54.8%。126株DEC分为60个ST型,优势基因型依次为:ST48(19,15.1%)、ST218(9,7.1%)、ST10(8,6.3%)和ST1491(7,5.6%)。ETEC主要基因型为ST48(18,33.3%)、ST218(9,16.7%)和ST1491(7,13.0%)。多重耐药株中EAEC占62.3%,优势基因型为ST10(7,10.1%)、ST48(4,5.8%)和ST218(4,5.8%)。结论 DEC是引起安徽地区急性腹泻病的重要病原体之一,以EAEC和ETEC为主,ST分型呈高度多样性。ETEC的ST型主要为ST48和ST218。DEC多重耐药严重,其ST型呈高度多样性。这为全面了解安徽地区DEC的遗传多样性,揭示DEC不同病原菌间的微进化关系提供了遗传学证据。加强对DEC的监测具有重要的流行病学意义。

H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列测定方法的建立

建立以Sanger测序为基础的H9N2亚型禽流感病毒全基因组测序方法。从GenBank和GISAID数据库中选取2000至2012年中国地区和中国国家流感中心病毒序列数据库中H9N2亚型禽流感病毒的8个片段基因序列,通过比对分析在相对保守的区域设计分段扩增引物,共16对。选用1株病例分离毒株和4株环境分离毒株对引物进行验证和进一步优化。优化后的16对引物能够有效扩增5株H9N2亚型禽流感病毒,仅个别反应出现非特异扩增。所有获得的目的片段仍能有效进行后续测序实验。建立了一种能够有效获得新型重配H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列的Sanger测序方法,为该病原分子流行病学研究和开展风险评估提供技术支撑。